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- PDB-4drx: GTP-Tubulin in complex with a DARPIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4drx
タイトルGTP-Tubulin in complex with a DARPIN
要素
  • Designed ankyrin repeat protein (DARPIN) D1
  • Tubulin alpha chain
  • Tubulin beta chain
キーワードCELL CYCLE / ALPHA-TUBULIN / BETA-TUBULIN / GTPASE / MICROTUBULE / DARPin / SUBTILISIN / TUBULIN / TUBULIN DIGESTED WITH SUBTILISIN
機能・相同性
機能・相同性情報


organelle transport along microtubule / axonemal microtubule / forebrain morphogenesis / glial cell differentiation / neuron projection arborization / cerebellar cortex morphogenesis / flagellated sperm motility / dentate gyrus development / centrosome cycle / pyramidal neuron differentiation ...organelle transport along microtubule / axonemal microtubule / forebrain morphogenesis / glial cell differentiation / neuron projection arborization / cerebellar cortex morphogenesis / flagellated sperm motility / dentate gyrus development / centrosome cycle / pyramidal neuron differentiation / motor behavior / smoothened signaling pathway / response to L-glutamate / regulation of synapse organization / startle response / locomotory exploration behavior / microtubule polymerization / sperm flagellum / response to tumor necrosis factor / microtubule-based process / response to mechanical stimulus / condensed chromosome / homeostasis of number of cells within a tissue / cellular response to calcium ion / adult locomotory behavior / intracellular protein transport / synapse organization / neuromuscular junction / visual learning / recycling endosome / cerebral cortex development / structural constituent of cytoskeleton / memory / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / neuron migration / neuron apoptotic process / gene expression / microtubule / hydrolase activity / protein heterodimerization activity / GTPase activity / protein-containing complex binding / GTP binding / metal ion binding / identical protein binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Helix hairpin bin / Ankyrin repeat-containing domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Alpha tubulin / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin ...Helix hairpin bin / Ankyrin repeat-containing domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Alpha tubulin / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Helix Hairpins / Alpha Horseshoe / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Tubulin beta chain / Tubulin alpha chain
類似検索 - 構成要素
生物種ARTIFICIAL GENE (人工物)
Ovis aries (ヒツジ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.22 Å
データ登録者Pecqueur, L. / Gigant, B. / Knossow, M.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: A designed ankyrin repeat protein selected to bind to tubulin caps the microtubule plus end.
著者: Pecqueur, L. / Duellberg, C. / Dreier, B. / Jiang, Q. / Wang, C. / Pluckthun, A. / Surrey, T. / Gigant, B. / Knossow, M.
履歴
登録2012年2月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年7月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年8月8日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tubulin alpha chain
B: Tubulin beta chain
C: Tubulin alpha chain
D: Tubulin beta chain
E: Designed ankyrin repeat protein (DARPIN) D1
F: Designed ankyrin repeat protein (DARPIN) D1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)232,40814
ポリマ－230,2186
非ポリマー2,1908
水6,215345
1
A: Tubulin alpha chain
B: Tubulin beta chain
F: Designed ankyrin repeat protein (DARPIN) D1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,2047
ポリマ－115,1093
非ポリマー1,0954
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4390 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area36490 Å2
手法PISA
2
C: Tubulin alpha chain
D: Tubulin beta chain
E: Designed ankyrin repeat protein (DARPIN) D1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,2047
ポリマ－115,1093
非ポリマー1,0954
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4450 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area36350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.884, 90.596, 117.575
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.02, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22
13
23

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain 'B' and (resseq 1:42 or resseq 45: 54 or...
211chain 'D' and (resseq 1:42 or resseq 45: 54 or...
112chain 'A' and (resseq 2:37 or resseq 47: 279 or...
212chain 'C' and (resseq 2:37 or resseq 47: 279 or...
113chain 'E' and (resseq 13:167 ) and (not element H)
213chain 'F' and (resseq 13:167 ) and (not element H)

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

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要素

-
タンパク質 , 3種, 6分子 ACBDEF

#1: タンパク質 Tubulin alpha chain


分子量: 48665.027 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-437 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: D0VWZ0
#2: タンパク質 Tubulin beta chain


分子量: 48375.348 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-431 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: D0VWY9
#3: タンパク質 Designed ankyrin repeat protein (DARPIN) D1


分子量: 18068.439 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ARTIFICIAL GENE (人工物) / プラスミド: PDST067 (pQE30 derivative) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XLIblue

-
非ポリマー , 3種, 353分子

#4: 化合物
ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 345 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細AUTHOR STATES THAT FOR ALPHA-TUBULIN (CHAIN A AND CHAIN C), THE BOVINE BRAIN TUBULIN ALPHA 1B ...AUTHOR STATES THAT FOR ALPHA-TUBULIN (CHAIN A AND CHAIN C), THE BOVINE BRAIN TUBULIN ALPHA 1B SEQUENCE (UNP81947) WAS USED FOR REFINEMENT BECAUSE THE SEQUENCE OF OVINE BRAIN TUBULIN IS NOT AVAILABLE. FOR BETA-TUBULIN (CHAIN B AND CHAIN D), THERE ARE THREE MAJOR ISOTYPES EXPRESSED IN THE BRAIN. THEY USED THE BETA 2B ISOTYPE SEQUENCE (NCBI NP_ 999 001003900.1)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.31 %
結晶化温度: 292 K / pH: 7
詳細: PEG 6K, 0.05M KCl, 0.01 M MGCL2, 0.2M LiCl, 0.01 M HEPES pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.978
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: h,-k,-l / Fraction: 0.48
反射解像度: 2.22→39.19 Å / Num. obs: 104776 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.98 % / Rmerge(I) obs: 0.015 / Net I/σ(I): 12.38
反射 シェル解像度: 2.22→2.35 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.08 / % possible all: 95

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.2_869)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3RYC

3ryc


解像度: 2.22→39.19 Å / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 21.33 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.194 5421 5.17 %
Rwork0.159 --
obs0.161 104776 96.1 %
all-104780 -
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 31.8 Å2 / ksol: 0.33 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.0205 Å20 Å23.1566 Å2
2--8.373 Å2-0 Å2
3----6.3526 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.22→39.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15529 0 132 345 16006
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0116039
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.80421824
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.5275786
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0582438
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042842
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11B3291X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.109
12D3291X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.109
21A3224X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.139
22C3224X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.139
31E1131X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.01
32F1131X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.01
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2196-2.25790.28332580.2364851X-RAY DIFFRACTION90
2.2579-2.29890.24842600.23494927X-RAY DIFFRACTION91
2.2989-2.34310.26122530.22714928X-RAY DIFFRACTION91
2.3431-2.39090.26722700.22175012X-RAY DIFFRACTION91
2.3909-2.44290.23862580.21124920X-RAY DIFFRACTION91
2.4429-2.49970.25772600.21754981X-RAY DIFFRACTION91
2.4997-2.56220.24112610.20984977X-RAY DIFFRACTION92
2.5622-2.63150.25252550.19934954X-RAY DIFFRACTION92
2.6315-2.70890.26912680.20114991X-RAY DIFFRACTION92
2.7089-2.79630.26972570.19725002X-RAY DIFFRACTION92
2.7963-2.89630.24762580.19084984X-RAY DIFFRACTION92
2.8963-3.01220.24452600.18015001X-RAY DIFFRACTION92
3.0122-3.14920.21192650.17145003X-RAY DIFFRACTION92
3.1492-3.31520.1992650.16344990X-RAY DIFFRACTION92
3.3152-3.52270.21092580.15564998X-RAY DIFFRACTION92
3.5227-3.79450.15522660.13465007X-RAY DIFFRACTION91
3.7945-4.1760.14262590.11984989X-RAY DIFFRACTION92
4.176-4.77940.1582550.10685058X-RAY DIFFRACTION91
4.7794-6.0180.15942580.13484922X-RAY DIFFRACTION90
6.018-39.19780.13952750.13675038X-RAY DIFFRACTION90
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8742-0.1363-0.09650.75960.41661.7158-0.0102-0.0662-0.0960.01070.0056-0.03090.12280.1458-0.00720.0948-0.006-0.04290.12550.00070.18148.824610.3846-47.882
21.54580.2410.1621.26550.0191.50060.06430.30490.1757-0.071-0.11450.1246-0.0857-0.010.05750.186-0.0255-0.0190.24690.01390.213235.652820.8709-58.4517
30.6544-0.0682-0.50410.40540.19761.8810.04040.11050.0419-0.1175-0.07560.1451-0.1578-0.1980.03910.11-0.0015-0.08110.1421-0.01240.209933.093422.4836-53.848
41.9291-1.50531.48012.7325-2.31523.9464-0.1272-0.12660.34240.0715-0.01-0.1282-0.49290.30260.15590.2511-0.0976-0.07810.1144-0.08960.27843.969731.5903-35.0257
51.10170.3153-0.04491.60360.73561.2641-0.0141-0.02-0.55840.00940.0343-0.03930.55110.2169-0.01340.40210.1631-0.03340.27060.03590.484945.6672-11.4525-13.6454
61.0837-0.05280.22771.49360.03231.18070.0312-0.1568-0.18310.098-0.0758-0.19520.23150.2980.01920.21680.0237-0.07450.32510.06730.183444.04961.2184-5.3771
71.0324-0.16330.17820.9343-0.46621.85060.02070.0473-0.3776-0.15390.12320.13920.1164-0.1522-0.08860.1797-0.0352-0.06640.2362-0.01720.267228.24836.4951-18.3007
81.2796-0.05650.02040.35840.20811.60550.1537-0.0502-0.09870.2058-0.1885-0.1092-0.36490.48820.04840.2904-0.1118-0.06950.40770.00960.251840.572717.81934.3699
90.80180.03770.0180.50140.26342.1175-0.0385-0.08490.1077-0.00330.03580.0524-0.1750.44280.01050.1203-0.0225-0.06220.2207-0.00140.1769-4.056716.388-13.1738
101.4088-0.3045-0.09341.01780.08651.15460.03650.13770.05980.0061-0.07690.11060.0516-0.00470.06740.1791-0.0113-0.04520.24970.02870.243-17.50477.0389-1.7637
110.34270.38310.00690.43780.17312.43310.0419-0.1335-0.10490.1043-0.15240.1160.1562-0.23340.09180.16060.0105-0.0430.17560.03480.1791-19.57115.1217-6.9337
122.72551.9199-2.55643.1051-2.53265.32910.1114-0.1257-0.2652-0.0846-0.1474-0.07530.36060.26840.08870.27950.0453-0.07150.2382-0.03960.242-8.8414-4.4704-25.4011
130.7519-0.3018-0.14941.45660.14421.44850.0274-0.14280.14490.1941-0.0066-0.198-0.55320.19890.01990.2827-0.1806-0.12640.13960.03520.3256-6.841338.1-42.2185
140.8298-0.1924-0.42990.64690.43211.60930.09630.070.1841-0.0482-0.0936-0.1212-0.28710.32080.00870.2365-0.0652-0.03510.14070.03070.2673-6.866427.9865-54.9299
151.0767-0.0070.03890.5258-0.59071.790.0333-0.13810.06660.0620.01920.1441-0.2032-0.2704-0.03020.19040.0144-0.02910.2149-0.01110.2279-23.718220.9357-42.0517
161.09610.0007-0.09420.66360.02112.14720.04570.1038-0.0515-0.1048-0.1381-0.0810.31410.17380.0850.30020.0591-0.04420.1478-0.00740.2059-11.71469.086-64.636
171.9249-0.0858-1.09651.92420.34024.22610.05080.25730.2033-0.6294-0.0953-0.7645-0.27390.21010.10370.4856-0.11270.05380.27930.04680.2571-6.11920.0222-96.7256
181.36290.1517-0.35970.90380.47662.2505-0.1324-0.02140.0392-0.09770.05880.0808-0.0839-0.08320.0530.27190.0692-0.04520.28040.00870.1907-21.724316.1063-86.2781
191.3844-0.2460.0462.51820.78942.0765-0.2627-0.027-0.13010.120.05110.61850.0348-0.68120.18610.315-0.02660.09310.50040.03740.3414-33.288413.1592-69.9207
202.9372-0.53070.83253.44310.67895.59420.12490.1788-0.2292-0.09810.0518-0.39330.19330.3862-0.12210.3505-0.0305-0.09820.63070.04460.363646.36297.504333.7971
211.24230.0901-0.20291.52470.41332.2978-0.13380.0037-0.03020.10360.00320.06220.0649-0.13710.09750.2922-0.0688-0.09850.31430.0420.142130.7610.746326.8295
220.6660.6780.53223.50771.15662.4068-0.1390.586-0.3497-0.21590.0681-0.0955-0.4437-0.33830.04470.3545-0.0021-0.19910.8666-0.05870.527919.448813.21228.3584
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 2:244)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 245:301)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 302:407)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 408:437)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain B and resid 1:88)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain B and resid 89:249)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain B and resid 250:393)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain B and resid 394:441)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain C and resid 2:244)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain C and resid 245:301)
11X-RAY DIFFRACTION11(chain C and resid 302:407)
12X-RAY DIFFRACTION12(chain C and resid 408:437)
13X-RAY DIFFRACTION13(chain D and resid 1:59)
14X-RAY DIFFRACTION14(chain D and resid 60:248)
15X-RAY DIFFRACTION15(chain D and resid 249:393)
16X-RAY DIFFRACTION16(chain D and resid 394:441)
17X-RAY DIFFRACTION17(chain E and resid 13:37)
18X-RAY DIFFRACTION18(chain E and resid 38:137)
19X-RAY DIFFRACTION19(chain E and resid 138:168)
20X-RAY DIFFRACTION20(chain F and resid 13:28)
21X-RAY DIFFRACTION21(chain F and resid 29:142)
22X-RAY DIFFRACTION22(chain F and resid 143:167)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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