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- PDB-4dn5: Crystal Structure of NF-kB-inducing Kinase (NIK) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4dn5
タイトルCrystal Structure of NF-kB-inducing Kinase (NIK)
要素Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 14
キーワードTRANSFERASE / non-RD kinase / protein serine/threonine kinase / ATP binding
機能・相同性
機能・相同性情報


TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / mitogen-activated protein kinase kinase kinase / non-canonical NF-kappaB signal transduction / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / MAP kinase kinase kinase activity / canonical NF-kappaB signal transduction / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / fibrillar center ...TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / mitogen-activated protein kinase kinase kinase / non-canonical NF-kappaB signal transduction / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / MAP kinase kinase kinase activity / canonical NF-kappaB signal transduction / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / fibrillar center / cellular response to mechanical stimulus / defense response to virus / protein kinase activity / immune response / intracellular membrane-bounded organelle / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / nucleoplasm / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein (MAP) kinase kinase kinase 14 / M3K14, catalytic domain / : / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain ...Mitogen-activated protein (MAP) kinase kinase kinase 14 / M3K14, catalytic domain / : / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 14
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Min, X. / Liu, J. / Sudom, A. / Walker, N.P. / Wang, Z.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Structure of Nuclear Factor Kappa B-inducing kinase domain reveals a constitutively active conformation
著者: Liu, J. / Sudom, A. / Min, X. / Cao, Z. / Gao, X. / Ayres, M. / Lee, F. / Cao, P. / Johnstone, S. / Plotnikova, O. / Walker, N. / Chen, G. / Wang, Z.
履歴
登録2012年2月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年6月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月30日Group: Non-polymer description
改定 1.22013年7月17日Group: Database references
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 14
B: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,90713
ポリマ－78,3472
非ポリマー1,56011
水1,26170
1
A: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,1249
ポリマ－39,1741
非ポリマー9508
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,7834
ポリマ－39,1741
非ポリマー6103
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6350 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area29040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.060, 85.060, 115.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 14 / NF-kappa-beta-inducing kinase / HsNIK / Serine/threonine-protein kinase NIK


分子量: 39173.715 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 330-680 / 変異: S549D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAP3K14, NF-kB-inducing Kinase, NIK / プラスミド: pFASTBacHT / 細胞株 (発現宿主): sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q99558, mitogen-activated protein kinase kinase kinase

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非ポリマー , 5種, 81分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-AGS / PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-GAMMA-S / ADENOSINE 5'-(3-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE 5'-(GAMMA-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE MONOTHIOPHOSPHATE / ATP-γ-S


分子量: 523.247 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O12P3S
コメント: ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.83 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.4
詳細: 12.5% polyethylene glycol 3350, 200 mM ammonium sulfate and 0.1 M sodium citrate, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年8月1日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: DOUBLE-CRYSTAL, SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.626
11K, H, -L20.374
反射解像度: 2.5→47.75 Å / Num. all: 28420 / Num. obs: 137194 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 60.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 15.8
反射 シェル解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.493 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 4101 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BOSデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 10.213 / SU ML: 0.211 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.094 / ESU R Free: 0.053 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22185 1417 5 %RANDOM
Rwork0.18244 ---
obs0.18435 26957 99.76 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 55.864 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.04 Å20 Å20 Å2
2---7.04 Å20 Å2
3---14.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5128 0 94 70 5292
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0195337
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9971.9857225
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.7325657
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.68823.19232
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.82415893
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.7741544
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.2774
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0214024
LS精密化 シェル解像度: 2.499→2.563 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.308 125 -
Rwork0.242 1922 -
obs--97.57 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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