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万見
- PDB-4dl4: Human DNA polymerase eta inserting dCMPNPP opposite the 3'G of ci... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4dl4
タイトルHuman DNA polymerase eta inserting dCMPNPP opposite the 3'G of cisplatin crosslinked Gs (Pt-GG1).
要素
  • DNA (5'-D(*TP*AP*GP*TP*GP*TP*GP*AP*G)-3')
  • DNA (5'-D(P*GP*GP*CP*TP*CP*AP*CP*AP*CP*T)-3')
  • DNA polymerase eta
キーワードTRANSFERASE/DNA/INHIBITOR / cisplatin / chemoresistence / translesion synthesis / human DNA polymerse eta / kinetics / molecular splint / inhibition / DNA distorsion / second TLS polymerase / nucleotidyl transfer reaction / PCNA / TRANSFERASE-DNA-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


response to UV-C / DNA synthesis involved in DNA repair / error-free translesion synthesis / cellular response to UV-C / pyrimidine dimer repair / regulation of DNA repair / error-prone translesion synthesis / replication fork / Termination of translesion DNA synthesis / Translesion Synthesis by POLH ...response to UV-C / DNA synthesis involved in DNA repair / error-free translesion synthesis / cellular response to UV-C / pyrimidine dimer repair / regulation of DNA repair / error-prone translesion synthesis / replication fork / Termination of translesion DNA synthesis / Translesion Synthesis by POLH / response to radiation / HDR through Homologous Recombination (HRR) / site of double-strand break / DNA replication / damaged DNA binding / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA repair / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin-Binding Zinc Finger / DNA polymerase eta, ubiquitin-binding zinc finger / Zinc finger UBZ3-type profile. / DNApol eta/Rev1, HhH motif / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I - #60 / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / impB/mucB/samB family C-terminal domain / UmuC domain ...Ubiquitin-Binding Zinc Finger / DNA polymerase eta, ubiquitin-binding zinc finger / Zinc finger UBZ3-type profile. / DNApol eta/Rev1, HhH motif / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I - #60 / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / impB/mucB/samB family C-terminal domain / UmuC domain / DNA polymerase, Y-family, little finger domain superfamily / impB/mucB/samB family / UmuC domain profile. / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Dna Ligase; domain 1 / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / DNA polymerase; domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0KX / Cisplatin / DNA / DNA polymerase eta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Zhao, Y. / Biertumpfel, C. / Gregory, M. / Hua, Y.-J. / Hanaoka, F. / Yang, W.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Structural Basis for Chemoresistance to Cisplatin Mediated by DNA Polymerase eta
著者: Zhao, Y. / Biertumpfel, C. / Gregory, M.T. / Hua, Y.J. / Hanaoka, F. / Yang, W.
履歴
登録2012年2月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月17日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase eta
T: DNA (5'-D(P*GP*GP*CP*TP*CP*AP*CP*AP*CP*T)-3')
P: DNA (5'-D(*TP*AP*GP*TP*GP*TP*GP*AP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,3408
ポリマ－54,4343
非ポリマー9075
水3,765209
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4190 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area22110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.210, 99.210, 82.150
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 DNA polymerase eta / RAD30 homolog A / Xeroderma pigmentosum variant type protein


分子量: 48617.707 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 1-432 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLH, RAD30, RAD30A, XPV / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) plysS / 参照: UniProt: Q9Y253, DNA-directed DNA polymerase

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DNA鎖 , 2種, 2分子 TP

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*GP*CP*TP*CP*AP*CP*AP*CP*T)-3')


分子量: 3004.981 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*AP*GP*TP*GP*TP*GP*AP*G)-3')


分子量: 2810.858 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: dCMPNPP

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非ポリマー , 5種, 214分子

#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-CPT / Cisplatin / diammine(dichloro)platinum


分子量: 300.045 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl2H6N2Pt / コメント: 薬剤, 化学療法薬*YM
#7: 化合物 ChemComp-0KX / 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]cytidine


分子量: 466.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H17N4O12P3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 209 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.63 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: MES, MgCl2, PEG 2K-MME, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月15日 / 詳細: double Si(220) crystal and mirror vertical focusing
放射モノクロメーター: double Si(220) crystal and mirror vertical focusing
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30 Å / Num. all: 30655 / Num. obs: 30558 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 21.51 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.136 / Rsym value: 0.12 / Net I/σ(I): 11.33
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allRsym value% possible all
2-2.063.80.5014.6221950.58897.4
2.06-2.124.60.4055.4722170.58100
2.12-2.184.60.3736.0221450.527100
2.18-2.254.60.3146.620460.461100
2.25-2.324.60.2877.1720280.4299.9
2.32-2.44.70.2417.9319470.34399.9
2.4-2.494.70.218.7118730.289100
2.49-2.594.70.189.1518330.254100
2.59-2.714.70.14710.217170.203100
2.71-2.844.70.1310.9116710.171100
2.84-34.60.09912.0815880.135100
3-3.184.60.08113.4414910.106100
3.18-3.44.60.05416.8614240.07599.9
3.4-3.674.60.04518.7313150.06699.9
3.67-4.024.50.03820.5312020.0699.8
4.02-4.494.50.03721.6610890.05799.8
4.49-5.194.50.03522.249820.05599.9
5.19-6.364.50.03322.048110.05499.8
6.36-8.994.40.03123.476440.04999.7
8.99-303.90.03322.453400.04993.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.7.1_743精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
SERGUIデータ収集
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3MR2

3mr2


解像度: 2→30 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / FOM work R set: 0.8742 / SU ML: 0.59 / σ(F): 1.36 / σ(I): 0 / 位相誤差: 20.04 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2172 2343 7.67 %keep the same as used in 3MR2 refinement. Original selection is random.
Rwork0.1943 ---
obs0.196 30539 99.72 %-
all-30625 --
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 35.054 Å2 / ksol: 0.335 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 99.16 Å2 / Biso mean: 26.8717 Å2 / Biso min: 7.23 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.7876 Å2-0 Å2-0 Å2
2--2.7876 Å20 Å2
3---3.5211 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3352 373 39 209 3973
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0044100
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9975661
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.091636
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005648
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.5821619
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 17

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.0101-2.05110.28071300.282516051735160597
2.0511-2.09560.2751480.2433163417821634100
2.0956-2.14430.25331200.2284169418141694100
2.1443-2.19790.23541440.2106164017841640100
2.1979-2.25720.23181420.206164717891647100
2.2572-2.32350.2471180.1857167717951677100
2.3235-2.39840.24151300.1859165417841654100
2.3984-2.4840.23641690.1967164118101641100
2.484-2.58320.25641540.208162817821628100
2.5832-2.70050.24151330.2176166818011668100
2.7005-2.84250.2681420.2255165117931651100
2.8425-3.02010.23661380.2221168018181680100
3.0201-3.25230.19941180.1902166117791661100
3.2523-3.57790.1981400.166168318231683100
3.5779-4.09180.18191470.1527165117981651100
4.0918-5.14070.14831250.1663169318181693100
5.1407-19.97570.21921450.201216891834168999

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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