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- PDB-4dm0: TN5 transposase: 20MER OUTSIDE END 2 MN complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4dm0
タイトルTN5 transposase: 20MER OUTSIDE END 2 MN complex
要素
  • DNA NON-TRANSFERRED STRAND
  • DNA TRANSFERRED STRAND
  • Transposase for transposon Tn5
キーワードHYDROLASE/DNA / TRANSPOSASE / RIBONUCLEASE H-LIKE MOTIF / PROTEIN-DNA COMPLEX / SYNAPTIC COMPLEX / DNA RECOMBINATION-DNA COMPLEX / HYDROLASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


transposase activity / DNA transposition / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Tn5 transposase; domain 1 / Transferase Inhibitor Protein From Tn5; Chain A, domain2 / Transferase Inhibitor Protein From Tn5; Chain / Transposase Inhibitor Protein From Tn5; Chain A, domain 1 / Transposase Inhibitor Protein From Tn5; Chain A, domain 1 / Transposase, IS4-like / Transposase, Tn5-like, N-terminal / Transposase, Tn5-like, C-terminal / Transposase, Tn5-like, N-terminal domain superfamily / : ...Tn5 transposase; domain 1 / Transferase Inhibitor Protein From Tn5; Chain A, domain2 / Transferase Inhibitor Protein From Tn5; Chain / Transposase Inhibitor Protein From Tn5; Chain A, domain 1 / Transposase Inhibitor Protein From Tn5; Chain A, domain 1 / Transposase, IS4-like / Transposase, Tn5-like, N-terminal / Transposase, Tn5-like, C-terminal / Transposase, Tn5-like, N-terminal domain superfamily / : / Transposase DDE domain / Transposase DNA-binding / Serum Albumin; Chain A, Domain 1 / Ribonuclease H-like superfamily / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA / DNA (> 10) / Transposase for transposon Tn5
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Klenchin, V.A. / Lovell, S. / Goryshin, I.Y. / Reznikoff, W.R. / Rayment, I.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2002
タイトル: Two-metal active site binding of a TN5 transposase synaptic complex
著者: Lovell, S. / Goryshin, I.Y. / Reznikoff, W.R. / Rayment, I.
履歴
登録2012年2月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2012年2月22日ID: 1MUR
改定 1.02012年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transposase for transposon Tn5
B: DNA TRANSFERRED STRAND
C: DNA NON-TRANSFERRED STRAND
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,1737
ポリマ－65,9463
非ポリマー2274
水6,521362
1
A: Transposase for transposon Tn5
B: DNA TRANSFERRED STRAND
C: DNA NON-TRANSFERRED STRAND
ヘテロ分子

A: Transposase for transposon Tn5
B: DNA TRANSFERRED STRAND
C: DNA NON-TRANSFERRED STRAND
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,34614
ポリマ－131,8936
非ポリマー4548
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_544x,x-y-1,-z-1/61
Buried area19340 Å2
ΔGint-121 kcal/mol
Surface area46710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.378, 112.378, 232.783
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-503-

MN

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Transposase for transposon Tn5 / Tnp


分子量: 53367.113 Da / 分子数: 1 / 変異: E54K, M56A, E345K, L372P / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: tnpA, tnp / プラスミド: PTYB1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)PLYSS
参照: UniProt: Q46731, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素

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DNA鎖 , 2種, 2分子 BC

#2: DNA鎖 DNA TRANSFERRED STRAND


分子量: 6526.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: THE 21 BP SEQUENCE OCCURS NATURALLY IN THE TN5 TRANSPOSON
#3: DNA鎖 DNA NON-TRANSFERRED STRAND


分子量: 6052.943 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: THE 20 BP SEQUENCE OCCURS NATURALLY IN THE TN5 TRANSPOSON

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非ポリマー , 3種, 366分子

#4: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 362 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.77 %
結晶化温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 5
詳細: 15% PEG 1500, 0.35M POTASSIUM GLUTAMATE, 0.05M POTASSIUM SUCCINATE, pH 5.0, microbatch, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2001年3月21日
放射モノクロメーター: UNDULATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→30 Å / Num. all: 31250 / Num. obs: 31250 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 16.9 % / Biso Wilson estimate: 46.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Χ2: 1.111 / Net I/σ(I): 29.428
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.5-2.5411.70.3896.78615360.835100
2.54-2.5911.90.3437.49115050.791100
2.59-2.64120.3118.60915320.8100
2.64-2.6911.90.2799.5815350.878100
2.69-2.75120.24410.41915250.8100
2.75-2.8211.90.21111.87415260.797100
2.82-2.8911.80.19113.25215320.813100
2.89-2.9611.80.1615.44915390.795100
2.96-3.0511.80.1317.80815420.784100
3.05-3.1511.60.10921.09715310.84100
3.15-3.2617.50.17826.41515371.416100
3.26-3.3922.40.14933.09515521.229100
3.39-3.5522.90.13336.40215571.276100
3.55-3.7323.10.11141.23115541.667100
3.73-3.9722.90.0946.08415591.265100
3.97-4.2722.90.07251.42715821.189100
4.27-4.722.70.0655.71315951.231100
4.7-5.3822.40.05955.5915991.19100
5.38-6.7621.70.0653.75716421.104100
6.76-30200.03566.48417701.06299.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 40.54 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å28.86 Å
Translation2.5 Å28.86 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
d*TREKデータスケーリング
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1F3I

1f3i
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.5→28.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / WRfactor Rfree: 0.1855 / WRfactor Rwork: 0.1588 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.8706 / SU B: 10.863 / SU ML: 0.13 / SU R Cruickshank DPI: 0.2925 / SU Rfree: 0.2071 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.293 / ESU R Free: 0.207 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2028 1562 5 %RANDOM
Rwork0.17 ---
all0.1717 31328 --
obs0.1717 31103 99.64 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 134.61 Å2 / Biso mean: 35.8276 Å2 / Biso min: 8.45 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.56 Å20.28 Å20 Å2
2--0.56 Å20 Å2
3----0.84 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→28.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3589 822 7 362 4780
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0214589
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2022.1886373
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3465460
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.60223.106161
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.0115652
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.2031534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.2704
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0213170
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.62932286
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.784303643
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.32952299
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.651502727
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.554 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.264 129 -
Rwork0.219 2087 -
all-2216 -
obs--98.62 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9129-0.4847-0.37040.98880.37560.6868-0.005-0.06780.04980.10580.02650.05860.00040.0443-0.02160.0505-0.04150.0120.067-0.02220.032834.204-36.0492.32
21.5196-0.1932-0.47840.72390.4263.04790.06650.04120.1019-0.1469-0.0970.0866-0.0957-0.45950.03060.06760.00520.04780.0778-0.03660.136715.053-18.947-4.774
32.28850.08020.18641.7460.26181.38250.02850.12250.42970.03510.0156-0.2248-0.44630.1712-0.04410.1883-0.10410.03120.1068-0.00610.14452.606-20.812-16.879
42.2052-0.2404-0.37671.41870.33392.45370.0478-0.1654-0.04440.02430.02150.13920.04080.0102-0.06930.0512-0.01710.01580.0523-0.01120.065827.807-27.382-22.061
52.8167-0.7202-0.35654.3891.42421.16880.51510.23730.2956-1.1304-0.0527-0.0955-0.5603-0.1888-0.46240.50540.04530.16050.11620.12210.258837.712-16.465-49.718
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 228
2X-RAY DIFFRACTION1A323 - 372
3X-RAY DIFFRACTION2A229 - 322
4X-RAY DIFFRACTION3A388 - 477
5X-RAY DIFFRACTION4B111 - 121
6X-RAY DIFFRACTION4C201 - 210
7X-RAY DIFFRACTION5B101 - 110
8X-RAY DIFFRACTION5C211 - 220

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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