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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4dw1 | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of the ATP-gated P2X4 ion channel in the ATP-bound, open state at 2.8 Angstroms | |||||||||
![]() | P2X purinoceptor | |||||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / ion channel | |||||||||
機能・相同性 | ![]() Elevation of cytosolic Ca2+ levels / Platelet homeostasis / purine nucleotide binding / purinergic nucleotide receptor activity / extracellularly ATP-gated monoatomic cation channel activity / ATP-gated ion channel activity / CTP binding / monoatomic ion channel complex / response to ATP / monoatomic cation transport ...Elevation of cytosolic Ca2+ levels / Platelet homeostasis / purine nucleotide binding / purinergic nucleotide receptor activity / extracellularly ATP-gated monoatomic cation channel activity / ATP-gated ion channel activity / CTP binding / monoatomic ion channel complex / response to ATP / monoatomic cation transport / ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmembrane transporter complex / calcium ion transmembrane transport / calcium ion transport / postsynapse / lysosomal membrane / ATP binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Hattori, M. / Gouaux, E. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Molecular mechanism of ATP binding and ion channel activation in P2X receptors. 著者: Hattori, M. / Gouaux, E. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 79.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 61.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a trimer generated from the protomer in the asymmetric unit by the operations: -y, x-y, z and y-x, -x, z. |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 38117.625 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 28-365 / 変異: N78K, N187R, H252R / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: p2rx4a / プラスミド: pFastBac 発現宿主: ![]() ![]() 株 (発現宿主): Sf9 / 参照: UniProt: Q6NYR1, UniProt: F8W463*PLUS |
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-糖 , 2種, 2分子 ![](data/chem/img/NAG.gif)
#2: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
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#3: 糖 | ChemComp-NAG / |
-非ポリマー , 3種, 95分子 ![](data/chem/img/ATP.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: 化合物 | ChemComp-ATP / | ||
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#5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 5.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.69 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 1 mM ATP, 20-26% PEG 2000, 300 mM Mg(NO3)2, 100 mM Tris, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月28日 |
放射 | モノクロメーター: Cryo-Cooled Si(111) double crystal プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 20144 / Num. obs: 19941 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -1 / 冗長度: 7.8 % |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.85 Å / % possible all: 98.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 80.039 Å2 / ksol: 0.301 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→45.94 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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