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万見
- PDB-4dt1: Crystal structure of the Psy3-Csm2 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4dt1
タイトルCrystal structure of the Psy3-Csm2 complex
要素
  • Chromosome segregation in meiosis protein 2
  • Platinum sensitivity protein 3
キーワードDNA BINDING PROTEIN / DNA damage repair / protein complex / RecA-like fold
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of single-strand break repair via homologous recombination / Shu complex / error-free postreplication DNA repair / meiotic chromosome segregation / maintenance of rDNA / DNA recombinase assembly / recombinational repair / error-free translesion synthesis / site of double-strand break / nucleus ...positive regulation of single-strand break repair via homologous recombination / Shu complex / error-free postreplication DNA repair / meiotic chromosome segregation / maintenance of rDNA / DNA recombinase assembly / recombinational repair / error-free translesion synthesis / site of double-strand break / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Shu complex, component Psy3 / Chromosome segregation in meiosis protein 2 / Shu complex component Csm2, DNA-binding / Shu complex component Psy3, DNA-binding description / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ETHANOL / Chromosome segregation in meiosis protein 2 / Platinum sensitivity protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.899 Å
データ登録者Tao, Y. / Niu, L. / Teng, M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Structural analysis of Shu proteins reveals a DNA binding role essential for resisting damage
著者: Tao, Y. / Li, X. / Liu, Y. / Ruan, J. / Qi, S. / Niu, L. / Teng, M.
履歴
登録2012年2月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年4月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月26日Group: Database references
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chromosome segregation in meiosis protein 2
B: Platinum sensitivity protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,7346
ポリマ－53,5502
非ポリマー1844
水2,396133
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2250 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area18920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)135.123, 50.433, 76.833
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.17, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-427-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Chromosome segregation in meiosis protein 2


分子量: 24983.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: S288c / 遺伝子: CSM2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P40465
#2: タンパク質 Platinum sensitivity protein 3


分子量: 28566.064 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: S288c / 遺伝子: PSY3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q12318
#3: 化合物
ChemComp-EOH / ETHANOL / エタノ-ル


分子量: 46.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.32 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 100mM Tris-HCl, 10% Glycerol, 14% ethanol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSSRF BL17U11
シンクロトロンBSRF 3W1A20.9790, 0.9793, 0.9000
検出器
タイプID検出器日付
MARMOSAIC 225 mm CCD1CCD2009年10月15日
MARMOSAIC 225 mm CCD2CCD2009年10月15日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGHTMx-ray1
2MADMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
20.9791
30.97931
40.91
反射解像度: 1.899→50 Å / Num. obs: 38738 / % possible obs: 96.6 %
反射 シェル解像度: 1.899→1.97 Å / % possible all: 84.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SOLVE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6_289)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.899→33.094 Å / SU ML: 0.25 / σ(F): 1.94 / 位相誤差: 25.54 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2295 1926 4.98 %
Rwork0.1924 --
obs0.1943 38671 96.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 59.025 Å2 / ksol: 0.373 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.0364 Å20 Å2-4.1364 Å2
2--5.0425 Å20 Å2
3----5.0061 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.899→33.094 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3125 0 12 133 3270
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073212
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.994362
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.7481137
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.073520
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004549
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8987-1.96660.33791340.26823160X-RAY DIFFRACTION83
1.9666-2.04530.28351560.21413577X-RAY DIFFRACTION94
2.0453-2.13840.24722030.20153651X-RAY DIFFRACTION97
2.1384-2.25110.22711860.18433762X-RAY DIFFRACTION98
2.2511-2.39210.21112010.1813744X-RAY DIFFRACTION99
2.3921-2.57670.24941930.19213761X-RAY DIFFRACTION99
2.5767-2.83590.232230.19353748X-RAY DIFFRACTION99
2.8359-3.24590.23392240.1913772X-RAY DIFFRACTION99
3.2459-4.08830.20432090.17713789X-RAY DIFFRACTION99
4.0883-33.09850.22081970.18763781X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5468-0.66620.57170.9849-0.06242.46210.0179-0.3885-0.16720.05220.01710.2451-0.0028-0.3771-0.02820.0881-0.010.03790.34010.01790.2137-26.778924.466543.9382
21.05720.25550.66080.6732-0.51632.01990.07940.30450.0188-0.186-0.10960.03520.06360.21660.02140.18030.0727-0.02880.2392-0.02040.1486-23.727326.952412.5334
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN BB4 - 237
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN AA1 - 213

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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