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- PDB-4dwl: Avd molecule from Bordetella bacteriophage DGR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4dwl
タイトルAvd molecule from Bordetella bacteriophage DGR
要素Bbp7
キーワードnucleic acid binding protein / pentameric four helix bundle / Accessory variability determinant from Bordetella bacteriophage diversity generating retroelements / Reverse Transcriptase / phosphate binding protein
機能・相同性23S rRNA-intervening sequence / : / bAvd-like / 23S rRNA-intervening sequence superfamily / de novo design (two linked rop proteins) / Up-down Bundle / Mainly Alpha / PHOSPHATE ION / Bbp7
機能・相同性情報
生物種Bordetella phage BPP-1 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.69 Å
データ登録者Ghosh, P. / Al-Ayyoubi, M.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: Structure of the essential diversity-generating retroelement protein bAvd and its functionally important interaction with reverse transcriptase.
著者: Alayyoubi, M. / Guo, H. / Dey, S. / Golnazarian, T. / Brooks, G.A. / Rong, A. / Miller, J.F. / Ghosh, P.
履歴
登録2012年2月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年1月14日Group: Database references
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bbp7
B: Bbp7
E: Bbp7
C: Bbp7
D: Bbp7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,1396
ポリマ－75,0445
非ポリマー951
水1,09961
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7130 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area25480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.317, 63.072, 105.295
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.77, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41
51
12
22

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain 'B' and ((resseq 64:66))
211chain 'A' and ((resseq 64:66))
311chain 'E' and ((resseq 64:66))
411chain 'C' and ((resseq 64:66))
511chain 'D' and ((resseq 64:66))
112chain 'C' and ((resseq 14:16))
212chain 'E' and ((resseq 14:16))

NCSアンサンブル:
ID
1
2
詳細Five Avd molecules in the assymetric unit arranged around a five fold axis of symmetry

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要素

#1: タンパク質
Bbp7


分子量: 15008.841 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bordetella phage BPP-1 (ファージ)
遺伝子: bbp7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q775D7
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 61 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.31 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 20% PEG 3350, 0.2M magnesium chloride, 0.4M barium chloride, 0.1M Bis-Tris, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.97941, 0.97950, 0.97630
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月30日
放射モノクロメーター: Double-crystal, Si(111) liquid N2 cooled
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979411
20.97951
30.97631
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 43542 / % possible obs: 92.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.093
反射 シェル
解像度 (Å)Diffraction-ID% possible all
2.5-2.54166.4
2.54-2.59171.7
2.59-2.64176.7
2.64-2.69178.5
2.69-2.75183.4
2.75-2.82187.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SOLVE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6_289)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.69→42.91 Å / SU ML: 0.34 / σ(F): 1.94 / 位相誤差: 27.56 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2439 1854 5.07 %
Rwork0.1944 --
obs0.197 36535 96.99 %
all-43482 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 36.476 Å2 / ksol: 0.325 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-28.6253 Å20 Å2-11.3751 Å2
2---16.4608 Å20 Å2
3----12.9613 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.69→42.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4328 0 5 61 4394
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0094416
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1695955
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.5081637
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071676
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005737
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11B22X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.008
12A22X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.008
13E22X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.008
14C22X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.009
15D22X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.008
21C24X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.013
22E24X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.013
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.69-2.78620.33181470.24812981X-RAY DIFFRACTION84
2.7862-2.89770.3461750.24823276X-RAY DIFFRACTION91
2.8977-3.02950.28961790.23483417X-RAY DIFFRACTION95
3.0295-3.18920.28071880.22283603X-RAY DIFFRACTION100
3.1892-3.38890.25192040.20443551X-RAY DIFFRACTION100
3.3889-3.65050.25262030.20223573X-RAY DIFFRACTION100
3.6505-4.01760.19661730.16663566X-RAY DIFFRACTION100
4.0176-4.59840.20381760.1573611X-RAY DIFFRACTION100
4.5984-5.79120.23631930.19433559X-RAY DIFFRACTION100
5.7912-42.9150.2312160.18833544X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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