ソフトウェア 名称 バージョン 分類 HKL-2000データ収集 PHASER位相決定 REFMAC5.6.0117精密化 HKL-2000データ削減 HKL-2000データスケーリング
精密化 構造決定の手法 : 分子置換 / 解像度 : 1.57→10 Å / Cor.coef. Fo :Fc : 0.968 / Cor.coef. Fo :Fc free : 0.964 / SU B : 2.204 / SU ML : 0.033 / 交差検証法 : THROUGHOUT / ESU R : 0.053 / ESU R Free : 0.049 / 立体化学のターゲット値 : MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細 : HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUTRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.1672 5203 5 % RANDOM Rwork 0.15091 - - - obs 0.15173 98844 98.2 % -
溶媒の処理 イオンプローブ半径 : 0.8 Å / 減衰半径 : 0.8 Å / VDWプローブ半径 : 1.2 Å / 溶媒モデル : MASK原子変位パラメータ Biso mean : 15.759 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- -0.52 Å2 -0.26 Å2 -0 Å2 2- - -0.52 Å2 -0 Å2 3- - - 0.79 Å2
精密化ステップ サイクル : LAST / 解像度 : 1.57→10 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 2581 0 174 300 3055
拘束条件 大きな表を表示 (5 x 33) 大きな表を隠す Refine-ID タイプ Dev ideal Dev ideal target 数 X-RAY DIFFRACTION r_bond_refined_d0.007 0.02 3060 X-RAY DIFFRACTION r_bond_other_dX-RAY DIFFRACTION r_angle_refined_deg1.125 1.976 4161 X-RAY DIFFRACTION r_angle_other_degX-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_1_deg5.892 5 381 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_2_deg29.669 24.452 146 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_3_deg11.088 15 453 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_4_deg14.167 15 15 X-RAY DIFFRACTION r_chiral_restr0.08 0.2 438 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_refined0.005 0.021 2397 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_otherX-RAY DIFFRACTION r_nbd_refinedX-RAY DIFFRACTION r_nbd_otherX-RAY DIFFRACTION r_nbtor_refinedX-RAY DIFFRACTION r_nbtor_otherX-RAY DIFFRACTION r_xyhbond_nbd_refinedX-RAY DIFFRACTION r_xyhbond_nbd_otherX-RAY DIFFRACTION r_metal_ion_refinedX-RAY DIFFRACTION r_metal_ion_otherX-RAY DIFFRACTION r_symmetry_vdw_refinedX-RAY DIFFRACTION r_symmetry_vdw_otherX-RAY DIFFRACTION r_symmetry_hbond_refinedX-RAY DIFFRACTION r_symmetry_hbond_otherX-RAY DIFFRACTION r_symmetry_metal_ion_refinedX-RAY DIFFRACTION r_symmetry_metal_ion_otherX-RAY DIFFRACTION r_mcbond_itX-RAY DIFFRACTION r_mcbond_otherX-RAY DIFFRACTION r_mcangle_itX-RAY DIFFRACTION r_scbond_itX-RAY DIFFRACTION r_scangle_itX-RAY DIFFRACTION r_rigid_bond_restr1.405 3 3059 X-RAY DIFFRACTION r_sphericity_free23.14 5 101 X-RAY DIFFRACTION r_sphericity_bonded11.462 5 3197
LS精密化 シェル 解像度 : 1.57→1.613 Å / Total num. of bins used : 20 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.3 372 - Rwork 0.287 6447 - obs - - 94.96 %