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- PDB-4dm5: Putative Osmotically inducible lipoprotein OsmE characterization ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4dm5
タイトルPutative Osmotically inducible lipoprotein OsmE characterization by Xray crystallography
要素Osmotically inducible lipoprotein OsmE
キーワードUNKNOWN FUNCTION / lipoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


Beta-lactamase Inhibitory Protein; Chain:B, domain 1 / Beta-lactamase Inhibitory Protein; Chain:B, domain 1 - #10 / Lipoprotein SmpA/OmlA / Outer membrane protein assembly factor BamE domain / BamE-like / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Osmotically inducible lipoprotein OsmE
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Mamelli, L. / Spinelli, S. / Goemaere, E. / Vuillard, L.
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Putative Osmotically inducible lipoprotein OsmE characterization by Xray crystallography
著者: Mamelli, L. / Spinelli, S. / Goemaere, E. / Vuillard, L.
履歴
登録2012年2月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年3月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Osmotically inducible lipoprotein OsmE
B: Osmotically inducible lipoprotein OsmE
C: Osmotically inducible lipoprotein OsmE
D: Osmotically inducible lipoprotein OsmE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,0435
ポリマ－46,9514
非ポリマー921
水6,305350
1
A: Osmotically inducible lipoprotein OsmE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,8302
ポリマ－11,7381
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Osmotically inducible lipoprotein OsmE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,7381
ポリマ－11,7381
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Osmotically inducible lipoprotein OsmE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,7381
ポリマ－11,7381
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Osmotically inducible lipoprotein OsmE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,7381
ポリマ－11,7381
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.130, 44.260, 59.280
Angle α, β, γ (deg.)94.20, 93.92, 116.07
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Osmotically inducible lipoprotein OsmE


分子量: 11737.640 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 19-114 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Protein without leader peptide
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
株: PAO1 / 遺伝子: osmE, PA4876 / プラスミド: pET28-LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21[DE3] pLysS / 参照: UniProt: Q9HUT7
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 350 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.81 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 0.01M Na-Borate, 1.7M Na-Citrate, Glycerol 2.5%, 0.01M Tris, 0.125M NaCl, 0.001M DTT , pH 9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97926 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年11月16日
放射モノクロメーター: YALE MIRRORS / プロトコル: SAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→39.49 Å / Num. obs: 104647 / % possible obs: 92.2 % / Observed criterion σ(I): 3.56
反射 シェル解像度: 1.5→1.54 Å / Num. unique all: 7813 / % possible all: 92.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
SHELXS位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.5→39.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.966 / SU B: 2.993 / SU ML: 0.056 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 3.56 / ESU R: 0.079 / ESU R Free: 0.08 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20854 1616 3 %RANDOM
Rwork0.1791 ---
all0.1796 53849 --
obs0.18002 52232 94.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.82 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.18 Å20.05 Å20.28 Å2
2--0.04 Å2-0.07 Å2
3---1.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→39.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2779 0 6 350 3135
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0192918
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.4671.9733927
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1225368
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.70424.467150
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.5415492
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.4011523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1820.2397
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.0212277
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.284 119 -
Rwork0.254 3832 -
obs-3832 93.98 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.54410.3853-0.26460.75990.64261.49940.0023-0.14170.1325-0.04790.02060.14160.02850.1589-0.02290.0827-0.0363-0.01060.08920.00530.06753.6996-0.7603-40.8426
21.3282-0.01180.33570.89630.90611.4013-0.01590.1881-0.05990.03030.06450.1083-0.00960.2194-0.04870.08580.03640.0230.12950.00290.09040.95092.1789-13.5439
33.97110.7808-0.28821.4014-0.06480.85390.0282-0.1409-0.46380.0394-0.0744-0.0029-0.0546-0.01340.04620.0518-0.047-0.00420.06160.00690.1369-8.0759-18.2017-42.7466
43.4845-0.78920.34751.28520.03921.020.02810.06570.3888-0.0259-0.06920.01420.04170.01660.04110.05840.02870.00810.03340.01630.13317.5365-20.4463-9.9356
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A9 - 95
2X-RAY DIFFRACTION2B8 - 102
3X-RAY DIFFRACTION3C9 - 95
4X-RAY DIFFRACTION4D8 - 94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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