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- PDB-4dnw: Crystal structure of UVB-resistance protein UVR8 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4dnw
タイトルCrystal structure of UVB-resistance protein UVR8
要素AT5g63860/MGI19_6
キーワードGENE REGULATION / WD40 Repeats / UV-B perception / COP1
機能・相同性
機能・相同性情報


entrainment of circadian clock / response to UV-B / plastid / photoreceptor activity / response to UV / guanyl-nucleotide exchange factor activity / chromatin binding / chromatin / protein homodimerization activity / identical protein binding ...entrainment of circadian clock / response to UV-B / plastid / photoreceptor activity / response to UV / guanyl-nucleotide exchange factor activity / chromatin binding / chromatin / protein homodimerization activity / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Regulator of chromosome condensation 1/beta-lactamase-inhibitor protein II / Regulator of chromosome condensation (RCC1) signature 2. / Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat / Regulator of chromosome condensation, RCC1 / Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat profile. / Regulator of chromosome condensation 1/beta-lactamase-inhibitor protein II / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ultraviolet-B receptor UVR8
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.773 Å
データ登録者Wu, D. / Hu, Q. / Yan, Z. / Chen, W. / Yan, C. / Wang, J. / Shi, Y.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2012
タイトル: Structural basis of ultraviolet-B perception by UVR8.
著者: Wu, D. / Hu, Q. / Yan, Z. / Chen, W. / Yan, C. / Huang, X. / Zhang, J. / Yang, P. / Deng, H. / Wang, J. / Deng, X. / Shi, Y.
履歴
登録2012年2月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年3月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年4月18日Group: Database references
改定 1.22013年7月17日Group: Database references
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AT5g63860/MGI19_6
B: AT5g63860/MGI19_6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,4372
ポリマ－80,4372
非ポリマー00
水10,233568
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: AT5g63860/MGI19_6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,2191
ポリマ－40,2191
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: AT5g63860/MGI19_6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,2191
ポリマ－40,2191
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)120.646, 61.517, 103.167
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 118.00, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 AT5g63860/MGI19_6 / Protein UV-B resistance 8 / UVB-resistance protein UVR8


分子量: 40218.711 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 12-385 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: UVR8, At5g63860, AT5G63860 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9FN03
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 568 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.46 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.2
詳細: 18%(w/v) PEG 8000, 100mM Tris pH9.2, 200mM Magnesium Chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1.07214 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月10日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.07214 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.77→50 Å / Num. all: 64723 / Num. obs: 63040 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 1.77→1.83 Å / % possible all: 92

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4DNU

4dnu


解像度: 1.773→32.294 Å / SU ML: 0.41 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 20.41 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2012 3192 5.07 %RANDOM
Rwork0.171 ---
all0.1726 64723 --
obs0.1726 63012 97.11 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.399 Å2 / ksol: 0.425 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.267 Å20 Å20.8625 Å2
2--4.9209 Å20 Å2
3----2.323 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.773→32.294 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5629 0 0 568 6197
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0075836
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9657926
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.9022059
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.073830
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051046
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 23

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.7731-1.79960.29761070.2635226084
1.7996-1.82770.26081480.2506247393
1.8277-1.85760.26261270.2292252596
1.8576-1.88970.27281190.2125256596
1.8897-1.9240.23821220.1972258597
1.924-1.9610.21671520.1833257097
1.961-2.0010.22631370.1764260997
2.001-2.04460.22281560.1692258898
2.0446-2.09210.21331340.1692257797
2.0921-2.14440.22251390.176259998
2.1444-2.20240.18791460.1699263498
2.2024-2.26720.23121240.1716261798
2.2672-2.34030.20881510.1719258097
2.3403-2.42390.20931450.1746263398
2.4239-2.5210.21981370.1762260798
2.521-2.63560.21151290.1758265499
2.6356-2.77450.2131460.1827265199
2.7745-2.94830.19541490.1813265399
2.9483-3.17570.20461330.1828263299
3.1757-3.4950.18581530.1536264999
3.495-3.99990.15241480.1357270199
3.9999-5.03630.14011290.1296270099
5.0363-32.2990.20451610.1824275899
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 29.1946 Å / Origin y: -19.727 Å / Origin z: 23.4131 Å
111213212223313233
T0.0813 Å20.0332 Å2-0.002 Å2-0.0923 Å20.0213 Å2--0.0532 Å2
L0.5631 °20.0492 °2-0.0347 °2-0.2056 °20.0443 °2--0.2207 °2
S-0.0462 Å °-0.3477 Å °-0.0108 Å °0.0245 Å °0.0438 Å °0.0193 Å °0.0147 Å °0.0248 Å °-0.0447 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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