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万見
- PDB-4doh: IL20/IL201/IL20R2 Ternary Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4doh
タイトルIL20/IL201/IL20R2 Ternary Complex
要素
  • Interleukin-20
  • Interleukin-20 receptor subunit alpha
  • Interleukin-20 receptor subunit beta
キーワードSIGNALING PROTEIN / IL10 Family cytokine receptor complex / Alpha helical cytokine fold Beta sandwhich receptor fold / Signaling Complex / extracellular
機能・相同性
機能・相同性情報


interleukin-20 receptor binding / negative regulation of type IV hypersensitivity / interleukin-20 binding / interleukin-22 receptor binding / immune response-inhibiting signal transduction / positive regulation of keratinocyte differentiation / positive regulation of osteoclast differentiation / inflammatory response to antigenic stimulus / regulation of bone resorption / cytokine receptor activity ...interleukin-20 receptor binding / negative regulation of type IV hypersensitivity / interleukin-20 binding / interleukin-22 receptor binding / immune response-inhibiting signal transduction / positive regulation of keratinocyte differentiation / positive regulation of osteoclast differentiation / inflammatory response to antigenic stimulus / regulation of bone resorption / cytokine receptor activity / negative regulation of interleukin-2 production / Interleukin-20 family signaling / positive regulation of epidermal cell differentiation / positive regulation of interleukin-4 production / T cell homeostasis / positive regulation of interleukin-10 production / negative regulation of type II interferon production / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of T cell proliferation / T cell proliferation / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / homeostasis of number of cells within a tissue / osteoclast differentiation / cytokine activity / cytokine-mediated signaling pathway / regulation of inflammatory response / extracellular space / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Interleukin-20 / Interleukin-10 family / Interleukin-10/19/20/22/24/26 family / Interleukin 10 / : / Interleukin-10, conserved site / Interleukin-10 family signature. / Interferon/interleukin receptor domain / Interferon-alpha/beta receptor, fibronectin type III / : ...Interleukin-20 / Interleukin-10 family / Interleukin-10/19/20/22/24/26 family / Interleukin 10 / : / Interleukin-10, conserved site / Interleukin-10 family signature. / Interferon/interleukin receptor domain / Interferon-alpha/beta receptor, fibronectin type III / : / Tissue factor / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Interleukin-20 receptor subunit beta / Interleukin-20 / Interleukin-20 receptor subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Logsdon, N.J. / Walter, M.R.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Structural basis for receptor sharing and activation by interleukin-20 receptor-2 (IL-20R2) binding cytokines.
著者: Logsdon, N.J. / Deshpande, A. / Harris, B.D. / Rajashankar, K.R. / Walter, M.R.
履歴
登録2012年2月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年7月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年8月8日Group: Database references
改定 1.22013年1月2日Group: Database references
改定 1.32013年10月16日Group: Other
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interleukin-20
B: Interleukin-20 receptor subunit beta
R: Interleukin-20 receptor subunit alpha
C: Interleukin-20
D: Interleukin-20 receptor subunit beta
E: Interleukin-20 receptor subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,99511
ポリマ－131,8896
非ポリマー1,1065
水1,02757
1
A: Interleukin-20
B: Interleukin-20 receptor subunit beta
R: Interleukin-20 receptor subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,6086
ポリマ－65,9443
非ポリマー6643
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Interleukin-20
D: Interleukin-20 receptor subunit beta
E: Interleukin-20 receptor subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,3875
ポリマ－65,9443
非ポリマー4422
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)103.115, 111.764, 136.334
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Interleukin-20 / IL-20 / Cytokine Zcyto10


分子量: 17626.479 Da / 分子数: 2 / 変異: Q40N, Q134N, R111K, R113K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL20, ZCYTO10, UNQ852/PRO1801 / 発現宿主: Drosophila (ハエ) / 参照: UniProt: Q9NYY1
#2: タンパク質 Interleukin-20 receptor subunit beta / IL-20 receptor subunit beta / IL-20R-beta / IL-20RB / IL-20R2


分子量: 23047.047 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL20RB, DIRS1, UNQ557/PRO1114 / 発現宿主: Drosophila (ハエ) / 参照: UniProt: Q6UXL0
#3: タンパク質 Interleukin-20 receptor subunit alpha / IL-20 receptor subunit alpha / IL-20R-alpha / IL-20RA / Cytokine receptor class-II member 8 / ...IL-20 receptor subunit alpha / IL-20R-alpha / IL-20RA / Cytokine receptor class-II member 8 / Cytokine receptor family 2 member 8 / CRF2-8 / IL-20R1 / ZcytoR7


分子量: 25270.729 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL20RA, UNQ681/PRO1315 / 発現宿主: Drosophila (ハエ) / 参照: UniProt: Q9UHF4
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.7 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 19% PEG 6000, 0.1M ADA, 0.1M MgCl2, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月6日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 42596 / Num. obs: 38635 / % possible obs: 90.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / % possible all: 90.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHENIXモデル構築
CNS1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.8→50 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.278 1952 Random
Rwork0.23 --
all0.23 38635 -
obs0.23 35822 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8822 0 70 57 8949

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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