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- PDB-4dso: Small-molecule ligands bind to a distinct pocket in Ras and inhib... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4dso
タイトルSmall-molecule ligands bind to a distinct pocket in Ras and inhibit SOS-mediated nucleotide exchange activity
要素GTPase KRas, isoform 2B
キーワードHYDROLASE / Small G-protein / signaling
機能・相同性
機能・相同性情報


forebrain astrocyte development / negative regulation of epithelial cell differentiation / regulation of synaptic transmission, GABAergic / type I pneumocyte differentiation / epithelial tube branching involved in lung morphogenesis / Rac protein signal transduction / positive regulation of Rac protein signal transduction / skeletal muscle cell differentiation / Signaling by RAS GAP mutants / Signaling by RAS GTPase mutants ...forebrain astrocyte development / negative regulation of epithelial cell differentiation / regulation of synaptic transmission, GABAergic / type I pneumocyte differentiation / epithelial tube branching involved in lung morphogenesis / Rac protein signal transduction / positive regulation of Rac protein signal transduction / skeletal muscle cell differentiation / Signaling by RAS GAP mutants / Signaling by RAS GTPase mutants / Activation of RAS in B cells / RAS signaling downstream of NF1 loss-of-function variants / RUNX3 regulates p14-ARF / SOS-mediated signalling / Activated NTRK3 signals through RAS / Activated NTRK2 signals through RAS / SHC1 events in ERBB4 signaling / Signalling to RAS / SHC-related events triggered by IGF1R / Activated NTRK2 signals through FRS2 and FRS3 / glial cell proliferation / SHC-mediated cascade:FGFR2 / Estrogen-stimulated signaling through PRKCZ / SHC-mediated cascade:FGFR3 / MET activates RAS signaling / Signaling by PDGFRA transmembrane, juxtamembrane and kinase domain mutants / Signaling by PDGFRA extracellular domain mutants / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / SHC-mediated cascade:FGFR4 / Signaling by FGFR4 in disease / Erythropoietin activates RAS / Signaling by CSF3 (G-CSF) / SHC-mediated cascade:FGFR1 / FRS-mediated FGFR2 signaling / protein-membrane adaptor activity / FRS-mediated FGFR3 signaling / Signaling by FLT3 ITD and TKD mutants / positive regulation of glial cell proliferation / Signaling by FGFR2 in disease / FRS-mediated FGFR4 signaling / p38MAPK events / Signaling by FGFR3 in disease / homeostasis of number of cells within a tissue / Tie2 Signaling / FRS-mediated FGFR1 signaling / striated muscle cell differentiation / GRB2 events in EGFR signaling / FLT3 Signaling / SHC1 events in EGFR signaling / EGFR Transactivation by Gastrin / Signaling by FLT3 fusion proteins / Signaling by FGFR1 in disease / GRB2 events in ERBB2 signaling / CD209 (DC-SIGN) signaling / Ras activation upon Ca2+ influx through NMDA receptor / NCAM signaling for neurite out-growth / SHC1 events in ERBB2 signaling / Downstream signal transduction / Constitutive Signaling by Overexpressed ERBB2 / Insulin receptor signalling cascade / Signaling by phosphorylated juxtamembrane, extracellular and kinase domain KIT mutants / small monomeric GTPase / VEGFR2 mediated cell proliferation / FCERI mediated MAPK activation / Signaling by ERBB2 TMD/JMD mutants / RAF activation / Constitutive Signaling by EGFRvIII / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / Signaling by ERBB2 ECD mutants / MAP2K and MAPK activation / visual learning / Signaling by ERBB2 KD Mutants / Signaling by SCF-KIT / G protein activity / cytoplasmic side of plasma membrane / Signaling by CSF1 (M-CSF) in myeloid cells / Regulation of RAS by GAPs / RAS processing / Negative regulation of MAPK pathway / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / GDP binding / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / MAPK cascade / DAP12 signaling / Constitutive Signaling by Ligand-Responsive EGFR Cancer Variants / Ca2+ pathway / gene expression / actin cytoskeleton organization / RAF/MAP kinase cascade / neuron apoptotic process / negative regulation of neuron apoptotic process / mitochondrial outer membrane / Ras protein signal transduction / positive regulation of protein phosphorylation / Golgi membrane / focal adhesion
類似検索 - 分子機能
Small GTPase, Ras-type / small GTPase Ras family profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases ...Small GTPase, Ras-type / small GTPase Ras family profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BENZAMIDINE / 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE / GTPase KRas
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Oh, A. / Maurer, T. / Garrenton, L.S. / Pitts, K. / Anderson, D.J. / Skelton, N.J. / Fauber, B.P. / Pan, B. / Malek, S. / Stokoe, D. ...Oh, A. / Maurer, T. / Garrenton, L.S. / Pitts, K. / Anderson, D.J. / Skelton, N.J. / Fauber, B.P. / Pan, B. / Malek, S. / Stokoe, D. / Ludlam, M. / Bowman, K.K. / Wu, J. / Giannetti, A.M. / Starovasnik, M.A. / Mellman, I. / Jackson, P.K. / Ruldolph, J. / Fang, G. / Wang, W.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Small-molecule ligands bind to a distinct pocket in Ras and inhibit SOS-mediated nucleotide exchange activity.
著者: Maurer, T. / Garrenton, L.S. / Oh, A. / Pitts, K. / Anderson, D.J. / Skelton, N.J. / Fauber, B.P. / Pan, B. / Malek, S. / Stokoe, D. / Ludlam, M.J. / Bowman, K.K. / Wu, J. / Giannetti, A.M. / ...著者: Maurer, T. / Garrenton, L.S. / Oh, A. / Pitts, K. / Anderson, D.J. / Skelton, N.J. / Fauber, B.P. / Pan, B. / Malek, S. / Stokoe, D. / Ludlam, M.J. / Bowman, K.K. / Wu, J. / Giannetti, A.M. / Starovasnik, M.A. / Mellman, I. / Jackson, P.K. / Rudolph, J. / Wang, W. / Fang, G.
履歴
登録2012年2月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年4月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年4月18日Group: Database references
改定 1.22012年6月6日Group: Database references
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GTPase KRas, isoform 2B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,3065
ポリマ－21,5311
非ポリマー7764
水2,684149
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.374, 79.374, 77.749
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-431-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 GTPase KRas, isoform 2B / KRas 4B / K-Ras 2 / Ki-Ras / c-K-ras / c-Ki-ras / GTPase KRas / N-terminally processed


分子量: 21530.574 Da / 分子数: 1 / 変異: G12D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KRAS, KRAS2, RASK2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P01116, 加水分解酵素; 酸無水物に作用

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非ポリマー , 5種, 153分子

#2: 化合物 ChemComp-GSP / 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE / GTP-γ-S


分子量: 539.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3S
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-BEN / BENZAMIDINE / ベンズアミジン


分子量: 120.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H8N2
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細THE SEQUENCE MATCHES UNIPROT ENTRY P01116, ISOFORM 2B WITH IDENTIFIER P01116-2.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.81 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 uL + 0.2 uL drops containing 40 mg/mL KRas, 0.1 M TrisCl, 25% polyethylene glycol 4000, 0.2 M NaOAc, 2% benzamidine-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97945 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年1月14日
詳細: Side scattering bent cube-root I-beam single crystal; asymmetric cut 4.965 degs
放射モノクロメーター: Side scattering bent cube-root I-beam single crystal; asymmetric cut 4.965 degs
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97945 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→30 Å / Num. obs: 14782 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.3 % / Rsym value: 0.059 / Net I/σ(I): 18.1
反射 シェル解像度: 1.85→1.99 Å / 冗長度: 4.4 % / Mean I/σ(I) obs: 7.4 / Rsym value: 0.158 / % possible all: 82.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.85→25.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 6.887 / SU ML: 0.095 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.141 / ESU R Free: 0.129 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20705 781 5 %RANDOM
Rwork0.17022 ---
obs0.17211 14782 99.84 %-
all-15563 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39.076 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.41 Å2-0.2 Å20 Å2
2---0.41 Å20 Å2
3---0.61 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→25.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1417 0 48 149 1614
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0221487
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.02997
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0661.9962011
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.95332428
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.55179
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.38724.64871
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.61515261
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.7831510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2222
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021638
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.02295
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2270.2329
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2140.21121
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1780.2728
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0860.2768
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2040.2134
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1050.22
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2310.225
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3080.252
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.4980.214
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.21.51178
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2111.5369
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.35821443
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.0843684
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.884.5568
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.889 Å / Total num. of bins used: 25
Rfactor反射数%反射
Rfree0.285 46 -
Rwork0.227 887 -
obs--99.89 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.3018-0.83990.25156.48752.25130.8736-0.1552-0.28580.2268-0.40010.2020.03-0.37110.0326-0.046800000018.59119.1794.55
24.31760.9070.67674.44170.75262.732-0.0434-0.28590.33360.2113-0.0184-0.0459-0.10160.11470.0618-0.16020.0134-0.0318-0.1241-0.0184-0.158718.6419.9230.142
33.83090.5691.11521.8630.39020.9806-0.0781-0.26590.32230.0436-0.09570.1188-0.08670.04560.17380.08460.0409-0.0254-0.0692-0.01790.006715.2196.247-0.587
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A448 - 449
2X-RAY DIFFRACTION2A1 - 180
3X-RAY DIFFRACTION2A201
4X-RAY DIFFRACTION2A203
5X-RAY DIFFRACTION2A204
6X-RAY DIFFRACTION2A301 - 422
7X-RAY DIFFRACTION3A423 - 447

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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