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- PDB-4ds8: Complex structure of abscisic acid receptor PYL3-(+)-ABA-HAB1 in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ds8
タイトルComplex structure of abscisic acid receptor PYL3-(+)-ABA-HAB1 in the presence of Mn2+
要素
  • Abscisic acid receptor PYL3
  • Protein phosphatase 2C 16
キーワードHORMONE RECEPTOR/HYDROLASE / abscisic acid receptor / PP2C / ABA / pyl3 / HORMONE RECEPTOR-HYDROLASE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


protein phosphatase inhibitor complex / abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / protein serine/threonine phosphatase activity / myosin phosphatase activity / protein-serine/threonine phosphatase / signaling receptor activity / protein homodimerization activity / identical protein binding ...protein phosphatase inhibitor complex / abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / protein serine/threonine phosphatase activity / myosin phosphatase activity / protein-serine/threonine phosphatase / signaling receptor activity / protein homodimerization activity / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
PPM-type phosphatase, divalent cation binding / PPM-type phosphatase domain signature. / PPM-type phosphatase domain / Phosphatase 2c; domain 1 / Protein phosphatase 2C / Polyketide cyclase/dehydrase / Polyketide cyclase / dehydrase and lipid transport / Protein phosphatase 2C family / Serine/threonine phosphatases, family 2C, catalytic domain / PPM-type phosphatase domain profile. ...PPM-type phosphatase, divalent cation binding / PPM-type phosphatase domain signature. / PPM-type phosphatase domain / Phosphatase 2c; domain 1 / Protein phosphatase 2C / Polyketide cyclase/dehydrase / Polyketide cyclase / dehydrase and lipid transport / Protein phosphatase 2C family / Serine/threonine phosphatases, family 2C, catalytic domain / PPM-type phosphatase domain profile. / PPM-type phosphatase-like domain / PPM-type phosphatase-like domain superfamily / : / START domain / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 / START-like domain superfamily / 4-Layer Sandwich / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-A8S / : / Protein phosphatase 2C 16 / Abscisic acid receptor PYL3
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.21 Å
データ登録者Zhang, X. / Zhang, Q. / Wang, G. / Chen, Z.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2012
タイトル: Complex Structures of the Abscisic Acid Receptor PYL3/RCAR13 Reveal a Unique Regulatory Mechanism
著者: Zhang, X. / Zhang, Q. / Xin, Q. / Yu, L. / Wang, Z. / Wu, W. / Jiang, L. / Wang, G. / Tian, W. / Deng, Z. / Wang, Y. / Liu, Z. / Long, J. / Gong, Z. / Chen, Z.
履歴
登録2012年2月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年6月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Abscisic acid receptor PYL3
B: Protein phosphatase 2C 16
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,9546
ポリマ－61,4512
非ポリマー5034
水6,179343
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2160 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area20000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.745, 69.723, 82.887
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.63, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Abscisic acid receptor PYL3 / PYR1-like protein 3 / Regulatory components of ABA receptor 13


分子量: 23323.404 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: At1g73000, PYL3 / プラスミド: pgex 4t-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 (DE3) cells / 参照: UniProt: Q9SSM7
#2: タンパク質 Protein phosphatase 2C 16 / AtPP2C16 / AtP2C-HA / Protein HYPERSENSITIVE TO ABA 1 / Protein phosphatase 2C HAB1 / PP2C HAB1


分子量: 38127.586 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 169-511 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: At1g72770, HAB1 / プラスミド: pgex 4t-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 (DE3) cells
参照: UniProt: Q9CAJ0, protein-serine/threonine phosphatase

-
非ポリマー , 4種, 347分子

#3: 化合物 ChemComp-A8S / (2Z,4E)-5-[(1S)-1-hydroxy-2,6,6-trimethyl-4-oxocyclohex-2-en-1-yl]-3-methylpenta-2,4-dienoic acid / (+)-abscisic acid / (2Z,4E)-5-[(1S)-1-hydroxy-2,6,6-trimethyl-4-oxo-2-cyclohexen-1-yl]-3-methyl-2,4-pentadienoic acid / アブシジン酸


分子量: 264.317 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H20O4 / コメント: ホルモン*YM
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 343 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.81 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: 28% PEG3350, 0.2M MgCl2, 0.1M Tris-HCl, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.21→50 Å / Num. all: 22300 / Num. obs: 20350 / % possible obs: 91.26 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.096
反射 シェル解像度: 2.21→2.25 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.33 / Num. unique all: 885 / % possible all: 4.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3KLX

3klx


解像度: 2.21→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 13.644 / SU ML: 0.157 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.452 / ESU R Free: 0.232 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22134 1012 5 %RANDOM
Rwork0.18641 ---
obs0.18815 19318 91.03 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.779 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.89 Å20 Å21.58 Å2
2---1.26 Å20 Å2
3----0.99 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.21→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3552 0 32 343 3927
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0213651
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1411.9534950
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8865464
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.32123.197147
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.85315575
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.0981526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2572
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0212730
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3041.52337
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.59523756
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.00831314
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.6484.51194
LS精密化 シェル解像度: 2.21→2.267 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.294 66 -
Rwork0.214 1166 -
obs--77 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
110.35457.86752.760320.2928-11.49789.2505-0.40.05080.2451-0.3365-0.0620.04160.26990.65330.46190.4080.02030.07690.29090.030.0841-7.4911.31254.783
24.1699-1.2771-2.727111.51515.47476.9223-0.1955-0.3855-0.07820.20080.07-0.150.16530.71790.12550.09170.0255-0.02980.20380.08110.0499-7.827-14.13253.759
33.2128-0.1464-0.7880.8920.46341.76130.00540.03760.1654-0.04220.0415-0.0554-0.0018-0.1871-0.04690.0743-0.01070.01860.06440.01010.0845-12.358-6.52544.963
40.2361-0.22460.06892.3730.5297-0.31390.04650.3034-0.1433-0.18230.06190.1880.0312-0.1596-0.10830.2615-0.0352-0.03840.33390.03480.2515-16.768-14.80831.594
51.27660.1312-0.43890.8029-1.01040.38910.0153-0.0779-0.1024-0.1725-0.1201-0.08930.12760.08280.10480.1649-0.0301-0.01270.149-0.02770.1087-7.845-17.00728.786
65.7004-3.8031-6.41639.81827.30899.2337-0.1161-0.10190.22520.19720.14690.09870.37120.0053-0.03090.056-0.0345-0.08910.18280.02350.1302-17.222-17.74644.281
70.86680.145-1.63480.73280.74643.7031-0.28780.2575-0.35810.0030.1918-0.28690.3495-0.12150.0960.16540.01270.03210.18-0.02120.2519-3.069-19.6535.628
82.97130.53151.49215.92620.68792.0228-0.1912-0.1925-0.01920.3557-0.37630.740.0754-0.62560.56750.1764-0.048-0.01990.2911-0.05020.252-16.397-6.05650.619
94.7595-1.7922-2.41152.06841.19982.15720.13740.1361-0.0892-0.2058-0.0908-0.0623-0.095-0.0653-0.04660.05890.0012-0.02050.0770.03230.0435-2.521-9.38543.949
107.4436-4.6008-0.79363.7951-0.0137-0.1755-0.1488-0.02730.43270.03280.1252-0.1977-0.02720.01040.02370.1209-0.0257-0.01720.2053-0.00590.1189-8.077-3.17838.057
111.7977-0.89720.2054-0.1830.77880.4896-0.02080.2237-0.11910.01870.0130.02590.1295-0.02840.00770.1653-0.00950.00730.1463-0.030.07071.425-0.1412.812
120.4393-0.02890.06393.2069-0.91610.7380.09980.07360.1309-0.0412-0.15680.0263-0.20170.01530.0570.17990.00250.02230.14930.02170.10661.23917.0364.161
130.670.5262-0.36136.0537-2.17590.9091-0.05850.1239-0.0317-0.11010.0599-0.02550.0998-0.0745-0.00140.0576-0.0129-0.0260.12380.00090.07-3.53210.86910.172
142.68351.6497-2.07443.1255-1.21553.58520.039-0.16970.1296-0.278-0.0669-0.2037-0.34460.27490.02790.169-0.0168-0.01410.137-0.01080.08551.74720.09816.903
152.23270.6887-1.32881.2631-0.09271.9955-0.07180.00810.0488-0.08070.0198-0.02660.0655-0.00310.0520.07790.0102-0.0620.1217-0.01350.05662.3719.15313.9
16-0.65910.0018-0.10822.25760.5835.5703-0.0388-0.092-0.10340.0612-0.2008-0.46270.36331.00470.23960.05050.0144-0.02480.26430.06780.180414.3274.91522.78
170.7316-1.23090.15142.141-0.57071.7001-0.0008-0.02080.0843-0.09330.0142-0.04340.12530.0161-0.01340.1117-0.0289-0.02250.14310.02930.08934.0090.08329.7
181.05940.641-0.45111.3143-0.9662.2778-0.11590.0596-0.0816-0.1837-0.0072-0.30720.16020.34170.12310.07290.02450.020.1278-0.00430.125113.9884.3014.288
1911.8945-4.67460.8905-0.793-2.9414-3.8097-0.80182.1785-0.0407-1.47850.3795-0.27220.5472-1.08970.42231.0564-0.41130.21491.0615-0.23870.26286.2427.633-14.247
201.00240.1615-0.25085.6835-2.40713.5693-0.08940.1764-0.2788-0.7272-0.0356-0.35420.34940.31520.1250.17770.03050.05820.1353-0.06340.10729.476-1.539-0.68
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A25 - 31
2X-RAY DIFFRACTION2A32 - 46
3X-RAY DIFFRACTION3A47 - 67
4X-RAY DIFFRACTION4A68 - 98
5X-RAY DIFFRACTION5A99 - 117
6X-RAY DIFFRACTION6A118 - 130
7X-RAY DIFFRACTION7A131 - 144
8X-RAY DIFFRACTION8A145 - 157
9X-RAY DIFFRACTION9A162 - 185
10X-RAY DIFFRACTION10A186 - 207
11X-RAY DIFFRACTION11B185 - 202
12X-RAY DIFFRACTION12B203 - 231
13X-RAY DIFFRACTION13B232 - 265
14X-RAY DIFFRACTION14B266 - 300
15X-RAY DIFFRACTION15B301 - 355
16X-RAY DIFFRACTION16B356 - 376
17X-RAY DIFFRACTION17B377 - 410
18X-RAY DIFFRACTION18B411 - 454
19X-RAY DIFFRACTION19B455 - 470
20X-RAY DIFFRACTION20B471 - 506

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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