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万見
- PDB-4dwz: Crystal Structure of Ton_0340 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4dwz
タイトルCrystal Structure of Ton_0340
要素Hypothetical protein TON_0340
キーワードMETAL BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


D-glutamate cyclase activity / glutamate metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
TON_0340 / D-glutamate cyclase-like, C-terminal / D-glutamate cyclase-like, C-terminal / inorganic pyrophosphatase (n-terminal core) / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
D-glutamate cyclase-like C-terminal domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Thermococcus onnurineus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Lee, S.G. / Lee, K.H. / Cha, S.S. / Oh, B.H.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2012
タイトル: Experimental phasing using zinc anomalous scattering
著者: Cha, S.S. / An, Y.J. / Jeong, C.S. / Kim, M.K. / Lee, S.G. / Lee, K.H. / Oh, B.H.
履歴
登録2012年2月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical protein TON_0340
B: Hypothetical protein TON_0340
C: Hypothetical protein TON_0340
D: Hypothetical protein TON_0340
E: Hypothetical protein TON_0340
F: Hypothetical protein TON_0340
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)177,13144
ポリマ－174,6456
非ポリマー2,48638
水2,144119
1
A: Hypothetical protein TON_0340
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,5658
ポリマ－29,1081
非ポリマー4587
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Hypothetical protein TON_0340
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,5658
ポリマ－29,1081
非ポリマー4587
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Hypothetical protein TON_0340
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,3695
ポリマ－29,1081
非ポリマー2624
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Hypothetical protein TON_0340
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,4356
ポリマ－29,1081
非ポリマー3275
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Hypothetical protein TON_0340
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,6319
ポリマ－29,1081
非ポリマー5238
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Hypothetical protein TON_0340
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,5658
ポリマ－29,1081
非ポリマー4587
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
A: Hypothetical protein TON_0340
F: Hypothetical protein TON_0340
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,13116
ポリマ－58,2152
非ポリマー91614
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2370 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area20120 Å2
手法PISA
8
B: Hypothetical protein TON_0340
D: Hypothetical protein TON_0340
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,00014
ポリマ－58,2152
非ポリマー78512
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2440 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area19700 Å2
手法PISA
9
C: Hypothetical protein TON_0340
E: Hypothetical protein TON_0340
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,00014
ポリマ－58,2152
非ポリマー78512
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2480 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area20050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.442, 107.442, 355.031
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

-
要素

#1: タンパク質
Hypothetical protein TON_0340


分子量: 29107.531 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermococcus onnurineus (古細菌) / 株: NA1 / プラスミド: pET22bCPD10H / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3-RIPL) / 参照: UniProt: B6YTD8
#2: 化合物...
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 119 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.07 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1M sodium acetate pH 5.5, 0.35M zinc acetate, 5% isopropanol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 4A / 波長: 1.2822 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2822 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. all: 58281 / Num. obs: 57476 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 18 % / Biso Wilson estimate: 51.9 Å2 / Net I/σ(I): 40.125
反射 シェル解像度: 2.7→2.75 Å / 冗長度: 11 % / Rmerge(I) obs: 0.364 / Mean I/σ(I) obs: 4.286 / % possible all: 98.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SHELXS位相決定
CNS1.3精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.7→48.92 Å / σ(F): 1
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2701 5835 10 %random
Rwork0.2229 ---
all-58281 --
obs-57476 98.6 %-
溶媒の処理Bsol: 31.2642 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 51.3903 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.822 Å20 Å20 Å2
2--0.822 Å20 Å2
3----1.645 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.41 Å0.33 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.48 Å0.38 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→48.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12044 0 38 119 12201
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.9
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.1861.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.8542
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.0342
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.9132.5
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.87 Å / Rfactor Rfree error: 0.011
Rfactor反射数%反射
Rfree0.333 885 -
Rwork0.281 --
obs-8226 95.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION4ion.param
X-RAY DIFFRACTION5carbohydrate.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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