PDB-4dml: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase from Synechococcus elo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4dml

タイトル

3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase from Synechococcus elongatus PCC 7942

要素

3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Rossmann Fold / OXOACYL-ACP REDUCTASE / NADP binding / Fatty acid biosynthsis

機能・相同性

機能・相同性情報

3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / NAD binding / fatty acid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Synechococcus elongatus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Chen, C. / Zhuang, N.N. / Lee, K.H.

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase from Synechococcus elongatus PCC 7942
著者: Chen, C. / Zhuang, N.N. / Lee, K.H.

履歴

登録	2012年2月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2012年2月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4dml.cif.gz	341.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4dml.ent.gz	283.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4dml.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4dml_validation.pdf.gz	464.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4dml_full_validation.pdf.gz	481.9 KB	表示
XML形式データ	4dml_validation.xml.gz	33.3 KB	表示
CIF形式データ	4dml_validation.cif.gz	46.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dm/4dml ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dm/4dml	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4dmm
類似構造データ	4dmm-1 3ct7-2 4de8-d 4hy1-1 2ibs-1 1c14-d 2dvs-d 3doh-2 4a9n-d 5b1y-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (5) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (3) #188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (2) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (2)

登録構造単位

A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase

B: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase

C: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase

D: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase

111 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase

C: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
55.4 kDa, 2 ポリマー
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2

B: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase

D: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
55.4 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	63.9110, 117.9320, 125.3290
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase 分子量: 27685.752 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Synechococcus elongatus (バクテリア) 株: PCC 7942 / 遺伝子: Synpcc7942_0684 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q31QF3, 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase

分子量: 27685.752 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Synechococcus elongatus (バクテリア)
株: PCC 7942 / 遺伝子: Synpcc7942_0684 / プラスミド: pET28b / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q31QF3, 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.32 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 21% PEG3350, 0.1M HEPES, 0.16M Lithium sulfate monohydrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト: PAL/PLS

/ ビームライン: 6C1 / 波長: 0.9795, 0.9796, 0.9718

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月14日

放射

モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9795	1
2	0.9796	1
3	0.9718	1

反射

解像度: 2.5→43.34 Å / Num. all: 33516 / Num. obs: 31758 / % possible obs: 94.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2

反射シェル

最高解像度: 2.5 Å / % possible all: 94.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
SOLVE		位相決定
REFMAC	5.5.0102	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.5→43.34 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.939 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.89 / SU B: 22.588 / SU ML: 0.224 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.653 / ESU R Free: 0.311 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26201	1695	5.1 %	RANDOM
R_work	0.19712	-	-	-
obs	0.20035	31758	99.87 %	-
all	-	33516	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.681 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.02 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.02 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→43.34 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6898	0	0	18	6916

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.022	6963
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.749	1.971	9440
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.707	5	951
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.276	23.735	249
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.338	15	1136
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.769	15	56
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.117	0.2	1157
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	5124
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.786	1.5	4711
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.484	2	7432
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.512	3	2252
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.231	4.5	2008

LS精密化シェル

解像度: 2.501→2.566 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.421	140	-
R_work	0.303	2281	-
obs	-	31758	98.29 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5198	0.4935	0.4099	0.4907	0.3932	0.6106	0.1423	-0.0394	0.0285	0.1572	-0.0761	0.0021	0.0871	0.0054	-0.0661	0.187	-0.0126	-0.0089	0.0657	0.0068	0.0819	38.9705	54.6154	44.4521
2	0.498	0.4344	0.1151	0.9761	0.1888	0.1822	0.0372	0.0784	0.118	0.0628	0.0175	0.2005	0.1005	0.0591	-0.0547	0.069	0.0307	-0.0326	0.09	0.0286	0.1619	14.2527	31.7795	17.8105
3	0.7932	0.6833	0.7099	0.6215	0.5881	0.8651	0.3706	-0.3672	0.2067	0.3503	-0.404	0.1806	0.2138	-0.2748	0.0335	0.2918	-0.2041	0.1834	0.2781	-0.1066	0.1234	12.2287	39.729	47.6145
4	0.4859	0.5757	0.1317	0.6904	0.1192	0.397	-0.0588	0.0947	0.041	-0.0454	0.1076	0.0624	-0.0838	0.1024	-0.0488	0.0682	-0.0055	0.01	0.1458	0.0347	0.0935	36.2778	52.4442	13.6117

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	4 - 249
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	301 - 302
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	4 - 249
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	301 - 304
5	X-RAY DIFFRACTION	3	C	4 - 249
6	X-RAY DIFFRACTION	3	C	301 - 306
7	X-RAY DIFFRACTION	4	D	4 - 248
8	X-RAY DIFFRACTION	4	D	301 - 306

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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