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- PDB-4dzt: Aqualysin I: the crystal structure of a serine protease from an e... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4dzt
タイトルAqualysin I: the crystal structure of a serine protease from an extreme thermophile, Thermus aquaticus YT-1
要素Aqualysin-1
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / serine protease / calcium binding / inhibitor / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


aqualysin 1 / serine-type endopeptidase activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Proteinase K-like catalytic domain / Peptidase S8/S53 domain / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 / Peptidase inhibitor I9 / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 superfamily / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. / Serine proteases, subtilase family, aspartic acid active site. / Peptidase S8, subtilisin, Asp-active site / Serine proteases, subtilase family, serine active site. ...Proteinase K-like catalytic domain / Peptidase S8/S53 domain / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 / Peptidase inhibitor I9 / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 superfamily / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. / Serine proteases, subtilase family, aspartic acid active site. / Peptidase S8, subtilisin, Asp-active site / Serine proteases, subtilase family, serine active site. / Peptidase S8, subtilisin, Ser-active site / Serine proteases, subtilase domain profile. / Peptidase S8, subtilisin-related / Peptidase S8/S53 domain superfamily / Subtilase family / Peptidase S8/S53 domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
phenylmethanesulfonic acid / Aqualysin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus aquaticus (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Barnett, B.L. / Green, P.R. / Strickland, L.C. / Oliver, J.D. / Rydel, T. / Sullivan, J.F.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: Aqualysin I: the crystal structure of a serine protease from an extreme thermophile, Thermus aquaticus YT-1
著者: Barnett, B.L. / Green, P.R. / Strickland, L.C. / Oliver, J.D. / Rydel, T. / Sullivan, J.F.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1993
タイトル: Purification, crystallization and preliminary X-ray investigation of aqualysin I, a heat-stable serine protease.
著者: Green, P.R. / Oliver, J.D. / Strickland, L.C. / Toerner, D.R. / Matsuzawa, H. / Ohta, T.
履歴
登録2012年3月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年3月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aqualysin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,2494
ポリマ－27,9971
非ポリマー2523
水2,576143
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.906, 64.480, 45.716
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.10, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Aqualysin-1 / Aqualysin-I


分子量: 27996.844 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 128-403 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus aquaticus (バクテリア) / 株: YT-1 / 参照: UniProt: P08594, aqualysin 1
#2: 化合物 ChemComp-PMS / phenylmethanesulfonic acid / ベンゼンメタンスルホン酸


分子量: 172.202 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H8O3S
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 143 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.56 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 21% PEG800, 100 mM phosphate buffer, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K

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データ収集

回折平均測定温度: 296 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU AFC-5R / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 1995年11月28日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→40 Å / Num. all: 15592 / Num. obs: 15592 / % possible obs: 94.8 % / Observed criterion σ(I): 4 / Rmerge(I) obs: 0.0375 / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 22.21
反射 シェル解像度: 1.95→2.05 Å / 冗長度: 0.9 % / Rmerge(I) obs: 0.0557 / Mean I/σ(I) obs: 15.4 / Num. unique all: 2027 / % possible all: 90.5

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解析

ソフトウェア
名称分類
MAR345dtbデータ収集
EPMR位相決定
SHELXL-97精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2PRK

2prk


解像度: 1.95→10 Å / σ(I): 4
詳細: DATA REDUCTION, STRUCTURE SOLUTION, AND STRUCTURE REFINEMENT WERE PERFORMED WITHOUT A FREE R TEST SET.
Rfactor反射数%反射
Rwork0.1323 --
all0.135 15483 -
obs-15032 94.3 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1967 0 12 143 2122
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.04
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.02
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.447
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.1
LS精密化 シェル最高解像度: 1.95 Å /
反射数%反射
Rfree0 -
obs-94.8 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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