PDB-4drs: Crystal structure of Cryptosporidium parvum pyruvate kinase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4drs

タイトル

Crystal structure of Cryptosporidium parvum pyruvate kinase

要素

Pyruvate kinase

キーワード

TRANSFERASE / pyruvate / kinase / glycolysis / cryptosporidium / allosteric enzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

pyruvate kinase / pyruvate kinase activity / potassium ion binding / cellular response to insulin stimulus / kinase activity / phosphorylation / magnesium ion binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Cryptosporidium parvum (小形クリプトスポリジウム)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Cook, W.J. / Chattopadhyay, D.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2012
タイトル: Crystal structure of Cryptosporidium parvum pyruvate kinase.
著者: Cook, W.J. / Senkovich, O. / Aleem, K. / Chattopadhyay, D.

履歴

登録	2012年2月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年10月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年1月23日	Group: Database references
改定 1.2	2019年7月17日	Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4drs.cif.gz	374.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4drs.ent.gz	308.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4drs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4drs_validation.pdf.gz	473.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4drs_full_validation.pdf.gz	486.5 KB	表示
XML形式データ	4drs_validation.xml.gz	36 KB	表示
CIF形式データ	4drs_validation.cif.gz	49.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dr/4drs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dr/4drs	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1pklS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3e0v-1 5uv5-d 3e0v-2 3gg8-d 1ea0-d 4yng-1 4yng-2 22777 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (13)

登録構造単位

A: Pyruvate kinase

B: Pyruvate kinase

ヘテロ分子

114 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Pyruvate kinase

B: Pyruvate kinase

ヘテロ分子

A: Pyruvate kinase

B: Pyruvate kinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
228 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	129.895, 136.941, 77.233
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / End auth comp-ID: HOH / End label comp-ID: HOH / Refine code: 6 / Label seq-ID: 23

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID
1	A	A - Q	23 - 740
2	B	B - R	23 - 741

#1: タンパク質	Pyruvate kinase 分子量: 56490.184 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Cryptosporidium parvum (小形クリプトスポリジウム) 株: Iowa II / 遺伝子: cgd1_2040 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5CSM7, pyruvate kinase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.54 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 詳細: 0.4-0.8 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.99987 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2004年7月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99987 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 47349 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.2 % / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 16.1
反射シェル	解像度: 2.5→2.8 Å / 冗長度: 4.2 % / R_merge(I) obs: 0.28 / Mean I/σ(I) obs: 5.7 / % possible all: 98.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0109	精密化
CNS		精密化
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1PKL

1pkl

解像度: 2.5→49.71 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.938 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.917 / SU B: 16.579 / SU ML: 0.187 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.387 / ESU R Free: 0.261 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24949	2344	5 %	RANDOM
R_work	0.2134	-	-	-
obs	0.21523	45005	97.78 %	-
all	-	37504	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 62.028 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.09 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.32 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.23 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→49.71 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7288	0	68	149	7505

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.019	7444
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.915	1.982	10060
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.128	5	964
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	41.718	25.255	274
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.634	15	1356
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.954	15	34
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.06	0.2	1218
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.021	5372
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1292
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.651	1.5	4872
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.055	1.5	1982
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.205	2	7904
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.021	3	2604
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.816	4.5	2208
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 6227 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
A	loose positional	0.23	5
B	loose thermal	1.94	10

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.336	148	-
R_work	0.273	3101	-
obs	-	-	98.72 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6756	1.7054	0.7953	1.0974	0.5105	0.2397	-0.3397	0.4837	0.4007	-0.1676	0.2586	0.2336	-0.0793	0.1571	0.0811	0.1668	-0.0909	-0.0649	0.3466	0.1028	0.1744	11.286	-19.819	-29.798
2	1.7685	-0.1582	-1.0383	0.0917	0.1866	1.8448	-0.0372	0.0147	-0.1335	-0.0127	-0.0054	-0.0676	0.1608	0.0117	0.0426	0.1672	0.0278	0.0314	0.1467	-0.0049	0.0956	29.39	-36.653	-14.774
3	4.1533	-0.1555	-2.7556	3.3487	3.319	7.0184	-0.7793	0.3631	-0.4985	0.1487	-0.0216	0.1968	0.5478	-0.2723	0.8009	0.1678	-0.0599	0.1109	0.1733	-0.0554	0.1516	9.322	-52.77	5.077
4	1.6006	-0.2987	0.4968	0.2516	-0.3117	0.8244	-0.0455	-0.1804	-0.0441	0.0522	0.0223	-0.0086	0.0227	-0.088	0.0232	0.1261	0.0175	-0.0071	0.2058	0.0032	0.0598	19.474	-27.39	-0.421
5	13.5917	-5.9832	6.1593	3.5319	-4.7989	7.6472	0.702	-0.5528	-0.9085	-0.3813	0.3031	0.6672	0.5019	-0.297	-1.0051	0.3729	-0.0683	0.0452	0.0517	0.014	0.1922	9.289	-38.987	-22.051
6	0.6667	1.0812	-0.1937	2.4038	0.4697	1.07	0.007	0.1337	0.0249	0.0783	0.0507	-0.0081	0.0468	-0.1407	-0.0577	0.0848	0.0242	-0.0295	0.2404	-0.0028	0.0743	14.62	-19.727	-19.118
7	1.3067	-0.808	0.2422	2.257	-1.3558	1.3447	0.0466	0.098	-0.004	-0.1754	-0.1758	-0.2382	0.0734	0.0869	0.1292	0.1222	0.0113	0.0222	0.1608	0.001	0.1046	29.764	-10.81	-22.488
8	1.5887	-0.2707	-0.3941	0.0816	0.0405	0.1224	-0.0989	-0.3106	0.1398	0.0051	0.132	0.0172	0.0675	0.0279	-0.0331	0.2129	0.0307	0.0077	0.251	-0.0197	0.1156	-10.328	-28.693	-12.774
9	0.6043	0.1192	-0.9046	0.8273	-0.3018	2.1377	-0.0006	-0.0506	-0.1273	-0.0365	0.0077	0.0515	0.2115	-0.0004	-0.0071	0.144	-0.028	-0.0024	0.1929	0.0035	0.1115	-22.976	-41.072	-23.853
10	7.311	-1.2929	-3.6158	1.2597	-1.2661	5.5569	-1.3135	-1.2354	-1.0715	0.1487	0.2062	0.0184	0.9591	0.6938	1.1073	0.3334	0.2309	0.3537	0.3107	0.2029	0.4333	0.585	-53.491	-43.697
11	1.051	0.4355	0.4723	0.4247	0.083	0.6517	-0.0622	0.1824	-0.0031	-0.0935	0.0452	0.03	0.0534	0.1266	0.017	0.128	-0.0279	-0.0123	0.2445	-0.0174	0.0541	-13.533	-30.288	-38.218
12	27.2576	7.7612	4.3386	10.4899	-7.1273	9.1395	0.8976	1.764	-3.544	1.2589	1.3788	0.4075	-0.7734	-0.8742	-2.2764	0.3512	0.1786	0.1034	0.2761	-0.0456	0.7505	-3.477	-41.101	-17.547
13	0.9788	-1.1702	-0.0082	1.8665	-0.6451	0.9281	0.062	-0.0617	0.0247	-0.1173	-0.0617	-0.014	0.0514	0.1613	-0.0003	0.0832	-0.0521	-0.0248	0.2325	-0.0227	0.0757	-10.01	-22.723	-18.705
14	0.8126	0.1454	-0.0907	1.7793	0.3498	0.3482	0.0514	0.0483	-0.0498	0.1042	-0.0323	0.1954	-0.0445	0.0026	-0.019	0.1184	-0.0258	0.0092	0.1499	-0.0174	0.1263	-27.59	-16.125	-16.373

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	23 - 48
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	49 - 113
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	114 - 206
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	207 - 327
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	328 - 344
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	345 - 418
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	419 - 526
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	23 - 57
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	58 - 112
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	113 - 204
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	205 - 326
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	327 - 340
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	341 - 419
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	420 - 526

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)