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万見
- PDB-4dor: Human Nuclear Receptor Liver Receptor Homologue-1, LRH-1, in its ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4dor
タイトルHuman Nuclear Receptor Liver Receptor Homologue-1, LRH-1, in its apo State Bound to a Fragment of Human SHP Box1
要素
  • Nuclear receptor subfamily 0 group B member 2
  • Nuclear receptor subfamily 5 group A member 2
キーワードTRANSCRIPTION / nuclear receptor / ligand binding domain / phospholipids / NR5A / Diabetes / phosphatidylcholine
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of glucocorticoid biosynthetic process / zygotic genome activation / positive regulation of tendon cell differentiation / morula formation / Regulation of gene expression in early pancreatic precursor cells / primary ovarian follicle growth / pancreas morphogenesis / inner cell mass cell differentiation / tissue development / acinar cell differentiation ...positive regulation of glucocorticoid biosynthetic process / zygotic genome activation / positive regulation of tendon cell differentiation / morula formation / Regulation of gene expression in early pancreatic precursor cells / primary ovarian follicle growth / pancreas morphogenesis / inner cell mass cell differentiation / tissue development / acinar cell differentiation / positive regulation of T cell anergy / Sertoli cell development / positive regulation of stem cell differentiation / embryonic cleavage / bile acid metabolic process / embryo development ending in birth or egg hatching / exocrine pancreas development / peroxisome proliferator activated receptor binding / cartilage development / negative regulation of chondrocyte differentiation / nuclear thyroid hormone receptor binding / bile acid and bile salt transport / homeostatic process / calcineurin-mediated signaling / somatic stem cell population maintenance / animal organ regeneration / nuclear retinoid X receptor binding / response to glucose / positive regulation of viral genome replication / transcription regulator inhibitor activity / hormone-mediated signaling pathway / Notch signaling pathway / neurogenesis / positive regulation of T cell proliferation / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / cholesterol metabolic process / cholesterol homeostasis / cellular response to leukemia inhibitory factor / transcription coregulator binding / SUMOylation of intracellular receptors / circadian regulation of gene expression / positive regulation of insulin secretion / phospholipid binding / positive regulation of T cell activation / Nuclear Receptor transcription pathway / negative regulation of inflammatory response / RNA polymerase II transcription regulator complex / circadian rhythm / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / transcription corepressor activity / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / response to ethanol / spermatogenesis / Estrogen-dependent gene expression / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription cis-regulatory region binding / chromatin remodeling / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / protein domain specific binding / negative regulation of gene expression / negative regulation of DNA-templated transcription / intracellular membrane-bounded organelle / chromatin binding / positive regulation of gene expression / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex binding / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nuclear receptor subfamily 0 group B member 1/2 / Nuclear hormone receptor family 5 / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors ...Nuclear receptor subfamily 0 group B member 1/2 / Nuclear hormone receptor family 5 / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-EPH / Nuclear receptor subfamily 5 group A member 2 / Nuclear receptor subfamily 0 group B member 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Musille, P.M. / Ortlund, E.A.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Antidiabetic phospholipid-nuclear receptor complex reveals the mechanism for phospholipid-driven gene regulation.
著者: Musille, P.M. / Pathak, M.C. / Lauer, J.L. / Hudson, W.H. / Griffin, P.R. / Ortlund, E.A.
履歴
登録2012年2月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年4月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年5月16日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nuclear receptor subfamily 5 group A member 2
B: Nuclear receptor subfamily 5 group A member 2
C: Nuclear receptor subfamily 0 group B member 2
D: Nuclear receptor subfamily 0 group B member 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,5295
ポリマ－61,8194
非ポリマー7101
水2,972165
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5430 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area22570 Å2
手法PISA
2
A: Nuclear receptor subfamily 5 group A member 2
C: Nuclear receptor subfamily 0 group B member 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,9102
ポリマ－30,9102
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1100 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area12070 Å2
手法PISA
3
B: Nuclear receptor subfamily 5 group A member 2
D: Nuclear receptor subfamily 0 group B member 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,6193
ポリマ－30,9102
非ポリマー7101
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2480 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area12360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.522, 59.439, 74.201
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.130, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Nuclear receptor subfamily 5 group A member 2 / Alpha-1-fetoprotein transcription factor / B1-binding factor / hB1F / CYP7A promoter-binding factor ...Alpha-1-fetoprotein transcription factor / B1-binding factor / hB1F / CYP7A promoter-binding factor / Hepatocytic transcription factor / Liver receptor homolog 1 / LRH-1


分子量: 29459.893 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 290-541 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B1F, CPF, FTF, LRH-1, NR5A2 / プラスミド: pLIC_MBP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O00482
#2: タンパク質・ペプチド Nuclear receptor subfamily 0 group B member 2 / Orphan nuclear receptor SHP / Small heterodimer partner


分子量: 1449.673 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 15-28 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15466
#3: 化合物 ChemComp-EPH / L-ALPHA-PHOSPHATIDYL-BETA-OLEOYL-GAMMA-PALMITOYL-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE


分子量: 709.933 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H68NO8P / コメント: リン脂質*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 165 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.86 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: 9.5%-15% PEG 3350, 5% glycerol, and 50 mM Bis-Tris, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月1日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→45 Å / Num. all: 42849 / Num. obs: 42806 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Net I/σ(I): 13

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.6.0091精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
SERGUIデータ収集
DENZOデータ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→27.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.83 / SU B: 5.731 / SU ML: 0.078 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.355 / ESU R Free: 0.135 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2196 2149 5 %RANDOM
Rwork0.1732 ---
all0.1755 42849 --
obs0.1755 42702 99.35 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 65.69 Å2 / Biso mean: 24.3912 Å2 / Biso min: 9.84 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.49 Å2-0 Å20.36 Å2
2---0.16 Å2-0 Å2
3---0.77 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→27.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3882 0 47 165 4094
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0224003
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2551.985393
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.6215473
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.36325.258194
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.51515744
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.7341517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2608
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0212956
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr4.293311266
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free8.2935165
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded6.07153933
LS精密化 シェル解像度: 1.902→1.951 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.243 147 -
Rwork0.198 2749 -
all-2896 -
obs-4249 94.95 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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