ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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Blu-Ice | | データ収集 | PHENIX | | モデル構築 | PHENIX | (phenix.refine: 1.6.2_432)精密化 | HKL-2000 | | データ削減 | HKL-2000 | | データスケーリング | PHENIX | | 位相決定 | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 3HEF 解像度: 1.65→19.168 Å / SU ML: 0.2 / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.6 / 立体化学のターゲット値: ML
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.2213 | 1697 | 5.01 % | RANDOM |
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Rwork | 0.1963 | - | - | - |
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all | 0.1976 | 35672 | - | - |
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obs | 0.1976 | 33866 | 95.1 % | - |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 65.552 Å2 / ksol: 0.389 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 22.278 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | -4.1595 Å2 | -0 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | -4.1595 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | 8.3191 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.65→19.168 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 1979 | 0 | 0 | 257 | 2236 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | f_bond_d0.006 | 2017 | X-RAY DIFFRACTION | f_angle_d0.899 | 2718 | X-RAY DIFFRACTION | f_dihedral_angle_d12.748 | 773 | X-RAY DIFFRACTION | f_chiral_restr0.065 | 296 | X-RAY DIFFRACTION | f_plane_restr0.004 | 355 | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Refine-ID | % reflection obs (%) |
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1.6486-1.6971 | 0.2955 | 130 | 0.2512 | 2354 | X-RAY DIFFRACTION | 85 | 1.6971-1.7518 | 0.2627 | 128 | 0.2478 | 2474 | X-RAY DIFFRACTION | 90 | 1.7518-1.8144 | 0.2645 | 138 | 0.219 | 2584 | X-RAY DIFFRACTION | 92 | 1.8144-1.887 | 0.204 | 138 | 0.1999 | 2631 | X-RAY DIFFRACTION | 95 | 1.887-1.9728 | 0.2399 | 143 | 0.1892 | 2671 | X-RAY DIFFRACTION | 96 | 1.9728-2.0767 | 0.2505 | 140 | 0.1874 | 2725 | X-RAY DIFFRACTION | 97 | 2.0767-2.2066 | 0.2166 | 144 | 0.183 | 2763 | X-RAY DIFFRACTION | 98 | 2.2066-2.3767 | 0.199 | 145 | 0.1752 | 2756 | X-RAY DIFFRACTION | 99 | 2.3767-2.6154 | 0.2167 | 146 | 0.1846 | 2771 | X-RAY DIFFRACTION | 98 | 2.6154-2.9926 | 0.1882 | 147 | 0.1988 | 2775 | X-RAY DIFFRACTION | 98 | 2.9926-3.7656 | 0.2213 | 147 | 0.1865 | 2803 | X-RAY DIFFRACTION | 97 | 3.7656-19.169 | 0.227 | 151 | 0.2077 | 2862 | X-RAY DIFFRACTION | 94 |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION ID | L11 (°2) | L12 (°2) | L13 (°2) | L22 (°2) | L23 (°2) | L33 (°2) | S11 (Å °) | S12 (Å °) | S13 (Å °) | S21 (Å °) | S22 (Å °) | S23 (Å °) | S31 (Å °) | S32 (Å °) | S33 (Å °) | T11 (Å2) | T12 (Å2) | T13 (Å2) | T22 (Å2) | T23 (Å2) | T33 (Å2) | Origin x (Å) | Origin y (Å) | Origin z (Å) |
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1 | 0.9293 | -0.2656 | -0.5675 | 0.4514 | 0.2382 | 0.6708 | 0.7049 | 0.2398 | 2.4247 | 0.1659 | 0.0887 | -0.0714 | -0.6281 | 0.4042 | 0.0039 | 0.3719 | 0.1103 | 0.1204 | 0.3743 | 0.0558 | 0.9152 | 36.617 | 35.5615 | 17.9592 | 2 | 0.3334 | -0.0993 | -0.0295 | 0.4196 | 0.3308 | 0.3728 | 0.0437 | -0.0238 | 0.05 | -0.0213 | 0.0093 | -0.077 | -0.0128 | -0.0156 | 0 | 0.1551 | -0.0003 | 0.0066 | 0.1587 | -0.0153 | 0.1558 | 49.1635 | 11.6078 | 17.6388 | 3 | 0.8777 | 0.4097 | -0.0154 | 1.0572 | -0.1049 | 0.808 | -0.0106 | 0.14 | 0.3811 | 0.049 | 0.022 | -0.1683 | -0.0719 | -0.0454 | 0 | 0.2459 | -0.0248 | 0.0024 | 0.2248 | -0.0018 | 0.3215 | 64.1449 | 30.5381 | 19.5857 | 4 | 0.5572 | 0.188 | 0.1495 | 0.9166 | 0.3932 | 0.4882 | 0.0068 | 0.027 | 0.0184 | -0.0857 | 0.0649 | -0.0943 | -0.1125 | 0.0469 | 0 | 0.1528 | 0.0122 | -0.0112 | 0.1397 | -0.0094 | 0.1515 | 53.5778 | 5.0487 | 15.0651 |
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精密化 TLSグループ | ID | Refine-ID | Refine TLS-ID | Selection details |
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1 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | chain A and resseq 10:632 | X-RAY DIFFRACTION | 2 | chain A and resseq 64:1323 | X-RAY DIFFRACTION | 3 | chain B and resseq 10:634 | X-RAY DIFFRACTION | 4 | chain B and resseq 64:139 | | | |
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