登録情報 データベース : PDB / ID : 4dwr 構造の表示 ダウンロードとリンクタイトル RNA ligase RtcB/Mn2+ complex 要素tRNA-splicing ligase RtcB 詳細 キーワード LIGASE / RNA ligase / RtcB / Mn2+機能・相同性 機能・相同性情報分子機能 ドメイン・相同性 構成要素
RNA splicing, via endonucleolytic cleavage and ligation / 3'-phosphate/5'-hydroxy nucleic acid ligase / : / tRNA-splicing ligase complex / GMP binding / RNA ligase (ATP) activity / intein-mediated protein splicing / intron homing / manganese ion binding / endonuclease activity ... RNA splicing, via endonucleolytic cleavage and ligation / 3'-phosphate/5'-hydroxy nucleic acid ligase / : / tRNA-splicing ligase complex / GMP binding / RNA ligase (ATP) activity / intein-mediated protein splicing / intron homing / manganese ion binding / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / GTP binding / DNA binding 類似検索 - 分子機能 tRNA-splicing ligase RtcB / tRNA-splicing ligase RtcB / RNA-splicing ligase, RtcB / tRNA-splicing ligase RtcB-like superfamily / tRNA-splicing ligase RtcB / LAGLIDADG-like domain / Intein splicing domain / Intein / Intein DOD homing endonuclease / Intein DOD-type homing endonuclease domain profile. ... tRNA-splicing ligase RtcB / tRNA-splicing ligase RtcB / RNA-splicing ligase, RtcB / tRNA-splicing ligase RtcB-like superfamily / tRNA-splicing ligase RtcB / LAGLIDADG-like domain / Intein splicing domain / Intein / Intein DOD homing endonuclease / Intein DOD-type homing endonuclease domain profile. / Homing endonuclease, LAGLIDADG / Intein C-terminal splicing region / Intein C-terminal splicing motif profile. / Hint domain C-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain C-terminal region / Intein N-terminal splicing region / Intein N-terminal splicing motif profile. / Hint domain N-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain N-terminal region / Homing endonuclease / Hint domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta 類似検索 - ドメイン・相同性生物種 Pyrococcus horikoshii (古細菌)手法 X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度 : 1.48 Å 詳細データ登録者 Xia, S. / Englert, M. / Soll, D. / Wang, J. 引用ジャーナル : Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年 : 2012タイトル : Structural and mechanistic insights into guanylylation of RNA-splicing ligase RtcB joining RNA between 3'-terminal phosphate and 5'-OH.著者 : Englert, M. / Xia, S. / Okada, C. / Nakamura, A. / Tanavde, V. / Yao, M. / Eom, S.H. / Konigsberg, W.H. / Soll, D. / Wang, J. 履歴 登録 2012年2月26日 登録サイト : RCSB / 処理サイト : RCSB改定 1.0 2012年9月5日 Provider : repository / タイプ : Initial release改定 1.1 2012年9月26日 Group : Database references改定 1.2 2012年12月19日 Group : Database references改定 1.3 2017年8月2日 Group : Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ : entity_src_gen / software改定 2.0 2020年7月29日 Group : Atomic model / Data collection ... Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary カテゴリ : atom_site / atom_site_anisotrop ... atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item : _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ... _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_asym.entity_id / _struct_ref_seq_dif.details 解説 : Carbohydrate remediation / Provider : repository / タイプ : Remediation改定 2.1 2024年2月28日 Group : Data collection / Database references / Structure summaryカテゴリ : chem_comp / chem_comp_atom ... chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item : _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
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