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- PDB-4dug: Crystal Structure of Circadian Clock Protein KaiC E318A Mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4dug
タイトルCrystal Structure of Circadian Clock Protein KaiC E318A Mutant
要素(Circadian clock protein kinase ...) x 2
キーワードCIRCADIAN CLOCK PROTEIN / TRANSFERASE / KaiA / KaiB / ATP-binding / biological rhythms / DNA-binding / metal-binding / nucleotide-binding / phosphoprotein / repressor / Serine/threonine-protein kinase / transcription regulation / auto-kinase / phosphorylation
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of phosphorelay signal transduction system / negative regulation of circadian rhythm / entrainment of circadian clock / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / circadian rhythm / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / non-specific serine/threonine protein kinase / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / regulation of DNA-templated transcription ...regulation of phosphorelay signal transduction system / negative regulation of circadian rhythm / entrainment of circadian clock / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / circadian rhythm / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / non-specific serine/threonine protein kinase / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Circadian clock KaiC, bacteria / : / Circadian clock protein kinase KaiC / : / : / KaiC domain / KaiC domain profile. / KaiC-like domain / KaiC / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases ...Circadian clock KaiC, bacteria / : / Circadian clock protein kinase KaiC / : / : / KaiC domain / KaiC domain profile. / KaiC-like domain / KaiC / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / PHOSPHATE ION / Circadian clock oscillator protein KaiC
類似検索 - 構成要素
生物種Synechococcus elongatus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.292 Å
データ登録者Egli, M. / Mori, T. / Pattanayek, R. / Xu, Y. / Qin, X. / Johnson, C.H.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: Dephosphorylation of the Core Clock Protein KaiC in the Cyanobacterial KaiABC Circadian Oscillator Proceeds via an ATP Synthase Mechanism.
著者: Egli, M. / Mori, T. / Pattanayek, R. / Xu, Y. / Qin, X. / Johnson, C.H.
履歴
登録2012年2月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2012年3月14日ID: 3UA2
改定 1.02012年3月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22024年11月27日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Circadian clock protein kinase kaiC
B: Circadian clock protein kinase kaiC
C: Circadian clock protein kinase kaiC
D: Circadian clock protein kinase kaiC
E: Circadian clock protein kinase kaiC
F: Circadian clock protein kinase kaiC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)354,96131
ポリマ－348,4886
非ポリマー6,47325
水1,24369
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area56950 Å2
ΔGint-261 kcal/mol
Surface area101370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)131.714, 135.058, 204.249
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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Circadian clock protein kinase ... , 2種, 6分子 ABCEFD

#1: タンパク質
Circadian clock protein kinase kaiC


分子量: 58094.719 Da / 分子数: 5 / 変異: E318A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechococcus elongatus (バクテリア)
株: PCC 7942 / 遺伝子: kaiC, see0011, Synpcc7942_1216 / プラスミド: PET3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3)
参照: UniProt: Q79PF4, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: タンパク質 Circadian clock protein kinase kaiC


分子量: 58014.734 Da / 分子数: 1 / 変異: E318A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechococcus elongatus (バクテリア)
株: PCC 7942 / 遺伝子: kaiC, see0011, Synpcc7942_1216 / プラスミド: PET3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3)
参照: UniProt: Q79PF4, non-specific serine/threonine protein kinase

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非ポリマー , 4種, 94分子

#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.8 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8
詳細: sodium formate, glycerol, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 113 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月1日
放射モノクロメーター: Diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.292→112.656 Å / Num. all: 55899 / Num. obs: 50551 / % possible obs: 91 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.35 % / Rmerge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 3.292→3.42 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.426 / Mean I/σ(I) obs: 1.42 / Num. unique all: 2791 / % possible all: 51.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)モデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.7.3_928位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3DVL

3dvl


解像度: 3.292→30.046 Å / SU ML: 0.4 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / σ(F): 2 / 位相誤差: 32.32 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3027 2498 5.06 %
Rwork0.2446 --
obs0.2475 49327 88.41 %
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 36.444 Å2 / ksol: 0.279 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-25.1305 Å2-0 Å20 Å2
2--5.7983 Å2-0 Å2
3----30.9288 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.292→30.046 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数23699 0 389 69 24157
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01124542
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.78133184
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.3059180
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0543697
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0024236
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.292-3.35540.378540.32171189X-RAY DIFFRACTION41
3.3554-3.42380.4154760.30171554X-RAY DIFFRACTION53
3.4238-3.49810.2911900.28471904X-RAY DIFFRACTION65
3.4981-3.57940.37371130.28092257X-RAY DIFFRACTION77
3.5794-3.66870.33211480.28182532X-RAY DIFFRACTION87
3.6687-3.76780.32851610.27892695X-RAY DIFFRACTION93
3.7678-3.87840.34051350.28222787X-RAY DIFFRACTION96
3.8784-4.00330.37821490.27692840X-RAY DIFFRACTION97
4.0033-4.1460.35471620.25992815X-RAY DIFFRACTION97
4.146-4.31160.27091650.23112827X-RAY DIFFRACTION97
4.3116-4.50720.30681530.22292886X-RAY DIFFRACTION98
4.5072-4.7440.25621470.20092855X-RAY DIFFRACTION98
4.744-5.03990.27521440.21962908X-RAY DIFFRACTION98
5.0399-5.42690.3161670.23772896X-RAY DIFFRACTION98
5.4269-5.96920.33051410.28042908X-RAY DIFFRACTION98
5.9692-6.82410.34491520.26942932X-RAY DIFFRACTION98
6.8241-8.56450.24981700.22512960X-RAY DIFFRACTION99
8.5645-30.0470.25971710.21383084X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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