PDB-4dn7: CRYSTAL STRUCTURE OF putative ABC transporter, ATP-binding protei...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4dn7

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF putative ABC transporter, ATP-binding protein from Methanosarcina mazei Go1

要素

ABC transporter, ATP-binding protein

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / STRUCTURAL GENOMICS / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / NEW YORK STRUCTURAL GENOMIX RESEARCH CONSORTIUM / NYSGRC / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium

機能・相同性

SUF system FeS cluster assembly, SufBD / SUF system FeS cluster assembly, SufBD superfamily / SUF system FeS cluster assembly, SufBD / iron-sulfur cluster assembly / ATP binding / ABC transporter, ATP-binding protein

機能・相同性情報

生物種

Methanosarcina maze (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 /

多波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Malashkevich, V.N. / Bhosle, R. / Toro, R. / Seidel, R. / Almo, S.C. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: CRYSTAL STRUCTURE OF putative ABC transporter, ATP-binding protein from Methanosarcina mazei Go1
著者: Malashkevich, V.N. / Bhosle, R. / Toro, R. / Seidel, R. / Almo, S.C.

履歴

登録	2012年2月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年2月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4dn7.cif.gz	338.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4dn7.ent.gz	285.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4dn7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dn/4dn7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dn/4dn7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2bol-d 1qs0-d 1soj-6 1jm6-d 1p8j-11 1soj-3 5h6t-d 3sgh-d 4psx-1 5jzx-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: NYSGRC-013885

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ABC transporter, ATP-binding protein

B: ABC transporter, ATP-binding protein

ヘテロ分子

96.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.913, 52.879, 88.142
Angle α, β, γ (deg.)	106.510, 97.430, 105.910
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

詳細

biological unit is the same as asym.

#1: タンパク質	ABC transporter, ATP-binding protein 分子量: 47607.273 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Methanosarcina maze (古細菌) / 株: Go1 / 遺伝子: MM_1088 / プラスミド: BC-PSGX3(BC) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)CODON+RIL / 参照: UniProt: Q8PXX8
#2: 化合物	ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル分子量: 238.278 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂O₆ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 511 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.14 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M Na acetate, 0.1M MES:NaOH, pH 6.5, 30% PEG400, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X29A / 波長: 0.9791 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月3日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9791 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 3.8 % / Av σ(I) over netI: 27.02 / 数: 384030 / R_merge(I) obs: 0.075 / Χ²: 2.06 / D res high: 1.6 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 101227 / % possible obs: 88.9

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
4.34	50	92.7	1	0.059	9.644	3.9
3.45	4.34	60.9	1	0.047	4.486	3.5
3.01	3.45	98.1	1	0.052	3.669	3.8
2.74	3.01	98.3	1	0.062	3.118	3.9
2.54	2.74	98.2	1	0.071	2.506	3.9
2.39	2.54	97.9	1	0.079	2.042	3.9
2.27	2.39	90.8	1	0.096	1.833	3.8
2.17	2.27	56.1	1	0.117	1.608	3.7
2.09	2.17	97.2	1	0.117	1.377	3.9
2.02	2.09	97	1	0.135	1.333	3.9
1.95	2.02	96.8	1	0.191	1.271	3.9
1.9	1.95	35.2	1	0.282	1.453	3.3
1.85	1.9	95	1	0.355	1.049	3.8
1.8	1.85	96.2	1	0.381	0.947	3.9
1.76	1.8	95.9	1	0.466	0.895	3.9
1.72	1.76	95.9	1	0.551	0.867	3.9
1.69	1.72	95.8	1	0.723	0.854	3.9
1.66	1.69	95.3	1	0.798	0.831	3.8
1.63	1.66	94.2	1	0.877	0.817	3.5
1.6	1.63	90	1	0.895	0.815	3.2

反射

解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 101227 / % possible obs: 88.9 % / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.075 / Χ²: 2.062 / Net I/σ(I): 9.4

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.6-1.63	3.2	0.895	5073	0.815	1	90
1.63-1.66	3.5	0.877	5415	0.817	1	94.2
1.66-1.69	3.8	0.798	5379	0.831	1	95.3
1.69-1.72	3.9	0.723	5473	0.854	1	95.8
1.72-1.76	3.9	0.551	5489	0.867	1	95.9
1.76-1.8	3.9	0.466	5405	0.895	1	95.9
1.8-1.85	3.9	0.381	5487	0.947	1	96.2
1.85-1.9	3.8	0.355	5451	1.049	1	95
1.9-1.95	3.3	0.282	2000	1.453	1	35.2
1.95-2.02	3.9	0.191	5506	1.271	1	96.8
2.02-2.09	3.9	0.135	5516	1.333	1	97
2.09-2.17	3.9	0.117	5531	1.377	1	97.2
2.17-2.27	3.7	0.117	3191	1.608	1	56.1
2.27-2.39	3.8	0.096	5191	1.833	1	90.8
2.39-2.54	3.9	0.079	5599	2.042	1	97.9
2.54-2.74	3.9	0.071	5571	2.506	1	98.2
2.74-3.01	3.9	0.062	5594	3.118	1	98.3
3.01-3.45	3.8	0.052	5596	3.669	1	98.1
3.45-4.34	3.5	0.047	3474	4.486	1	60.9
4.34-50	3.9	0.059	5286	9.644	1	92.7

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
SHELX		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
CBASS		データ収集
HKL-2000		データ削減
SHELXD		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.6→19.56 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.972 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / WR_factor R_free: 0.2268 / WR_factor R_work: 0.1669 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.821 / SU B: 4.799 / SU ML: 0.073 / SU R Cruickshank DPI: 0.1247 / SU R_free: 0.1048 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.125 / ESU R Free: 0.105 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.232	5014	5 %	RANDOM
R_work	0.1657	-	-	-
obs	0.169	100625	88.84 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 85.93 Å² / B_iso mean: 29.2047 Å² / B_iso min: 14.54 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.01 Å²	0.05 Å²	-0.04 Å²
2-	-	0.12 Å²	0.09 Å²
3-	-	-	-0.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→19.56 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6213	0	38	511	6762

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.019	6378
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.319	1.994	8599
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.671	5	826
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.468	25.426	258
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.824	15	1150
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	9.842	15	30
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	999
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	4628
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	2.964	3	6378
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	25.116	5	191
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	14.739	5	6610

LS精密化シェル

解像度: 1.6→1.641 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.338	372	-
R_work	0.263	7231	-
all	-	7603	-
obs	-	-	91.51 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3195	-0.045	-0.0433	0.178	0.0488	0.2577	0.0071	-0.0578	-0.0183	0.0483	-0.0089	-0.0004	0.0083	0.0219	0.0018	0.0176	-0.0109	0.007	0.0197	-0.0079	0.0225	30.6677	4.2665	11.581
2	0.2407	-0.0859	-0.0296	0.3802	-0.0385	0.2954	0.0027	0.049	-0.0101	-0.0746	-0.0107	0.0195	-0.0006	-0.0095	0.0079	0.02	-0.0059	0.0057	0.0165	-0.0136	0.0233	25.2765	8.8227	-31.8379

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-10 - 9999
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	-10 - 9999

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