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万見
- PDB-4dx0: Structure of the 14-3-3/PMA2 complex stabilized by a pyrazole der... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4dx0
タイトルStructure of the 14-3-3/PMA2 complex stabilized by a pyrazole derivative
要素
  • 14-3-3-like protein E
  • N.plumbaginifolia H+-translocating ATPase mRNA
キーワードPROTEIN BINDING/Hydrolase / 14-3-3 fold / Pyrrolidinones / PROTEIN BINDING-Hydrolase complex
機能・相同性
機能・相同性情報


P-type H+-exporting transporter / proton export across plasma membrane / P-type proton-exporting transporter activity / endomembrane system / intracellular protein localization / signal transduction / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
P-type ATPase, subfamily IIIA / Cation transporter/ATPase, N-terminus / Cation-transporting P-type ATPase, N-terminal / Cation transporter/ATPase, N-terminus / 14-3-3 domain / Delta-Endotoxin; domain 1 / E1-E2 ATPase / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. ...P-type ATPase, subfamily IIIA / Cation transporter/ATPase, N-terminus / Cation-transporting P-type ATPase, N-terminal / Cation transporter/ATPase, N-terminus / 14-3-3 domain / Delta-Endotoxin; domain 1 / E1-E2 ATPase / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3 protein / P-type ATPase, haloacid dehalogenase domain / P-type ATPase, phosphorylation site / P-type ATPase, cytoplasmic domain N / E1-E2 ATPases phosphorylation site. / P-type ATPase, A domain superfamily / P-type ATPase / P-type ATPase, transmembrane domain superfamily / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0MT / 14-3-3-like protein E / Plasma membrane ATPase
類似検索 - 構成要素
生物種Nicotiana tabacum (タバコ)
Nicotiana plumbaginifolia (ナス科)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Richter, A. / Rose, R. / Hedberg, C. / Waldmann, H. / Ottmann, C.
引用ジャーナル: Chemistry / 年: 2012
タイトル: An Optimised Small-Molecule Stabiliser of the 14-3-3-PMA2 Protein-Protein Interaction.
著者: Richter, A. / Rose, R. / Hedberg, C. / Waldmann, H. / Ottmann, C.
履歴
登録2012年2月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22023年12月13日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details ..._pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression / _pdbx_struct_assembly_prop.value

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 14-3-3-like protein E
P: N.plumbaginifolia H+-translocating ATPase mRNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,5233
ポリマ－31,0822
非ポリマー4401
水00
1
A: 14-3-3-like protein E
P: N.plumbaginifolia H+-translocating ATPase mRNA
ヘテロ分子

A: 14-3-3-like protein E
P: N.plumbaginifolia H+-translocating ATPase mRNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,0456
ポリマ－62,1644
非ポリマー8812
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_545-x,-y-1,z1
Buried area6990 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area25420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.450, 98.450, 216.710
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number98
Space group name H-MI4122

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要素

#1: タンパク質 14-3-3-like protein E


分子量: 27485.025 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-238 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nicotiana tabacum (タバコ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O49997
#2: タンパク質・ペプチド N.plumbaginifolia H+-translocating ATPase mRNA


分子量: 3597.148 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 926-956 / Mutation: T955D, V956I / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Nicotiana plumbaginifolia (ナス科)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q42932, EC: 3.6.3.6
#3: 化合物 ChemComp-0MT / 4-[(4R)-4-(4-nitrophenyl)-6-oxidanylidene-3-phenyl-1,4-dihydropyrrolo[3,4-c]pyrazol-5-yl]benzoic acid


分子量: 440.408 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H16N4O5

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.88 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 0.1M CHES, 1.0M Na-Citrat, 30%(w/v) sucrose, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 2011年2月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→20 Å / Num. all: 7687 / Num. obs: 7386 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 102.446 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 13.98
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
3.4-3.60.4453.7772841131197.6
3.6-3.80.3175.475973935197.3
3.8-40.2088.124692733196.6
4-50.11614.03134922175195.1
5-100.04822.67125812120197.8
10-150.03432.551267229198.3
15-200.03130.5331763196.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing dm手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 7386
Phasing dm shell
解像度 (Å)Delta phi finalFOM 反射
8.47-10037.70.86501
6.73-8.47490.753501
5.87-6.7358.50.68503
5.33-5.8756.50.638507
4.93-5.3357.90.654501
4.63-4.9359.40.606506
4.39-4.6370.10.566512
4.19-4.3969.40.554506
4.01-4.1970.40.532508
3.87-4.0174.60.438502
3.75-3.8771.10.429509
3.64-3.7568.80.551517
3.54-3.6462.10.64506
3.4-3.5467.20.626807

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
直接法6.1位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3M51

3m51


解像度: 3.4→19.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.896 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.843 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 71.259 / SU ML: 1.061 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.758 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3992 370 5 %RANDOM
Rwork0.3556 ---
all0.3577 7687 --
obs0.3577 7386 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 177.59 Å2 / Biso mean: 143.2814 Å2 / Biso min: 117.21 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.32 Å20 Å20 Å2
2--0.32 Å20 Å2
3----0.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.4→19.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2070 0 33 0 2103
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0222144
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8971.992895
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.0665259
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.46124.804102
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.87315398
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.2951514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0560.2327
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.021605
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2461.51298
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.98222081
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.1083846
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.1974.5814
LS精密化 シェル解像度: 3.4→3.486 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.473 26 -
Rwork0.499 495 -
all-521 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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