PDB-4dwl: Avd molecule from Bordetella bacteriophage DGR

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4dwl

タイトル

Avd molecule from Bordetella bacteriophage DGR

要素

Bbp7

キーワード

nucleic acid binding protein / pentameric four helix bundle / Accessory variability determinant from Bordetella bacteriophage diversity generating retroelements / Reverse Transcriptase / phosphate binding protein

機能・相同性

23S rRNA-intervening sequence / de novo design (two linked rop proteins) / Up-down Bundle / Mainly Alpha / PHOSPHATE ION / Bbp7

機能・相同性情報

生物種

Bordetella phage BPP-1 (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.69 Å

データ登録者

Ghosh, P. / Al-Ayyoubi, M.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: Structure of the essential diversity-generating retroelement protein bAvd and its functionally important interaction with reverse transcriptase.
著者: Alayyoubi, M. / Guo, H. / Dey, S. / Golnazarian, T. / Brooks, G.A. / Rong, A. / Miller, J.F. / Ghosh, P.

履歴

登録	2012年2月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年2月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年1月14日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4dwl.cif.gz	115.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4dwl.ent.gz	96.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4dwl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4dwl_validation.pdf.gz	465.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4dwl_full_validation.pdf.gz	472.3 KB	表示
XML形式データ	4dwl_validation.xml.gz	20.4 KB	表示
CIF形式データ	4dwl_validation.cif.gz	28.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dw/4dwl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dw/4dwl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3dza-d 5bxb-2 5bxh-d 3drz-d 6rth-1 2z4p-1 1t6u-1 6rth-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#227 - 2018年11月テロメラーゼ (Telomerase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Bbp7

B: Bbp7

E: Bbp7

C: Bbp7

D: Bbp7

ヘテロ分子

75.1 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.317, 63.072, 105.295
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 103.77, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1
4	1
5	1
1	2
2	2

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	chain 'B' and ((resseq 64:66))
2	1	1	chain 'A' and ((resseq 64:66))
3	1	1	chain 'E' and ((resseq 64:66))
4	1	1	chain 'C' and ((resseq 64:66))
5	1	1	chain 'D' and ((resseq 64:66))
1	1	2	chain 'C' and ((resseq 14:16))
2	1	2	chain 'E' and ((resseq 14:16))

NCSアンサンブル:

ID
1
2

詳細

Five Avd molecules in the assymetric unit arranged around a five fold axis of symmetry

#1: タンパク質	Bbp7 分子量: 15008.841 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bordetella phage BPP-1 (ファージ) 遺伝子: bbp7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q775D7
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 61 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.31 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 20% PEG 3350, 0.2M magnesium chloride, 0.4M barium chloride, 0.1M Bis-Tris, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.97941, 0.97950, 0.97630

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月30日

放射

モノクロメーター: Double-crystal, Si(111) liquid N2 cooled
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97941	1
2	0.9795	1
3	0.9763	1

反射

解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 43542 / % possible obs: 92.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / R_merge(I) obs: 0.093

反射シェル

解像度 (Å)	Diffraction-ID	% possible all
2.5-2.54	1	66.4
2.54-2.59	1	71.7
2.59-2.64	1	76.7
2.64-2.69	1	78.5
2.69-2.75	1	83.4
2.75-2.82	1	87.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
SOLVE		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.6_289)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.69→42.91 Å / SU ML: 0.34 / σ(F): 1.94 / 位相誤差: 27.56 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2439	1854	5.07 %
R_work	0.1944	-	-
obs	0.197	36535	96.99 %
all	-	43482	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 36.476 Å² / k_sol: 0.325 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	28.6253 Å²	0 Å²	-11.3751 Å²
2-	-	-16.4608 Å²	0 Å²
3-	-	-	-12.9613 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.69→42.91 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4328	0	5	61	4394

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	4416
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.169	5955
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.508	1637
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.071	676
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	737

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	B	22	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.008
1	2	A	22	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.008
1	3	E	22	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.008
1	4	C	22	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.009
1	5	D	22	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.008
2	1	C	24	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.013
2	2	E	24	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.013

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.69-2.7862	0.3318	147	0.2481	2981	X-RAY DIFFRACTION	84
2.7862-2.8977	0.346	175	0.2482	3276	X-RAY DIFFRACTION	91
2.8977-3.0295	0.2896	179	0.2348	3417	X-RAY DIFFRACTION	95
3.0295-3.1892	0.2807	188	0.2228	3603	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1892-3.3889	0.2519	204	0.2044	3551	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3889-3.6505	0.2526	203	0.2022	3573	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6505-4.0176	0.1966	173	0.1666	3566	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0176-4.5984	0.2038	176	0.157	3611	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5984-5.7912	0.2363	193	0.1943	3559	X-RAY DIFFRACTION	100
5.7912-42.915	0.231	216	0.1883	3544	X-RAY DIFFRACTION	99

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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