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- PDB-4ds0: Cell attachment protein VP8* of a human rotavirus specifically in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ds0
タイトルCell attachment protein VP8* of a human rotavirus specifically interacts with A-type histo-blood group antigen
要素Outer capsid protein VP4
キーワードVIRAL PROTEIN / OTAVIRUS / CELL ATTACHMENT FACTOR / HISTO BLOOD GROUP ANTIGEN / GALECTIN-FOLD
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell rough endoplasmic reticulum / permeabilization of host organelle membrane involved in viral entry into host cell / host cytoskeleton / viral outer capsid / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Rotavirus VP4 helical domain / Rotavirus VP4 helical domain / Outer capsid protein VP4 / Rotavirus VP4, membrane interaction domain superfamily / Rotavirus VP4, membrane interaction domain / Rotavirus VP4 membrane interaction domain / Haemagglutinin outer capsid protein VP4, concanavalin-like domain / Outer Capsid protein VP4 (Hemagglutinin) Concanavalin-like domain / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily ...Rotavirus VP4 helical domain / Rotavirus VP4 helical domain / Outer capsid protein VP4 / Rotavirus VP4, membrane interaction domain superfamily / Rotavirus VP4, membrane interaction domain / Rotavirus VP4 membrane interaction domain / Haemagglutinin outer capsid protein VP4, concanavalin-like domain / Outer Capsid protein VP4 (Hemagglutinin) Concanavalin-like domain / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Blood group A H type 2 antigen, beta anomer / Outer capsid protein VP4
類似検索 - 構成要素
生物種Rotavirus sp. (ウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.56 Å
データ登録者Hu, L. / Crawford, S.E. / Czako, R. / Cortes-Penfield, N.W. / Smith, D.F. / Le Pendu, J. / Estes, M.K. / Prasad, B.V.V.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2012
タイトル: Cell attachment protein VP8* of a human rotavirus specifically interacts with A-type histo-blood group antigen.
著者: Hu, L. / Crawford, S.E. / Czako, R. / Cortes-Penfield, N.W. / Smith, D.F. / Le Pendu, J. / Estes, M.K. / Prasad, B.V.
履歴
登録2012年2月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年4月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年5月23日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12020年8月5日Group: Structure summary / カテゴリ: pdbx_molecule_features
改定 2.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Outer capsid protein VP4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,3002
ポリマ－18,5681
非ポリマー7331
水4,918273
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.750, 35.540, 44.060
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.85, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Outer capsid protein VP4 / Rotavirus cell attachment protein VP8*


分子量: 18567.623 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 64-224 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rotavirus sp. (ウイルス) / 遺伝子: VP4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q86169
#2: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-2)-[2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose-(1-3)]beta-D- ...alpha-L-fucopyranose-(1-2)-[2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose-(1-3)]beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 抗原 / 分子量: 732.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide with branches / 参照: Blood group A H type 2 antigen, beta anomer
記述子タイププログラム
LFucpa1-2[DGalpNAca1-3]DGalpb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a2112h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5][a2112h-1a_1-5_2*NCC/3=O]/1-2-3-4/a4-b1_b2-c1_b3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(2+1)][a-L-Fucp]{}[(3+1)][a-D-GalpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 273 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.09 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 30% PEG 1500 Sodium acetate trihydrate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年11月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.56→27.6 Å / Num. all: 19647 / Num. obs: 19647 / % possible obs: 92.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 1.56→1.64 Å / % possible all: 86.8

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.4_162) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1KQR

1kqr


解像度: 1.56→27.6 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.64 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1873 939 5.16 %Random
Rwork0.1561 ---
all0.1577 18211 --
obs0.1577 18211 92.71 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 26.669 Å2 / ksol: 0.336 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.4105 Å20 Å2-0.5005 Å2
2--2.38 Å2-0 Å2
3----0.9696 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.56→27.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1307 0 50 273 1630
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061392
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0741908
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d30.201544
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.068223
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004237
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.56-1.6370.20941140.16922298X-RAY DIFFRACTION87
1.637-1.73950.23251110.1552368X-RAY DIFFRACTION90
1.7395-1.87380.20841240.15582431X-RAY DIFFRACTION91
1.8738-2.06230.16891580.14482438X-RAY DIFFRACTION93
2.0623-2.36060.17731290.14332517X-RAY DIFFRACTION94
2.3606-2.97360.19961520.15142552X-RAY DIFFRACTION96
2.9736-27.62760.15561510.13222668X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0549-0.49540.32280.2421-0.14970.2813-0.0464-0.02120.1076-0.0054-0.0326-0.0017-0.0567-0.03270.06870.0684-0.0115-0.00750.04580.00590.06887.742412.95146.6126
20.28810.14830.15370.1726-0.16270.66340.0708-0.05880.06760.0486-0.0241-0.00260.0282-0.0225-0.04010.0562-0.02080.01310.054-0.01710.051118.55087.200118.8323
30.1655-0.08040.18950.1622-0.00770.725-0.00480.0471-0.0066-0.0354-0.01460.03680.0704-0.04790.01710.0451-0.0091-0.00030.04220.00230.053210.52433.9047.2653
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 62:96)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 97:145)
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 146:224)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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