PDB-4dx6: Transport of drugs by the multidrug transporter AcrB involves an ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4dx6

タイトル

Transport of drugs by the multidrug transporter AcrB involves an access and a deep binding pocket that are separated by a switch-loop

要素

Acriflavine resistance protein B
DARPIN

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / TRANSPORT PROTEIN / DARPin / multidrug efflux protein

機能・相同性

機能・相同性情報

alkane transmembrane transporter activity / alkane transport / enterobactin transport / enterobactin transmembrane transporter activity / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the cell outer membrane / periplasmic side of plasma membrane / efflux pump complex / bile acid transmembrane transporter activity / xenobiotic transport / bile acid and bile salt transport ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)
SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Eicher, T. / Cha, H. / Seeger, M.A. / Brandstaetter, L. / El-Delik, J. / Bohnert, J.A. / Kern, W.V. / Verrey, F. / Gruetter, M.G. / Diederichs, K. / Pos, K.M.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Transport of drugs by the multidrug transporter AcrB involves an access and a deep binding pocket that are separated by a switch-loop.
著者: Eicher, T. / Cha, H.J. / Seeger, M.A. / Brandstatter, L. / El-Delik, J. / Bohnert, J.A. / Kern, W.V. / Verrey, F. / Grutter, M.G. / Diederichs, K. / Pos, K.M.

履歴

登録	2012年2月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年5月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年1月29日	Group: Source and taxonomy
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4dx6.cif.gz	1.3 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4dx6.ent.gz	1 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4dx6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4dx6_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4dx6_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	4dx6_validation.xml.gz	72.1 KB	表示
CIF形式データ	4dx6_validation.cif.gz	107.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dx/4dx6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dx/4dx6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4dx5C 4dx7C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3noc-d 6q4p-d 6sgu-d 4u8y-d 4dx5-d 10185 2j8s-d 6sgt-d 4u96-d 3nog-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Acriflavine resistance protein B

B: Acriflavine resistance protein B

C: Acriflavine resistance protein B

D: DARPIN

E: DARPIN

ヘテロ分子

385 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	145.690, 165.450, 245.420
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Acriflavine resistance protein B 分子量: 114793.336 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: acrB, acrE, b0462, JW0451 / プラスミド: pET24 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C43(DE3) / 参照: UniProt: P31224
#2: タンパク質	DARPIN 分子量: 18317.566 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物) / 遺伝子: artificial gene / プラスミド: PQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Xl1blue
#3: 糖	ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシドタイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₄₆O₁₁ / コメント: 可溶化剤*YM

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.31 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.05M ADA, pH 6.5 0.2M ammonium sulfate 9% PEG 4000 6% glycerol , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年11月12日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.29→49.28 Å / Num. all: 252360 / Num. obs: 252313 / % possible obs: 90.8 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / R_merge(I) obs: 0.29 / Net I/σ(I): 4.09

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
2.29-2.43	0.043	0.13	1	59.6
2.43-2.59	0.043	0.22	1	85.2
2.59-2.8	0.043	0.43	1	98.1
2.8-3.07	0.043	0.93	1	99.8
3.07-3.43	0.043	2.03	1	99.8
3.43-3.96	0.043	4.92	1	99.8
3.96-4.84	0.043	10.5	1	99.7
4.84-6.81	0.043	11.83	1	99.9
6.81-49.28	0.043	27.12	1	99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.7.3_928	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
XDS		データスケーリング
XDS		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.9→49.28 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.47 / σ(F): 1.02 / 位相誤差: 28.8 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2703	12679	5 %
R_work	0.2086	-	-
obs	0.2116	252313	99.8 %
all	-	252360	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 27.152 Å² / k_sol: 0.29 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-5.5755 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	10.9588 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-5.3833 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9→49.28 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	25987	0	245	0	26232

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	26729
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.26	36289
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.455	9629
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.079	4297
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	4617

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.9-2.933	0.3827	424	0.3361	8020	X-RAY DIFFRACTION	100
2.933-2.9675	0.391	426	0.3373	8049	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9675-3.0037	0.3835	417	0.3262	7950	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0037-3.0417	0.3905	429	0.3283	8026	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0417-3.0817	0.3841	422	0.3059	8047	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0817-3.1239	0.3521	427	0.2859	8038	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1239-3.1685	0.3361	421	0.272	8041	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1685-3.2158	0.3292	422	0.2708	8017	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2158-3.266	0.3198	422	0.2752	8009	X-RAY DIFFRACTION	100
3.266-3.3196	0.3488	426	0.2637	8097	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3196-3.3768	0.308	416	0.2497	8005	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3768-3.4382	0.2821	425	0.2368	8072	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4382-3.5043	0.3062	421	0.231	7963	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5043-3.5758	0.2839	424	0.2168	8031	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5758-3.6535	0.2738	421	0.2129	8040	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6535-3.7385	0.2782	426	0.2067	8050	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7385-3.832	0.2504	420	0.1803	8010	X-RAY DIFFRACTION	100
3.832-3.9355	0.2686	428	0.1878	8051	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9355-4.0513	0.2686	422	0.1806	7952	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0513-4.182	0.256	415	0.1802	8050	X-RAY DIFFRACTION	100
4.182-4.3314	0.2379	424	0.1746	8039	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3314-4.5047	0.2386	421	0.1677	8006	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5047-4.7095	0.2144	423	0.1552	8038	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7095-4.9576	0.2089	426	0.1456	7966	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9576-5.2679	0.2396	425	0.1698	8041	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2679-5.6741	0.2709	422	0.2002	8048	X-RAY DIFFRACTION	100
5.6741-6.2441	0.2776	415	0.1962	8045	X-RAY DIFFRACTION	100
6.2441-7.1453	0.2322	423	0.1725	8029	X-RAY DIFFRACTION	100
7.1453-8.9933	0.1945	419	0.1303	8018	X-RAY DIFFRACTION	100
8.9933-49.2873	0.2315	427	0.2239	7997	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 40.4434 Å / Origin y: -30.4317 Å / Origin z: -31.0562 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.2169 Å²	0.0078 Å²	-0.1132 Å²	-	0.2054 Å²	0.0536 Å²	-	-	-0.0819 Å²
L	0.4395 °²	0.007 °²	0.0397 °²	-	0.1586 °²	-0.128 °²	-	-	0.3131 °²
S	0.1958 Å °	0.2818 Å °	0.1491 Å °	-0.1933 Å °	-0.1168 Å °	-0.0122 Å °	-0.103 Å °	-0.0035 Å °	-0.0209 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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