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- PDB-4dqx: Crystal structure of a short chain dehydrogenase from Rhizobium e... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4dqx
タイトルCrystal structure of a short chain dehydrogenase from Rhizobium etli CFN 42
要素Probable oxidoreductase protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium / NYSGRC
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能
Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable oxidoreductase protein
類似検索 - 構成要素
生物種Rhizobium etli (根粒菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / PHenix_autosol / 解像度: 2 Å
データ登録者Agarwal, R. / Chamala, S. / Evans, B. / Foti, R. / Gizzi, A. / Hillerich, B. / Kar, A. / LaFleur, J. / Siedel, R. / Villigas, G. ...Agarwal, R. / Chamala, S. / Evans, B. / Foti, R. / Gizzi, A. / Hillerich, B. / Kar, A. / LaFleur, J. / Siedel, R. / Villigas, G. / Zencheck, W. / Almo, S.C. / Swaminathan, S. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of a short chain dehydrogenase from Rhizobium etli CFN 42
著者: Agarwal, R. / Almo, S.C. / Swaminathan, S.
履歴
登録2012年2月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年2月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable oxidoreductase protein
B: Probable oxidoreductase protein
C: Probable oxidoreductase protein
D: Probable oxidoreductase protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,8774
ポリマ－119,8774
非ポリマー00
水11,764653
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13530 Å2
ΔGint-103 kcal/mol
Surface area33330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.245, 64.595, 113.353
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.72, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Probable oxidoreductase protein / Short chain dehydrogenase


分子量: 29969.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhizobium etli (根粒菌) / 株: CFN 42 / ATCC 51251 / 遺伝子: RHE_PD00113 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIPL / 参照: UniProt: Q8KL31
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 653 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.08 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.2M MgCl2, 0.1M Hepes, 22% Poly(acrylic sodium salt)5100, pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.9789 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年2月15日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: SI-III / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 77843 / Num. obs: 77843 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 5
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 97.5 % / Rmerge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 7636 / % possible all: 97.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
AutoSol位相決定
Cootモデル構築
CCP4モデル構築
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: PHenix_autosol
開始モデル: None

解像度: 2→44.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 2.949 / SU ML: 0.083 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 0 / ESU R: 0.144 / ESU R Free: 0.134 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. A small continuous residual density between Arg 185 of chains C and D and Chains A and B were modeled as waters.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19777 3918 5 %RANDOM
Rwork0.1592 ---
obs0.16117 73782 98.5 %-
all-77842 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.098 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å2-0.01 Å2
2---0.02 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→44.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7399 0 0 653 8052
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0280.0227497
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0871.94110137
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.56851000
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.28423.3297
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.219151237
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.3141564
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1760.21200
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.025572
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2561.54950
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.08327910
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.35232547
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.4054.52227
LS精密化 シェル解像度: 2.002→2.054 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.237 280 -
Rwork0.194 5254 -
obs--96.46 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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