PDB-4dqc: Crystal Structure of (G16C/L38C) HIV-1 Protease in Complex with DRV

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4dqc

タイトル

Crystal Structure of (G16C/L38C) HIV-1 Protease in Complex with DRV

要素

Aspartyl protease

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / HIV-1 protease / drug resistance / drug design / Protease inhibitors / AIDS / Aspartyl protease / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / telomerase activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase ...
類似検索 - 分子機能

Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.94 Å

データ登録者

Schiffer, C.A. / Mittal, S.

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2012
タイトル: Hydrophobic core flexibility modulates enzyme activity in HIV-1 protease.
著者: Mittal, S. / Cai, Y. / Nalam, M.N. / Bolon, D.N. / Schiffer, C.A.

履歴

登録	2012年2月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年3月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年5月2日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4dqc.cif.gz	91.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4dqc.ent.gz	71.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4dqc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4dqc_validation.pdf.gz	802.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4dqc_full_validation.pdf.gz	803.1 KB	表示
XML形式データ	4dqc_validation.xml.gz	11.1 KB	表示
CIF形式データ	4dqc_validation.cif.gz	15 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dq/4dqc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dq/4dqc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4dqbC 4dqeC 4dqfC 4dqgC 4dqhC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6oxt-d 3sa3-d 3em3-d 4u7v-d 1b6k-d 4djp-d 2qi1-d 3oxw-1 3zpu-d 3oxx-2 6oy2-d 6pjn-d 1lzq-d 1t7j-d 3ekt-1 1mer-d 3o9i-d 6pjc-1 3sa4-d 1mt7-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#6 - 2000年6月 HIV-1タンパク質分解酵素 (HIV-1 Protease) 類似性 (2) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Aspartyl protease

B: Aspartyl protease

ヘテロ分子

22.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.963, 57.888, 61.856
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

biological unit is the same as asym.

#1: タンパク質	Aspartyl protease 分子量: 10803.778 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 株: SF2 / 遺伝子: gag-pol / プラスミド: pXC35 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TAP56 / 参照: UniProt: P12499*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-017 / (3R,3AS,6AR)-HEXAHYDROFURO[2,3-B]FURAN-3-YL(1S,2R)-3-[[(4-AMINOPHENYL)SULFONYL](ISOBUTYL)AMINO]-1-BENZYL-2-HYDROXYPROPYLCARBAMATE / Darunavir / TMC114 / UIC-94017 / ダルナビル分子量: 547.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₇N₃O₇S / コメント: 薬剤, 抗レトロウイルス剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 114 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.74 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 126mM Phosphate buffer pH 6.2, 63mM Sodium Citrate, 24-29% Ammonium Sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月3日 / 詳細: Bent Ge(111)

放射

モノクロメーター: Bent Ge(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.94→50 Å / Num. obs: 13469 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 10.4

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
1.95-2.02	6.7	0.395	1	93.5
2.02-2.1	7.2	0.329	1	94.3
2.1-2.2	7.3	0.24	1	95.1
2.2-2.31	5.3	0.227	1	94.8
2.31-2.46	7.3	0.159	1	96.5
2.46-2.65	7.3	0.127	1	96.4
2.65-2.91	7.2	0.092	1	97.2
2.91-3.33	7.2	0.064	1	98.2
3.33-4.2	6.5	0.048	1	97.8
4.2-50	6.7	0.031	1	98.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.4.0066	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.94→39.34 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.925 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 7.361 / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.188 / ESU R Free: 0.165 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22951	673	5 %	RANDOM
R_work	0.18174	-	-	-
obs	0.18392	12766	95.92 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.516 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.9 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.11 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.94→39.34 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1464	0	54	114	1632

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.02	1563
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1029
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.435	2.009	2140
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.742	3	2538
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.384	5	204
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.557	24.286	49
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.648	15	248
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.256	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.074	0.2	263
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	1698
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	293
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.457	1.5	990
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.117	1.5	416
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.806	2	1604
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.421	3	582
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.179	4.5	538
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.943→1.994 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.242	46	-
R_work	0.197	756	-
obs	-	-	86.05 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0419	-1.3405	-2.5856	0.8886	1.6156	4.1526	-0.1314	0.1031	-0.1482	0.0953	-0.0611	0.0969	0.2362	-0.0654	0.1925	0.0655	0.0059	0.0154	0.0157	-0.0025	0.0376	20.1043	13.9995	24.1056
2	13.9316	-2.0552	-4.7371	0.3043	0.6987	1.6108	0.0684	0.2077	0.1462	-0.0121	-0.021	-0.0166	-0.0223	-0.0711	-0.0474	0.0295	-0.0038	-0.0119	0.0423	0.015	0.0606	14.8093	18.4299	16.9321
3	15.7769	-2.6346	2.4637	4.548	0.0515	1.4347	-0.0911	0.0538	-0.1293	0.1416	0.0967	0.1498	-0.03	-0.0775	-0.0056	0.0191	-0.0098	0.0006	0.0364	-0.0014	0.019	-0.7468	23.8612	18.8017
4	7.6515	0.7317	1.9051	0.3574	0.6265	1.1966	0.0518	0.0833	-0.0089	-0.0221	-0.0399	-0.0482	-0.0163	-0.0759	-0.0119	0.0451	-0.0136	0.0124	0.0211	0.0003	0.097	7.9016	21.8263	16.9656
5	5.089	1.3255	2.2923	0.3454	0.5948	1.096	-0.093	0.1125	0.1443	-0.0283	0.0401	0.0376	-0.0141	0.0342	0.0529	0.0459	0.0069	-0.012	0.0231	-0.001	0.0382	17.0776	31.056	21.4877
6	5.6792	0.4554	2.6559	2.1275	4.0331	8.2212	0.1031	0.1328	-0.1457	0	-0.0155	-0.0333	0.026	-0.0206	-0.0875	0.0182	0.0041	-0.017	0.0146	0.0175	0.0653	5.7143	30.7137	13.374
7	4.8851	2.3538	1.2447	5.6379	2.1308	0.8377	-0.0119	0.0869	0.0176	-0.3298	-0.1599	0.5325	-0.1128	-0.0457	0.1718	0.0327	0.0062	-0.0292	0.0749	0.019	0.112	-2.7437	37.2028	14.2376
8	14.6176	-0.15	-6.3628	4.511	-2.6764	4.4399	-0.2341	0.1463	0.0228	0.0947	0.1824	-0.0098	0.0737	-0.148	0.0517	0.0445	-0.0093	0.0241	0.0181	0.0131	0.0543	8.7997	43.1647	14.5222
9	9.5397	-2.4348	-1.7766	3.9357	0.7036	0.3499	0.1636	0.2463	0.0465	0.0915	-0.1603	-0.0715	-0.0166	-0.0546	-0.0033	0.0386	0.0059	0.0097	0.0421	0.0002	0.0063	15.8108	38.31	10.4201
10	1.538	1.8336	-0.3521	4.4306	-1.2683	8.3603	0.0271	-0.0558	-0.0621	-0.044	-0.147	0.1117	-0.3524	-0.0073	0.1199	0.0357	0.0199	0.0077	0.0261	0.0137	0.0634	2.8508	38.3481	16.9692
11	2.4754	-1.6909	-1.7808	8.0946	-2.0534	2.8228	-0.0081	0.1523	-0.0149	0.3337	0.0334	0.1478	-0.1175	-0.1571	-0.0253	0.0364	0.0177	-0.009	0.0313	0.0099	0.049	1.9222	28.3228	24.8042
12	1.1735	-1.8953	0.2178	3.8378	-1.9486	3.4093	-0.086	-0.0611	-0.0858	0.2232	0.0779	0.1458	-0.067	0.103	0.0081	0.0601	0.0217	0.0131	0.0223	0.0204	0.036	4.6294	26.1676	27.4617
13	1.3378	-0.9619	1.3673	3.8639	1.255	2.9768	-0.0143	0.0101	0.045	-0.1623	-0.1167	0.091	-0.1375	-0.069	0.131	0.0376	-0.0073	-0.0195	0.0175	0.0185	0.0496	7.7065	33.8324	12.9107
14	1.899	-1.9076	2.3321	1.9471	-2.949	14.7575	0.0644	0.0333	-0.0695	-0.0707	-0.0759	0.0643	-0.1455	0.5221	0.0114	0.0473	0.0084	-0.0337	0.0275	-0.0077	0.0521	12.0081	26.8359	14.2666
15	1.1141	-0.9572	-0.1002	0.9212	0.4999	1.7508	-0.0391	-0.1718	0.0221	0.0034	0.0983	-0.0276	-0.0389	-0.1133	-0.0592	0.0494	0.0163	-0.0015	0.0399	0.0069	0.0349	13.4124	30.29	26.5144
16	11.6071	-4.2662	0.7887	1.8415	-0.0663	0.2392	-0.2655	-0.0761	0.1098	0.1616	0.1849	0.0192	0.0205	0.1024	0.0807	0.0402	0.0382	0.0053	0.0787	0.0176	0.0306	18.5559	23.1623	30.5006
17	2.7559	-3.6622	1.089	5.0938	-0.7217	2.7489	-0.0915	-0.0007	-0.0392	0.1079	0.0057	0.0863	-0.0848	0.0306	0.0857	0.0448	-0.0086	0.0023	0.0409	-0.0204	0.0254	21.1585	26.9964	33.2012
18	25.0517	-0.8592	-2.665	1.3099	0.5021	0.4154	0.0739	0.4533	0.7486	-0.1473	-0.0005	-0.0084	-0.0535	-0.0406	-0.0734	0.0393	0.0059	-0.0123	0.0623	0.0104	0.0295	25.8865	32.9215	26.6245
19	5.3103	0.8281	-2.8328	1.8515	-2.5918	4.2141	-0.1595	-0.0944	0.2505	-0.0136	-0.0382	-0.2038	0.0787	0.1447	0.1977	0.0196	-0.0028	0.0012	0.0868	0.0113	0.0589	41.307	29.8059	21.7598
20	9.0172	4.0857	-2.1868	3.3248	-1.137	1.5405	0.0403	0.0223	0.0927	-0.0669	-0.0612	-0.1145	-0.1435	-0.202	0.021	0.0536	0.0236	0.0056	0.0509	-0.0035	0.0281	32.6268	32.5259	22.9811
21	1.3107	-0.4386	-0.21	1.6993	1.2777	0.9727	-0.0515	0.0853	0.0871	-0.0805	-0.0011	0.0644	-0.0682	0.0125	0.0526	0.0453	-0.0003	-0.0038	0.0373	-0.0119	0.0254	23.4965	24.0561	16.279
22	2.8212	1.1192	-0.8984	8.4447	-3.7938	1.763	-0.1072	0.2063	-0.0465	0.2033	0.0163	-0.2154	-0.071	-0.0417	0.0909	0.0433	-0.0206	0.0012	0.039	-0.0108	0.009	32.7386	31.6202	14.0949
23	6.9348	-0.9546	-1.249	0.7063	2.1002	6.6958	-0.0874	-0.0599	-0.013	0.0544	0.0967	-0.0077	0.147	0.2741	-0.0093	0.0255	-0.007	-0.0271	0.0721	0.041	0.0458	43.3558	30.4586	10.6667
24	21.4602	-2.1828	-0.7385	0.2671	-0.189	2.1942	0.0951	0.5149	-0.5284	0.0149	-0.0607	0.094	-0.1956	0.2342	-0.0343	0.0466	0.0091	-0.0004	0.0823	0.0061	0.0977	33.7881	26.3324	2.5836
25	6.5013	-1.8216	-5.0368	2.4456	0.7374	4.3585	0.0963	0.0493	0.1122	-0.0179	-0.0205	-0.0606	0.0334	-0.1433	-0.0758	0.0819	-0.0236	0.0042	0.0837	0.0052	0.0187	21.0969	31.5968	5.9798
26	7.8583	-0.716	2.9515	3.473	-1.7283	1.77	0.0169	0.0865	0.0929	0.1235	-0.0411	-0.0939	-0.077	0.076	0.0242	0.0505	0.0012	0.0365	0.0755	-0.03	0.0521	36.2624	28.3844	6.2006
27	1.3167	0.1719	1.0438	2.8503	0.0892	5.4129	-0.1393	0.1505	-0.0532	0.1378	-0.1739	0.0726	0.0346	0.036	0.3133	0.0324	-0.0218	0.0306	0.0434	-0.0026	0.0575	40.024	21.3544	15.2001
28	4.4336	-2.8138	-2.7749	2.1804	0.403	6.4301	0.0052	-0.0903	0.058	0.0416	0.1121	-0.013	-0.0593	-0.0569	-0.1173	0.0672	-0.007	-0.0323	0.0387	-0.0028	0.0351	35.8945	23.0202	27.0805
29	0.544	0.5364	0.334	0.5615	0.3661	0.2468	-0.0383	0.0705	-0.0499	-0.0813	0.0765	-0.0552	-0.0726	0.0494	-0.0382	0.0602	-0.0056	0.0153	0.0482	-0.0018	0.0241	33.9792	26.9945	12.5385
30	0.9541	1.8771	-0.4513	3.7572	-1.3711	3.9161	-0.0254	0.0843	0.0442	-0.0162	0.1807	0.1102	-0.3123	-0.1126	-0.1553	0.0463	-0.0121	0.0247	0.0268	0.0008	0.038	27.9608	31.4494	17.2394
31	0.7117	-1.271	0.3729	2.2834	-0.6783	0.2284	-0.0467	-0.0012	-0.0468	0.0917	0.0131	0.0489	-0.0537	0.0268	0.0336	0.0607	-0.0352	-0.0031	0.0494	0.0182	0.1058	28.841	18.7296	20.2306
32	9.6915	0.1909	-3.8437	0.0573	-0.267	2.2564	-0.3165	0.263	-0.3617	0.0157	0.0309	-0.0354	0.1013	-0.1104	0.2856	0.071	0.0296	0.0287	0.0384	0.0008	0.0448	18.11	18.3845	28.3746

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 6
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	7 - 12
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	13 - 18
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	19 - 24
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	25 - 30
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	31 - 36
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	37 - 42
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	43 - 46
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	47 - 56
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	57 - 60
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	61 - 66
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	67 - 74
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	75 - 80
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	81 - 85
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	86 - 91
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	92 - 99
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	1 - 6
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	7 - 12
19	X-RAY DIFFRACTION	19	B	13 - 18
20	X-RAY DIFFRACTION	20	B	19 - 24
21	X-RAY DIFFRACTION	21	B	25 - 30
22	X-RAY DIFFRACTION	22	B	31 - 35
23	X-RAY DIFFRACTION	23	B	36 - 41
24	X-RAY DIFFRACTION	24	B	42 - 47
25	X-RAY DIFFRACTION	25	B	48 - 54
26	X-RAY DIFFRACTION	26	B	55 - 59
27	X-RAY DIFFRACTION	27	B	60 - 64
28	X-RAY DIFFRACTION	28	B	65 - 70
29	X-RAY DIFFRACTION	29	B	71 - 80
30	X-RAY DIFFRACTION	30	B	81 - 86
31	X-RAY DIFFRACTION	31	B	87 - 94
32	X-RAY DIFFRACTION	32	B	95 - 99

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)