PDB-4dui: DARPIN D1 binding to tubulin beta chain (not in complex)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4dui

タイトル

DARPIN D1 binding to tubulin beta chain (not in complex)

要素

DESIGNED ANKYRIN REPEAT PROTEIN (DARPIN) D1

キーワード

DE NOVO PROTEIN / DARPIN / BETA-TUBULIN / TUBULIN / Artificial ankyrin repeat proteins / TUBULIN BETA CHAIN

機能・相同性

Ankyrin repeat-containing domain / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Mainly Alpha

機能・相同性情報

生物種

ARTIFICIAL GENE (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.16 Å

データ登録者

Pecqueur, L. / Duellberg, C. / Dreier, B. / Wang, Q. / Jiang, C. / Pluckthun, A. / Surrey, T. / Gigant, B. / Knossow, M.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: An Anti-Tubulin Darpin Caps the Microtubule Plus-End
著者: Pecqueur, L. / Duellberg, C. / Dreier, B. / Wang, Q. / Jiang, C. / Pluckthun, A. / Surrey, T. / Gigant, B. / Knossow, M.

履歴

登録	2012年2月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年2月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4dui.cif.gz	113 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4dui.ent.gz	88.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4dui.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4dui_validation.pdf.gz	447.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4dui_full_validation.pdf.gz	448.8 KB	表示
XML形式データ	4dui_validation.xml.gz	10.6 KB	表示
CIF形式データ	4dui_validation.cif.gz	14.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/du/4dui ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/du/4dui	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2xeeS 4drx S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3u4k-d 4f8p-2 4f8p-1 2fk9-d 5s8j-d 2fid-d 3ogi-2 7knv-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1) #175 - 2014年7月微小管 (Microtubules) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DESIGNED ANKYRIN REPEAT PROTEIN (DARPIN) D1

ヘテロ分子

18.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.400, 43.400, 143.120
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	DESIGNED ANKYRIN REPEAT PROTEIN (DARPIN) D1 分子量: 18084.439 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ARTIFICIAL GENE (人工物) / プラスミド: PDST067 (pQE30 DERIVATIVE) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XLIblue
#2: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 167 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.86 Å³/Da / 溶媒含有率: 33.99 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.02M CACL2, 0.1 NA ACETATE, 30% MPD, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SOLEIL

/ ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.98 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年10月14日
詳細: Kirkpatrick-Baez pair of bi-morph mirrors plus channel cut cryogenically cooled monochromator crystal

放射

モノクロメーター: CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.98 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.16→41.53 Å / Num. obs: 48400 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 1.35 / 冗長度: 5.08 % / B_iso Wilson estimate: 14.97 Å² / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 14.17

反射シェル

解像度 (Å)	Diffraction-ID	% possible all
1.16-1.23	1	97.8
1.23-1.31	1	100
1.31-1.42	1	99.9
1.42-1.55	1	100
1.55-1.74	1	100
1.74-2	1	99.9
2-2.45	1	99.8
2.45-3.46	1	99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.3_928)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2XEE

2xee

解像度: 1.16→32.103 Å / SU ML: 0.12 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 11.5 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1493	4840	10 %
R_work	0.1228	-	-
obs	0.1254	48392	99.72 %
all	-	48528	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 40.689 Å² / k_sol: 0.363 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.3291 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.3291 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.6581 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.16→32.103 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1232	0	32	167	1431

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.013	1365
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.8	1875
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.824	494
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.083	223
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	243

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.1601-1.1733	0.2557	157	0.2124	1408	X-RAY DIFFRACTION	98
1.1733-1.1871	0.2167	155	0.1736	1401	X-RAY DIFFRACTION	99
1.1871-1.2015	0.2006	159	0.1635	1425	X-RAY DIFFRACTION	99
1.2015-1.2168	0.1744	156	0.1619	1408	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2168-1.2328	0.2053	159	0.1508	1426	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2328-1.2497	0.205	159	0.1457	1433	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2497-1.2675	0.1872	157	0.1383	1417	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2675-1.2864	0.1894	160	0.1407	1436	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2864-1.3065	0.1853	159	0.1339	1429	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3065-1.328	0.1673	159	0.1208	1439	X-RAY DIFFRACTION	100
1.328-1.3509	0.1599	159	0.111	1427	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3509-1.3754	0.1482	158	0.1127	1417	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3754-1.4019	0.1482	161	0.1104	1457	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4019-1.4305	0.1541	159	0.0996	1434	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4305-1.4616	0.145	161	0.0964	1443	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4616-1.4956	0.1422	162	0.0968	1464	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4956-1.533	0.1344	158	0.0902	1418	X-RAY DIFFRACTION	100
1.533-1.5744	0.1356	160	0.0884	1441	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5744-1.6208	0.1208	161	0.0995	1452	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6208-1.6731	0.1343	163	0.0975	1458	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6731-1.7329	0.1272	161	0.1023	1447	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7329-1.8022	0.1271	162	0.1015	1467	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8022-1.8843	0.1145	161	0.1013	1441	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8843-1.9836	0.1408	163	0.1102	1471	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9836-2.1078	0.1207	163	0.1039	1470	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1078-2.2706	0.128	164	0.1103	1479	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2706-2.499	0.1315	165	0.1082	1475	X-RAY DIFFRACTION	99
2.499-2.8604	0.1328	167	0.1192	1501	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8604-3.603	0.1564	171	0.1294	1544	X-RAY DIFFRACTION	100
3.603-32.1155	0.1775	181	0.1649	1624	X-RAY DIFFRACTION	99

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)