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万見
- PDB-4e0f: Crystallographic structure of trimeric Riboflavin Synthase from B... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4e0f
タイトルCrystallographic structure of trimeric Riboflavin Synthase from Brucella abortus in complex with riboflavin
要素Riboflavin synthase subunit alpha
キーワードTRANSFERASE / beta barrel / alpha + beta protein / Riboflavin biosynthesis
機能・相同性Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 - #20 / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Beta Barrel / Mainly Beta / RIBOFLAVIN / :
機能・相同性情報
生物種Brucella abortus (ウシ流産菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Serer, M.I. / Bonomi, H.R. / Guimaraes, B.G. / Rossi, R.C. / Goldbaum, F.A. / Klinke, S.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Crystallographic and kinetic study of riboflavin synthase from Brucella abortus, a chemotherapeutic target with an enhanced intrinsic flexibility.
著者: Serer, M.I. / Bonomi, H.R. / Guimaraes, B.G. / Rossi, R.C. / Goldbaum, F.A. / Klinke, S.
履歴
登録2012年3月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月12日Group: Database references / Structure summary
改定 1.22014年5月14日Group: Database references
改定 1.32014年5月28日Group: Database references
改定 1.42023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Riboflavin synthase subunit alpha
B: Riboflavin synthase subunit alpha
C: Riboflavin synthase subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,3374
ポリマ－69,9613
非ポリマー3761
水1,18966
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7140 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area25490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.98, 91.82, 98.77
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Riboflavin synthase subunit alpha


分子量: 23320.361 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Brucella abortus (ウシ流産菌) / 遺伝子: ribE / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: G8SX20, riboflavin synthase
#2: 化合物 ChemComp-RBF / RIBOFLAVIN / RIBOFLAVINE / VITAMIN B2 / リボフラビン


分子量: 376.364 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H20N4O6
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.76 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 12% PEG 8000, 10% Glycerol, 0.5M Potassium Chloride, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月8日 / 詳細: Toroidal focusing mirror
放射モノクロメーター: Si(111) channel cut monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→67.25 Å / Num. all: 15167 / Num. obs: 15167 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.6 % / Biso Wilson estimate: 47.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.123 / Rsym value: 0.123 / Net I/σ(I): 5.9
反射 シェル解像度: 2.85→3 Å / 冗長度: 8.7 % / Rmerge(I) obs: 0.385 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 2177 / Rsym value: 0.385 / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Ice/ DCSデータ収集
AMoRE位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Monomer from PDB entry 1I8D

1i8d


解像度: 2.85→67.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.897 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.829 / SU B: 16.354 / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.445 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26705 751 5 %RANDOM
Rwork0.21565 ---
all0.21812 14375 --
obs0.21812 14375 98.06 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.521 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.37 Å20 Å20 Å2
2--0.82 Å20 Å2
3----0.44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→67.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4590 0 27 66 4683
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0224700
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9371.9636385
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.465604
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.53724.098205
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.27115777
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.9021536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.060.2744
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0213529
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.2251.52986
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.42624767
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.48131714
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.884.51617
LS精密化 シェル解像度: 2.85→2.924 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.329 51 -
Rwork0.276 1044 -
obs--98.21 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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