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- PDB-4dn7: CRYSTAL STRUCTURE OF putative ABC transporter, ATP-binding protei... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4dn7 | ||||||
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Title | CRYSTAL STRUCTURE OF putative ABC transporter, ATP-binding protein from Methanosarcina mazei Go1 | ||||||
![]() | ABC transporter, ATP-binding protein | ||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / STRUCTURAL GENOMICS / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / NEW YORK STRUCTURAL GENOMIX RESEARCH CONSORTIUM / NYSGRC / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium | ||||||
Function / homology | SUF system FeS cluster assembly, SufBD / SUF system FeS cluster assembly, SufBD superfamily / SUF system FeS cluster assembly, SufBD / iron-sulfur cluster assembly / ATP binding / ABC transporter, ATP-binding protein![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Malashkevich, V.N. / Bhosle, R. / Toro, R. / Seidel, R. / Almo, S.C. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC) | ||||||
![]() | ![]() Title: CRYSTAL STRUCTURE OF putative ABC transporter, ATP-binding protein from Methanosarcina mazei Go1 Authors: Malashkevich, V.N. / Bhosle, R. / Toro, R. / Seidel, R. / Almo, S.C. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 338.2 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 285.4 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 453.4 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 459.5 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 34.7 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 51.4 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Details | biological unit is the same as asym. |
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Components
#1: Protein | Mass: 47607.273 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-1PE / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.33 Å3/Da / Density % sol: 47.14 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 0.1 M Na acetate, 0.1M MES:NaOH, pH 6.5, 30% PEG400, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Feb 3, 2012 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9791 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Redundancy: 3.8 % / Av σ(I) over netI: 27.02 / Number: 384030 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Χ2: 2.06 / D res high: 1.6 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 101227 / % possible obs: 88.9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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Reflection | Resolution: 1.6→50 Å / Num. obs: 101227 / % possible obs: 88.9 % / Redundancy: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Χ2: 2.062 / Net I/σ(I): 9.4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
|
-Phasing
Phasing | Method: ![]() |
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Details: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : RESIDUAL ONLY
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 85.93 Å2 / Biso mean: 29.2047 Å2 / Biso min: 14.54 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.6→19.56 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.6→1.641 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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