PDB-4do7: Crystal structure of an amidohydrolase (cog3618) from burkholderi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4do7

タイトル

Crystal structure of an amidohydrolase (cog3618) from burkholderia multivorans (target efi-500235) with bound zn, space group c2

要素

Amidohydrolase 2

キーワード

HYDROLASE / Amidohydrolase / enzyme function initiative / EFI / Structural Genomics / TIM-barrel fold / putative lactonase

機能・相同性

機能・相同性情報

L-fucono-1,5-lactonase / fucose catabolic process / hydrolase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Burkholderia multivorans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Wasserman, S.R. / Morisco, L.L. / Sojitra, S. / Seidel, R.D. / Hillerich, B. / Washington, E. / Scott Glenn, A. ...

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of an amidohydrolase (cog3618) from burkholderia multivorans (target efi-500235) with bound zn, space group c2
著者: Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Wasserman, S.R. / Morisco, L.L. / Sojitra, S. / Seidel, R.D. / Hillerich, B. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hammonds, ...

履歴

登録	2012年2月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年2月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年1月31日	Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2024年10月9日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4do7.cif.gz	248.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4do7.ent.gz	200.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4do7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4do7_validation.pdf.gz	443.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4do7_full_validation.pdf.gz	444.1 KB	表示
XML形式データ	4do7_validation.xml.gz	26.3 KB	表示
CIF形式データ	4do7_validation.cif.gz	39.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/do/4do7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/do/4do7	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4dnmS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1g3z-d 4dz7-d 6klz-d 5lln-2 4m2w-d 6i0w-d 3d0n-1 4m2r-d 4hu1-2 4knn-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: EFI-500235

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (2) #158 - 2013年2月プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Amidohydrolase 2

B: Amidohydrolase 2

ヘテロ分子

68.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Amidohydrolase 2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
34 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Amidohydrolase 2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
34.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	103.332, 76.728, 82.862
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 117.670, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-771- HOH

#1: タンパク質	Amidohydrolase 2 / Putative amidohydrolase 分子量: 33960.367 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia multivorans (バクテリア) 株: ATCC 17616 / 遺伝子: Bmul_3602, BMULJ_04915 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A9ANE4, UniProt: A0A0H3KNC4*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 508 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.57 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: sitting drop vapor diffuction / pH: 7.5 詳細: Protein (10 mM Hepes, pH 7.8, 150 mM NaCl, 10% glycerol, 0.5 mM ZnCl, 0.5 mM Fuconate 1,4-lactone; Reservoir (1.26 M AmmSO4, 100 mM HEPES pH 7.5); Cryoprotection (Reservoir, + 20% glycerol), ...詳細: Protein (10 mM Hepes, pH 7.8, 150 mM NaCl, 10% glycerol, 0.5 mM ZnCl, 0.5 mM Fuconate 1,4-lactone; Reservoir (1.26 M AmmSO4, 100 mM HEPES pH 7.5); Cryoprotection (Reservoir, + 20% glycerol), sitting drop vapor diffuction, temperature 298K

結晶

マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.57 %

結晶化

温度: 298 K / 手法: sitting drop vapor diffuction / pH: 7.5
詳細: Protein (10 mM Hepes, pH 7.8, 150 mM NaCl, 10% glycerol, 0.5 mM ZnCl, 0.5 mM Fuconate 1,4-lactone; Reservoir (1.26 M AmmSO4, 100 mM HEPES pH 7.5); Cryoprotection (Reservoir, + 20% glycerol), ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月15日 / 詳細: MIRRORS

放射

モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.7→73.388 Å / Num. all: 62061 / Num. obs: 62061 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / R_sym value: 0.062 / Net I/σ(I): 10.7

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
1.7-1.79	3.3	0.399	2	29480	9052	0.399	98.9
1.79-1.9	3.4	0.266	2.9	28973	8591	0.266	99.4
1.9-2.03	3.5	0.176	4.3	28230	8100	0.176	99.5
2.03-2.19	3.6	0.116	6.3	27204	7590	0.116	99.6
2.19-2.4	3.7	0.088	7.9	25487	6969	0.088	99.3
2.4-2.69	3.7	0.07	9	23104	6263	0.07	98.7
2.69-3.1	3.7	0.056	10.3	20118	5453	0.056	97.4
3.1-3.8	3.7	0.046	11.4	16871	4575	0.046	96.2
3.8-5.38	3.7	0.038	13.8	13001	3529	0.038	95.8
5.38-40.383	3.6	0.036	15.3	6988	1939	0.036	94.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.3.16	データスケーリング
PHENIX	1.7.3_928	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
MOSFLM		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4DNM

4dnm

解像度: 1.7→30.626 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.38 / FOM work R set: 0.8429 / SU ML: 0.15 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.54 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2091	3147	5.07 %	RANDOM
R_work	0.176	-	-	-
obs	0.1777	62011	98.41 %	-
all	-	62011	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 59.767 Å² / k_sol: 0.4 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 74.25 Å² / B_iso mean: 25.8051 Å² / B_iso min: 9.23 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.5635 Å²	0 Å²	2.095 Å²
2-	-	-1.1918 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.6283 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→30.626 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4482	0	7	508	4997

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	4677
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.021	6372
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.072	674
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	841
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.661	1650

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 22

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.7-1.7266	0.2823	148	0.2354	2649	2797	98
1.7266-1.7549	0.2802	147	0.2277	2652	2799	99
1.7549-1.7851	0.272	138	0.2129	2711	2849	99
1.7851-1.8176	0.248	144	0.2106	2643	2787	99
1.8176-1.8525	0.259	142	0.2001	2715	2857	99
1.8525-1.8903	0.223	131	0.191	2679	2810	99
1.8903-1.9314	0.2334	139	0.1934	2686	2825	99
1.9314-1.9764	0.2041	168	0.1753	2684	2852	99
1.9764-2.0258	0.2069	129	0.177	2719	2848	100
2.0258-2.0805	0.2255	164	0.1799	2703	2867	100
2.0805-2.1417	0.2085	147	0.1793	2688	2835	99
2.1417-2.2109	0.2062	161	0.1711	2691	2852	99
2.2109-2.2899	0.2211	135	0.173	2681	2816	99
2.2899-2.3815	0.2139	160	0.1711	2692	2852	99
2.3815-2.4898	0.1938	124	0.1775	2716	2840	99
2.4898-2.621	0.2343	123	0.175	2680	2803	99
2.621-2.7852	0.208	131	0.184	2681	2812	98
2.7852-3	0.2099	143	0.1871	2644	2787	97
3-3.3016	0.2258	138	0.1704	2641	2779	97
3.3016-3.7786	0.157	143	0.1575	2645	2788	96
3.7786-4.7578	0.1738	149	0.143	2595	2744	95
4.7578-30.6308	0.2256	143	0.1903	2669	2812	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0912	0.6982	-0.1634	2.5439	-0.4943	2.5255	-0.0495	-0.0029	-0.1575	0.0886	-0.0148	-0.1492	0.0343	0.0132	0.0799	0.0677	0.0059	-0.0043	0.0847	0.0034	0.0868	17.2091	-7.1774	29.5314
2	2.0537	-0.0401	-0.0785	1.762	0.046	3.3749	-0.0442	-0.5296	-0.007	0.553	0.0677	-0.2554	0.0646	0.3271	-0.0446	0.2324	0.0358	-0.073	0.2132	0.0003	0.1462	21.5655	-1.4857	43.7413
3	2.4417	0.2938	-0.9961	3.0922	-0.0052	3.1442	-0.019	-0.5485	-0.1923	0.7014	-0.1226	0.0322	0.256	0.0655	0.188	0.2835	0.0279	0.0249	0.1646	-0.0036	0.1062	10.3195	-2.1906	45.7427
4	1.7412	-0.3816	0.1077	2.2974	0.3866	2.2617	0.0248	-0.4477	-0.3087	0.6662	0.0179	0.494	0.1995	-0.4278	0.0644	0.1677	0.0293	0.1032	0.137	-0.0642	0.1111	3.035	1.98	42.6912
5	2.5805	1.6277	0.082	1.8249	0.544	1.6684	0.0152	0.0578	0.0434	0.2717	-0.2373	0.703	-0.0138	-0.5311	0.2147	0.1525	0.0501	0.0356	0.2143	-0.0737	0.3342	-4.3242	5.6326	35.6453
6	1.4184	-0.3103	-0.1193	1.2947	-0.1955	1.4907	0.059	0.171	-0.092	-0.3935	-0.1914	0.5253	-0.1005	-0.432	0.0535	0.1354	0.0429	-0.0784	0.2007	-0.0567	0.208	1.4022	-1.7657	25.1368
7	1.4229	-1.0862	-0.9329	3.0512	-0.4231	1.3742	0.129	0.2299	0.2019	-0.5714	-0.0982	0.1215	-0.4587	-0.1954	0.0078	0.2136	0.0465	-0.0109	0.1268	0.019	0.1477	8.2199	8.439	23.037
8	1.6143	-0.3952	-0.4425	4.9322	0.8662	2.48	-0.0349	0.099	-0.2155	-0.0357	-0.1421	0.2571	0.2251	-0.0728	0.1583	0.0846	0.0112	0.0059	0.1041	-0.0144	0.1108	17.2314	-29.0579	4.7451
9	1.7371	0.2632	-0.3486	1.7308	0.4146	1.9432	-0.0974	0.2885	-0.0849	-0.179	0.0302	0.154	0.0936	-0.2567	0.0323	0.0743	-0.0182	-0.0302	0.1272	-0.0334	0.09	11.9851	-23.2823	0.5217
10	3.3304	-0.9198	-1.1465	3.4513	0.4143	3.0965	-0.0559	0.3647	-0.1754	-0.469	0.1001	-0.0911	0.0415	0.0344	-0.0254	0.1916	-0.0414	-0.0031	0.1439	-0.046	0.0959	22.2002	-22.4082	-9.1149
11	1.6794	0.4459	-0.7253	1.8583	0.1553	2.3327	-0.0576	0.3611	-0.205	-0.3363	0.188	-0.2808	-0.0948	0.1943	-0.0646	0.1341	-0.0271	0.0491	0.1334	-0.0474	0.11	29.143	-18.166	-6.4166
12	4.7349	-4.5905	2.9046	7.4624	-2.3322	6.0791	-0.066	-0.2272	0.0566	-0.072	-0.0199	-1.1196	-0.2483	0.9424	0.2076	0.0959	-0.0238	0.0257	0.3057	-0.0248	0.3352	41.6969	-17.3094	1.5563
13	1.3287	0.6009	-0.7591	2.4217	-0.0426	1.6923	-0.0185	-0.2199	-0.0888	0.186	0.0321	-0.4248	0.043	0.4069	0.0297	0.0925	0.0259	-0.0402	0.1718	-0.0258	0.1549	31.1863	-20.6285	9.7713
14	1.1071	1.0648	-0.9821	3.7943	0.4065	2.1409	0.1694	-0.1763	0.0929	0.307	0.0138	-0.098	-0.0576	0.285	-0.1268	0.0807	-0.0098	0.013	0.1089	-0.0427	0.1281	24.8875	-11.0689	13.0553

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 3:59)	A	3 - 59
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 60:96)	A	60 - 96
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 97:121)	A	97 - 121
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 122:180)	A	122 - 180
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 181:202)	A	181 - 202
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resseq 203:253)	A	203 - 253
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resseq 254:289)	A	254 - 289
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resseq 3:27)	B	3 - 27
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resseq 28:96)	B	28 - 96
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resseq 97:121)	B	97 - 121
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resseq 122:176)	B	122 - 176
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resseq 180:193)	B	180 - 193
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resseq 194:253)	B	194 - 253
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resseq 254:289)	B	254 - 289

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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