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万見
- PDB-4dyc: Crystal Structure of the terminase small subunit gp1 with D19R mu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4dyc
タイトルCrystal Structure of the terminase small subunit gp1 with D19R mutation of the bacterial virus sf6
要素Terminase small subunit
キーワードVIRAL PROTEIN / gp1 / DNA-binding
機能・相同性Homeodomain-like / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Terminase small subunit
機能・相同性情報
生物種Salmonella phage HK620 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Zhao, H. / Tang, L.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Structural and Functional Studies of the Phage Sf6 Terminase Small Subunit Reveal a DNA-Spooling Device Facilitated by Structural Plasticity.
著者: Zhao, H. / Kamau, Y.N. / Christensen, T.E. / Tang, L.
履歴
登録2012年2月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / Structure summary / カテゴリ: audit_author / software / Item: _audit_author.name / _software.name
改定 1.22018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Terminase small subunit
B: Terminase small subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,1542
ポリマ－31,1542
非ポリマー00
水3,693205
1
A: Terminase small subunit
B: Terminase small subunit

A: Terminase small subunit
B: Terminase small subunit

A: Terminase small subunit
B: Terminase small subunit

A: Terminase small subunit
B: Terminase small subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,6148
ポリマ－124,6148
非ポリマー00
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation3_545-y+1/2,x-1/2,z1
crystal symmetry operation4_555y+1/2,-x+1/2,z1
Buried area32310 Å2
ΔGint-147 kcal/mol
Surface area44220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.570, 88.570, 73.550
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number90
Space group name H-MP4212

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要素

#1: タンパク質 Terminase small subunit


分子量: 15576.782 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella phage HK620 (ファージ)
株: bacteriophage Sf6 / 遺伝子: gp1 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3)pLys / 参照: UniProt: Q9AZ01
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 205 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.87 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.4
詳細: 1.2M NAH2PO4/0.8M K2HPO4, 0.2M LI2SO4, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年3月28日
放射モノクロメーター: side scattering I-beam bent single crystal; asymmetric cut 4.9650 deg.
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→20 Å / Num. all: 27710 / Num. obs: 27608 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 37.57 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 30.61
反射 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / 冗長度: 13.03 % / Rmerge(I) obs: 0.384 / Mean I/σ(I) obs: 4.45 / Num. unique all: 1938 / % possible all: 97.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3HEF

3hef


解像度: 1.8→19.805 Å / SU ML: 0.02 / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / σ(I): 4.45 / 位相誤差: 22.17 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2347 1379 5 %Random
Rwork0.207 ---
obs0.2084 27574 99.64 %-
all-27710 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 63.089 Å2 / ksol: 0.385 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.6427 Å20 Å20 Å2
2---3.6427 Å20 Å2
3---7.2854 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→19.805 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1973 0 0 205 2178
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072011
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9482710
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.839763
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.068296
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004353
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8003-1.86460.29911320.24532510X-RAY DIFFRACTION98
1.8646-1.93920.22221360.21042579X-RAY DIFFRACTION100
1.9392-2.02730.22891360.19662576X-RAY DIFFRACTION100
2.0273-2.13410.25221350.19532582X-RAY DIFFRACTION100
2.1341-2.26760.25271370.19822602X-RAY DIFFRACTION100
2.2676-2.44240.23691380.19482604X-RAY DIFFRACTION100
2.4424-2.68770.2531370.20752620X-RAY DIFFRACTION100
2.6877-3.07530.22411390.2072638X-RAY DIFFRACTION100
3.0753-3.86990.22431410.20012666X-RAY DIFFRACTION100
3.8699-19.8060.22811480.2112818X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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