PDB-4dq0: The crystal structure of tellurite resistance protein from Escher...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4dq0

タイトル

The crystal structure of tellurite resistance protein from Escherichia coli O157:H7 str. Sakai

要素

Tellurite resistance protein

キーワード

TRANSFERASE / structural genomics / PSI-Biology / Protein Structure Initiative / MCSG / Midwest Center for Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

response to tellurium ion / S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity / methylation / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.199 Å

データ登録者

Tan, K. / Hatzos-Skintges, C. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of tellurite resistance protein from Escherichia coli O157:H7 str. Sakai
著者: Tan, K. / Hatzos-Skintges, C. / Clancy, S. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2012年2月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年2月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb4dq0.ent.gz	270.9 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4dq0_validation.pdf.gz	464.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4dq0_full_validation.pdf.gz	474.1 KB	表示
XML形式データ	4dq0_validation.xml.gz	33.3 KB	表示
CIF形式データ	4dq0_validation.cif.gz	46.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dq/4dq0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dq/4dq0	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2xvmS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3zs3-d 4hyf-2 6l79-d 4hyf-3 4jvw-1 4i9i-3 6m1s-2 4li7-2 4ksh-d 5fgt-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: MCSG-APC102457

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Tellurite resistance protein

B: Tellurite resistance protein

C: Tellurite resistance protein

D: Tellurite resistance protein

ヘテロ分子

91.9 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Tellurite resistance protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22.9 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Tellurite resistance protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
23.1 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Tellurite resistance protein

ヘテロ分子

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23.1 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Tellurite resistance protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22.7 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	174.870, 61.034, 77.145
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

詳細

Experimentally unknown. The protein is predicted to be monomeric.

#1: タンパク質	Tellurite resistance protein 分子量: 22707.844 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: O157:H7 str. Sakai / 遺伝子: ECs2035, Escherichia coli, tehB, Z2288 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) magic / 参照: UniProt: Q8X9V6
#2: 化合物	ChemComp-NHE / 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID / N-CYCLOHEXYLTAURINE / CHES / 2-(シクロヘキシルアミノ)エタンスルホン酸分子量: 207.290 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₇NO₃S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 329 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.72 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.5 詳細: 0.1M CHES:NaOH, 30% (w/v) PEG3000, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97931 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月8日 / 詳細: mirror
放射	モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→37 Å / Num. all: 42669 / Num. obs: 42669 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.2 % / R_merge(I) obs: 0.134 / Net I/σ(I): 14.8
反射シェル	解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 5.3 % / R_merge(I) obs: 0.678 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 2075 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
MOLREP		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.1_743)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY: 2XVM

2xvm

解像度: 2.199→36.992 Å / SU ML: 0.61 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.28 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2462	2144	5.03 %	random
R_work	0.1791	-	-	-
obs	0.1825	42628	99.49 %	-
all	-	42628	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 18.067 Å² / k_sol: 0.289 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.3046 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	5.0376 Å²	0 Å²
3-	-	-	-6.3421 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.199→36.992 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6256	0	65	329	6650

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	6441
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.057	8699
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.253	2395
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.072	957
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1114

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.199-2.2502	0.333	147	0.2273	2498	X-RAY DIFFRACTION	94
2.2502-2.3065	0.3221	141	0.2295	2654	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3065-2.3688	0.3241	150	0.219	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3688-2.4385	0.3028	133	0.2119	2690	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4385-2.5172	0.2835	130	0.1984	2668	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5172-2.6071	0.2885	139	0.1926	2666	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6071-2.7115	0.2638	159	0.1982	2667	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7115-2.8349	0.3439	141	0.21	2707	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8349-2.9843	0.3081	135	0.2116	2700	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9843-3.1711	0.2717	138	0.201	2706	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1711-3.4158	0.2534	137	0.1955	2726	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4158-3.7593	0.2274	151	0.1676	2702	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7593-4.3025	0.1967	151	0.1447	2743	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3025-5.418	0.1686	156	0.1274	2763	X-RAY DIFFRACTION	100
5.418-36.9969	0.2141	136	0.1669	2916	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.5127	-0.6834	1.8876	4.7357	0.3637	4.6966	-0.3181	-1.2201	0.299	0.7176	0.0503	0.6923	-0.3367	-0.8892	-0.1246	0.5188	0.0938	0.0835	0.6469	-0.0422	0.2465	11.4639	20.5291	24.4769
2	4.2878	0.0422	0.7333	3.468	0.5408	3.8902	0.0275	-0.5123	-0.0041	0.4121	0.0086	0.1483	-0.1581	-0.339	-0.0681	0.2158	0.0095	0.0202	0.1943	0.0665	0.1962	9.7397	18.6064	12.8618
3	1.7655	-0.2975	0.1502	1.3404	0.3737	3.0996	0.0093	-0.3321	-0.4223	0.197	0.0494	-0.0174	0.5156	0.2135	-0.0786	0.2643	0.0451	-0.0427	0.2024	0.0849	0.2494	19.6636	11.6623	11.0658
4	1.1417	-0.3055	0.1688	2.3758	-0.4931	1.1077	0.0344	0.0567	-0.0145	0.1262	-0.0819	-0.104	-0.0317	0.1041	0.0354	0.1269	0.0075	-0.013	0.0699	0.0077	0.1388	13.8102	22.516	-2.0628
5	2.9941	0.2453	1.5811	2.8499	0.1616	2.2597	-0.0766	0.1602	0.0266	-0.1206	0.052	-0.0423	-0.2216	-0.0728	0.065	0.1775	0.0287	0.022	0.1688	0.002	0.1629	12.8117	27.8696	-7.3724
6	3.0648	-0.4545	0.1739	2.4523	-0.5298	2.7204	-0.0328	-0.3196	0.3727	0.4332	0.0821	-0.0725	-0.4089	0.2626	0.1494	0.2188	-0.0205	0.0237	0.2262	-0.0555	0.2294	8.4452	32.1596	3.5636
7	2.0863	-0.7777	-0.0967	3.663	-0.4875	3.0844	0.1011	-0.1677	0.1679	0.332	-0.1893	0.3209	0.0272	0.003	0.0957	0.0517	0.0145	0.0335	0.1009	-0.0132	0.1329	6.4807	26.5891	-0.301
8	0.8366	-0.032	0.6673	5.8664	-2.2917	2.836	-0.0041	-0.2378	0.3411	0.594	0.0091	0.1073	-0.4229	-0.1899	-0.0852	0.2015	0.0215	0.0311	0.1599	-0.001	0.3029	19.7975	56.6263	1.6165
9	3.8215	-0.2717	0.014	3.338	-1.0097	3.8427	-0.0178	-0.0357	0.247	0.1778	0.0335	0.2972	-0.0261	-0.0513	-0.0032	0.1518	0.0025	0.0069	0.076	-0.0097	0.2001	30.6926	51.9407	1.7918
10	4.3785	1.0746	2.3379	5.835	4.6612	5.2834	0.1131	0.0333	0.0301	-0.0937	-0.0854	-0.0643	-0.1292	0.2605	-0.0481	0.0835	0.004	0.0494	0.1125	0.0254	0.1852	30.0519	48.952	-6.3055
11	3.6788	-0.1771	1.1008	1.4766	0.2632	2.2729	0.0702	0.2754	-0.0817	-0.1875	-0.0715	0.1532	0.0342	0.0853	0.0093	0.179	0.0034	0.027	0.1121	0.0115	0.1177	28.541	47.854	-10.0857
12	1.7777	0.1132	-0.1246	2.5806	-0.2334	1.8625	0.0266	0.0164	-0.0799	-0.0065	-0.0083	0.0803	0.2125	0.067	0.0223	0.1471	0.0462	-0.0147	0.0967	-0.0164	0.146	35.8668	37.5517	3.7442
13	3.0844	1.4121	0.7946	4.3797	1.1792	3.1105	-0.2162	-0.2728	-0.2277	0.2477	0.1699	-0.4499	0.1325	0.3481	0.0632	0.1157	0.03	-0.01	0.1682	0.0094	0.166	40.2431	37.0665	9.6218
14	3.0199	2.1661	3.0082	2.7548	1.2032	3.753	0.1107	-0.7949	-0.1601	0.3569	0.0447	0.5085	-0.119	-0.6804	-0.1368	0.335	0.0533	0.082	0.3839	0.0578	0.362	19.0706	35.5382	15.47
15	2.8905	1.5799	-0.6621	3.7923	-0.8586	2.8882	0.3259	-0.4546	-0.0291	0.451	-0.0658	0.0235	-0.1828	0.1317	-0.1221	0.1076	0.0194	-0.0076	0.0962	0.0052	0.1325	35.9202	41.345	11.4457
16	4.8061	0.8243	-1.6438	3.0581	-0.4777	2.3436	-0.1517	1.1125	-0.7209	-0.6358	0.1242	-0.4448	0.948	0.3481	-0.0239	0.4938	0.0587	0.0188	0.4595	-0.1144	0.2678	26.7641	9.6424	-29.0839
17	2.6792	0.4959	-0.819	1.5586	-0.3315	1.887	-0.0013	0.0065	-0.0176	-0.1716	-0.1887	-0.1515	0.3232	0.6625	0.073	0.17	0.1617	0.0198	0.3331	0.087	0.1188	33.3115	18.6585	-21.0423
18	1.1058	0.0407	-0.2117	1.9695	-0.3536	2.3933	-0.0603	0.3481	0.1802	-0.3339	-0.173	-0.014	-0.2406	0.6921	-0.0956	0.1266	-0.0031	0.0867	0.5398	0.1378	0.1003	35.5529	31.2471	-34.3082
19	0.7524	0.1956	0.6561	1.3239	-0.8474	4.0471	-0.0734	0.1515	-0.0123	-0.2985	-0.0449	0.2346	-0.1272	-0.8364	-0.1571	0.6427	0.0303	-0.0258	0.9115	-0.0477	0.0954	8.1245	42.2853	-51.5448
20	5.041	-0.1647	-1.6115	2.9771	0.1608	3.6983	0.1595	0.6864	-0.4527	-0.1856	-0.1435	-0.0644	0.2973	-0.0063	0.0854	0.3459	0.0296	-0.0508	0.4164	0.0195	0.2249	7.5418	39.2322	-41.8641
21	2.3896	0.5387	-0.3011	2.3088	0.179	1.8964	0.1816	0.6092	0.3382	-0.3331	-0.2763	-0.0158	-0.082	0.0894	0.0484	0.2663	0.0367	-0.0418	0.2732	0.1058	0.2191	7.5228	47.7355	-38.6841
22	1.4715	0.6077	-0.0314	0.9045	-0.2356	3.3074	-0.0893	0.4395	0.5339	-0.1846	-0.0927	-0.1037	-0.6973	0.3093	0.1572	0.3761	-0.0032	0.0113	0.2943	0.1398	0.2988	15.4241	53.073	-37.7291
23	2.5514	-0.2859	0.7679	1.7612	-0.4939	2.5053	-0.0143	0.1289	0.2686	0.1571	-0.1067	-0.0491	-0.2906	0.0667	0.0886	0.1677	-0.0031	0.0052	0.1235	0.0263	0.1696	10.8266	45.5799	-25.3671
24	2.3201	0.0088	0.4241	2.4798	-0.4103	2.0046	-0.0071	-0.1014	0.0016	0.0645	-0.0274	-0.0078	0.0642	-0.1398	0.0285	0.1461	0.0052	0.0074	0.1247	-0.012	0.1024	9.1847	34.456	-21.0447
25	5.6836	1.1024	-4.0774	1.7025	-1.1221	4.9651	-0.4779	0.8794	-0.7078	-0.6012	0.3128	-0.1879	0.2018	0.4457	0.0742	0.3072	-0.0075	-0.0093	0.4735	-0.1549	0.3334	13.5274	25.2522	-33.9454
26	2.2988	0.8975	0.2374	2.298	-1.0339	2.7237	0.1081	0.4216	-0.3374	-0.4547	-0.2133	0.2086	0.3339	0.0348	0.0902	0.1507	0.0008	-0.0289	0.1766	-0.0122	0.1085	7.3786	33.4291	-27.9777

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 3:13)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 14:51)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 52:97)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 98:145)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 146:159)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resseq 160:184)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resseq 185:197)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resseq 0:19)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resseq 20:50)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resseq 51:61)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resseq 62:97)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resseq 98:145)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resseq 146:169)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resseq 170:184)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resseq 185:197)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resseq 0:19)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resseq 20:97)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resseq 98:197)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resseq 2:12)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resseq 13:27)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resseq 28:51)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resseq 52:97)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resseq 98:135)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resseq 136:169)
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resseq 170:182)
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resseq 183:197)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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