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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4dm5 | ||||||
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タイトル | Putative Osmotically inducible lipoprotein OsmE characterization by Xray crystallography | ||||||
![]() | Osmotically inducible lipoprotein OsmE | ||||||
![]() | UNKNOWN FUNCTION / lipoprotein | ||||||
機能・相同性 | Beta-lactamase Inhibitory Protein; Chain:B, domain 1 / Beta-lactamase Inhibitory Protein; Chain:B, domain 1 - #10 / Lipoprotein SmpA/OmlA / SmpA / OmlA family / BamE-like / outer membrane / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / Osmotically inducible lipoprotein OsmE![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Mamelli, L. / Spinelli, S. / Goemaere, E. / Vuillard, L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Putative Osmotically inducible lipoprotein OsmE characterization by Xray crystallography 著者: Mamelli, L. / Spinelli, S. / Goemaere, E. / Vuillard, L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 157.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 131.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11737.640 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 19-114 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Protein without leader peptide 由来: (組換発現) ![]() 株: PAO1 / 遺伝子: osmE, PA4876 / プラスミド: pET28-LIC / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-GOL / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.81 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 詳細: 0.01M Na-Borate, 1.7M Na-Citrate, Glycerol 2.5%, 0.01M Tris, 0.125M NaCl, 0.001M DTT , pH 9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年11月16日 |
放射 | モノクロメーター: YALE MIRRORS / プロトコル: SAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97926 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→39.49 Å / Num. obs: 104647 / % possible obs: 92.2 % / Observed criterion σ(I): 3.56 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.54 Å / Num. unique all: 7813 / % possible all: 92.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 31.82 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→39.49 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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