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- PDB-4dl1: Crystal Structure of human Myeloperoxidase with covalent thioxant... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4dl1
タイトルCrystal Structure of human Myeloperoxidase with covalent thioxanthine analog
要素(Myeloperoxidase ...) x 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / Heme-dependent peroxidase
機能・相同性
機能・相同性情報


myeloperoxidase / hypochlorous acid biosynthetic process / Events associated with phagocytolytic activity of PMN cells / phagocytic vesicle lumen / response to gold nanoparticle / response to yeast / respiratory burst involved in defense response / low-density lipoprotein particle remodeling / azurophil granule / response to food ...myeloperoxidase / hypochlorous acid biosynthetic process / Events associated with phagocytolytic activity of PMN cells / phagocytic vesicle lumen / response to gold nanoparticle / response to yeast / respiratory burst involved in defense response / low-density lipoprotein particle remodeling / azurophil granule / response to food / response to mechanical stimulus / defense response to fungus / removal of superoxide radicals / secretory granule / hydrogen peroxide catabolic process / peroxidase activity / defense response / azurophil granule lumen / heparin binding / response to oxidative stress / response to lipopolysaccharide / lysosome / defense response to bacterium / intracellular membrane-bounded organelle / heme binding / Neutrophil degranulation / chromatin binding / negative regulation of apoptotic process / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Myeloperoxidase, subunit C / Haem peroxidase domain superfamily, animal type / Haem peroxidase, animal-type / Haem peroxidase domain superfamily, animal type / Animal haem peroxidase / Animal heme peroxidase superfamily profile. / Peroxidases proximal heme-ligand signature. / Haem peroxidase superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0KY / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Myeloperoxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Vajdos, F. / Varghese, A.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: Deconstruction of activity-dependent covalent modification of heme in human neutrophil myeloperoxidase by multistage mass spectrometry (MS(4)).
著者: Geoghegan, K.F. / Varghese, A.H. / Feng, X. / Bessire, A.J. / Conboy, J.J. / Ruggeri, R.B. / Ahn, K. / Spath, S.N. / Filippov, S.V. / Conrad, S.J. / Carpino, P.A. / Guimaraes, C.R. / Vajdos, F.F.
履歴
登録2012年2月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年5月9日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.02024年12月25日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact / struct_conn
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Myeloperoxidase light chain
C: Myeloperoxidase heavy chain
B: Myeloperoxidase light chain
D: Myeloperoxidase heavy chain
E: Myeloperoxidase light chain
G: Myeloperoxidase heavy chain
F: Myeloperoxidase light chain
H: Myeloperoxidase heavy chain
I: Myeloperoxidase light chain
K: Myeloperoxidase heavy chain
J: Myeloperoxidase light chain
L: Myeloperoxidase heavy chain
M: Myeloperoxidase light chain
O: Myeloperoxidase heavy chain
N: Myeloperoxidase light chain
P: Myeloperoxidase heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)541,35672
ポリマ－521,10016
非ポリマー20,25556
水45,3982520
1
A: Myeloperoxidase light chain
C: Myeloperoxidase heavy chain
B: Myeloperoxidase light chain
D: Myeloperoxidase heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,16618
ポリマ－130,2754
非ポリマー4,89114
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: Myeloperoxidase light chain
G: Myeloperoxidase heavy chain
F: Myeloperoxidase light chain
H: Myeloperoxidase heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,16618
ポリマ－130,2754
非ポリマー4,89114
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
I: Myeloperoxidase light chain
K: Myeloperoxidase heavy chain
J: Myeloperoxidase light chain
L: Myeloperoxidase heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,16618
ポリマ－130,2754
非ポリマー4,89114
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
M: Myeloperoxidase light chain
O: Myeloperoxidase heavy chain
N: Myeloperoxidase light chain
P: Myeloperoxidase heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,85618
ポリマ－130,2754
非ポリマー5,58114
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
A: Myeloperoxidase light chain
C: Myeloperoxidase heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,5839
ポリマ－65,1382
非ポリマー2,4467
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14680 Å2
ΔGint-75 kcal/mol
Surface area22860 Å2
手法PISA
6
B: Myeloperoxidase light chain
D: Myeloperoxidase heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,5839
ポリマ－65,1382
非ポリマー2,4467
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14740 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area22850 Å2
手法PISA
7
E: Myeloperoxidase light chain
G: Myeloperoxidase heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,5839
ポリマ－65,1382
非ポリマー2,4467
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14430 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area22910 Å2
手法PISA
8
F: Myeloperoxidase light chain
H: Myeloperoxidase heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,5839
ポリマ－65,1382
非ポリマー2,4467
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14450 Å2
ΔGint-70 kcal/mol
Surface area22970 Å2
手法PISA
9
I: Myeloperoxidase light chain
K: Myeloperoxidase heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,5839
ポリマ－65,1382
非ポリマー2,4467
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14780 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area22730 Å2
手法PISA
10
J: Myeloperoxidase light chain
L: Myeloperoxidase heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,5839
ポリマ－65,1382
非ポリマー2,4467
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14780 Å2
ΔGint-75 kcal/mol
Surface area22630 Å2
手法PISA
11
M: Myeloperoxidase light chain
O: Myeloperoxidase heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,5839
ポリマ－65,1382
非ポリマー2,4467
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14350 Å2
ΔGint-71 kcal/mol
Surface area23050 Å2
手法PISA
12
N: Myeloperoxidase light chain
P: Myeloperoxidase heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,2739
ポリマ－65,1382
非ポリマー3,1357
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15250 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area23310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.829, 242.636, 151.505
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.19, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31E
41F
51I
61J
71M
81N
12C
22D
32G
42H
52K
62L
72O
82P

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1116A1 - 605
2116B1 - 605
3116E1 - 605
4116F1 - 605
5116I1 - 605
6116J1 - 605
7116M1 - 605
8116N1 - 605
1126C113 - 578
2126D113 - 578
3126G113 - 578
4126H113 - 578
5126K113 - 578
6126L113 - 578
7126O113 - 578
8126P113 - 578

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

-
Myeloperoxidase ... , 2種, 16分子 ABEFIJMNCDGHKLOP

#1: タンパク質
Myeloperoxidase light chain


分子量: 11903.343 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: blood / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P05164, myeloperoxidase
#2: タンパク質
Myeloperoxidase heavy chain


分子量: 53234.191 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P05164, myeloperoxidase

-
糖 , 3種, 24分子

#3: 多糖
alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1056.964 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3-3-4/a4-b1_a6-f1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#8: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 5種, 2552分子

#5: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物
ChemComp-0KY / 3-[(2R)-2-ethoxypropyl]-2-thioxo-1,2,3,9-tetrahydro-6H-purin-6-one


分子量: 254.309 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N4O2S
#7: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#9: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2520 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.35 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5
詳細: 27% PEG 3350, 0.25 M CaCl2, betaine HCl, pH 5.5, vapor diffusion, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PILATUS 6M / 検出器: PIXEL ARRAY DETECTOR / 日付: 2010年12月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→242.636 Å / Num. all: 335809 / Num. obs: 335809 / % possible obs: 93.3 % / 冗長度: 3.1 % / Rsym value: 0.091 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsRsym valueDiffraction-ID% possible all
1.9-21.70.4931.60.493167.4
2-2.122.60.4061.90.406192.9
2.12-2.273.30.3142.50.314198.6
2.27-2.453.40.2193.50.219198.9
2.45-2.693.40.15450.154199
2.69-33.50.1086.90.108198.9
3-3.473.30.0759.30.075198.9
3.47-4.253.50.05711.70.057198.2
4.25-6.013.30.05311.40.053198.4
6.01-242.6363.30.0519.70.051196.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 38.87 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å128.49 Å
Translation2.5 Å128.49 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.16データスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→128.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 11.978 / SU ML: 0.148 / SU R Cruickshank DPI: 0.2325 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.222 / ESU R Free: 0.19 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24617 15173 5 %RANDOM
Rwork0.19045 ---
obs0.19327 286325 97.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 8.802 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.21 Å20 Å20.33 Å2
2---0.52 Å20 Å2
3---0.75 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→128.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数36531 0 1335 2520 40386
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.02239030
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0227347
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1722.02353111
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.734365714
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.9554545
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.39722.8991859
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.882156257
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.50215432
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1760.25779
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.02142470
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.027976
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1891.522944
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3961.59004
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.799237124
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.082316086
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.2384.515985
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A1438LOOSE POSITIONAL0.385
12B1438LOOSE POSITIONAL0.345
13E1438LOOSE POSITIONAL0.45
14F1438LOOSE POSITIONAL0.45
15I1438LOOSE POSITIONAL0.465
16J1438LOOSE POSITIONAL0.435
17M1438LOOSE POSITIONAL0.415
18N1438LOOSE POSITIONAL0.395
11A1438LOOSE THERMAL2.8610
12B1438LOOSE THERMAL2.1810
13E1438LOOSE THERMAL2.3510
14F1438LOOSE THERMAL2.9410
15I1438LOOSE THERMAL2.3110
16J1438LOOSE THERMAL2.1210
17M1438LOOSE THERMAL2.0410
18N1438LOOSE THERMAL2.810
21C6424LOOSE POSITIONAL0.435
22D6424LOOSE POSITIONAL0.395
23G6424LOOSE POSITIONAL0.415
24H6424LOOSE POSITIONAL0.395
25K6424LOOSE POSITIONAL0.45
26L6424LOOSE POSITIONAL0.425
27O6424LOOSE POSITIONAL0.45
28P6424LOOSE POSITIONAL0.415
21C6424LOOSE THERMAL2.4610
22D6424LOOSE THERMAL2.1610
23G6424LOOSE THERMAL2.3210
24H6424LOOSE THERMAL2.3210
25K6424LOOSE THERMAL2.410
26L6424LOOSE THERMAL2.1910
27O6424LOOSE THERMAL2.1210
28P6424LOOSE THERMAL2.4110
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.329 1008 -
Rwork0.258 19262 -
obs--88.92 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8865-0.04670.36771.3576-0.06591.13460.0219-0.0166-0.0168-0.02340.00620.05360.0373-0.0116-0.02810.0162-0.0051-0.00120.11260.00620.013110.742-16.50243.89
21.00250.19590.49480.99490.20220.89050.00050.07790.0408-0.1469-0.01130.1015-0.0195-0.00050.01090.0758-0.0061-0.02160.09310.00970.0135.375-15.30734.498
31.5089-0.07590.3621.52670.22340.9731-0.0079-0.051-0.20130.06530.02450.050.16150.0078-0.01650.08940.0304-0.00520.12020.00590.056724.696-42.22260.505
41.1359-0.2190.55181.03730.10131.0505-0.0007-0.1094-0.18520.12430.0608-0.04910.14680.0359-0.060.10410.0456-0.03080.11250.00360.091933.254-43.47767.265
51.3944-0.0735-0.47521.33580.30551.49050.0577-0.1860.0450.02770.05850.0383-0.08890.0232-0.11620.0362-0.03620.01710.1812-0.04220.0504-21.07717.08770.935
61.4168-0.2191-0.43351.06030.27221.1538-0.012-0.4118-0.01540.19440.04640.0889-0.006-0.0128-0.03450.117-0.01320.04270.2797-0.02010.0344-26.40116.08680.372
71.50810.2035-0.00231.5050.33980.7629-0.04940.0140.343-0.0051-0.01490.1488-0.1435-0.00020.06440.1699-0.05560.03460.1404-0.02110.1692-7.34842.48553.657
81.2820.1423-0.54891.11840.09910.8658-0.0040.11660.3179-0.13070.0013-0.0815-0.16660.03020.00270.184-0.07810.02930.1507-0.02030.22641.17643.62946.838
91.07610.43080.06991.4122-0.13121.25490.0978-0.00160.0960.0483-0.03660.1828-0.0226-0.0923-0.06110.0954-0.0063-0.02540.1041-0.00780.0833-17.88516.094-7.023
101.23850.1858-0.10331.33630.13490.97970.1529-0.18180.08040.2589-0.11840.2639-0.0144-0.1337-0.03460.1728-0.04420.02280.1286-0.02120.0933-23.19214.9132.403
111.3722-0.0227-0.38840.97780.00281.0550.02360.05230.1828-0.0460.02030.145-0.1382-0.0611-0.04390.1579-0.0139-0.03720.11840.01170.116-4.18341.814-23.839
120.80210.0688-0.4180.87820.12021.00710.04060.10530.1397-0.1020.0131-0.0121-0.14090.0242-0.05360.1596-0.0298-0.01730.11960.02230.13364.32943.087-30.65
131.72060.17420.96920.73990.28261.9425-0.03210.12550.0501-0.0311-0.0090.0743-0.01790.03620.04120.08890.031-0.08910.1234-0.01860.132913.77-17.814-33.746
141.47390.25291.0460.87060.20391.5849-0.09480.21260.1487-0.1113-0.03640.0832-0.09510.01690.13130.14990.0192-0.09370.1682-0.0150.12778.541-17.04-43.259
151.7858-0.29120.71740.6615-0.31751.58670.1066-0.0025-0.2915-0.0727-0.00940.20450.2805-0.1515-0.09710.2065-0.0126-0.0920.1305-0.01320.17926.493-42.898-15.275
161.1195-0.32630.9440.9676-0.06441.86450.0876-0.0647-0.19820.0423-0.03780.08740.2773-0.0922-0.04990.1892-0.0005-0.07880.0966-0.00490.190834.932-44.041-8.346
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 104
2X-RAY DIFFRACTION1A1601 - 1602
3X-RAY DIFFRACTION1C601
4X-RAY DIFFRACTION1A1701 - 1756
5X-RAY DIFFRACTION1B301
6X-RAY DIFFRACTION1C701 - 702
7X-RAY DIFFRACTION2C113 - 577
8X-RAY DIFFRACTION2C602 - 610
9X-RAY DIFFRACTION2A1757 - 1759
10X-RAY DIFFRACTION2C703 - 914
11X-RAY DIFFRACTION2D701
12X-RAY DIFFRACTION2F301
13X-RAY DIFFRACTION3B1 - 104
14X-RAY DIFFRACTION3B201 - 203
15X-RAY DIFFRACTION3B302 - 341
16X-RAY DIFFRACTION3D702
17X-RAY DIFFRACTION4D113 - 578
18X-RAY DIFFRACTION4D601 - 609
19X-RAY DIFFRACTION4B342 - 347
20X-RAY DIFFRACTION4D703 - 873
21X-RAY DIFFRACTION5E1 - 104
22X-RAY DIFFRACTION5E1601 - 1602
23X-RAY DIFFRACTION5E1701 - 1741
24X-RAY DIFFRACTION5F302 - 303
25X-RAY DIFFRACTION5G701
26X-RAY DIFFRACTION5H1701
27X-RAY DIFFRACTION6G113 - 577
28X-RAY DIFFRACTION6G601 - 610
29X-RAY DIFFRACTION6C915
30X-RAY DIFFRACTION6G702 - 845
31X-RAY DIFFRACTION7F1 - 104
32X-RAY DIFFRACTION7F201 - 202
33X-RAY DIFFRACTION7C916
34X-RAY DIFFRACTION7E1742
35X-RAY DIFFRACTION7F304 - 350
36X-RAY DIFFRACTION7G846
37X-RAY DIFFRACTION7H1702 - 1703
38X-RAY DIFFRACTION8H113 - 578
39X-RAY DIFFRACTION8H601 - 610
40X-RAY DIFFRACTION8F351 - 355
41X-RAY DIFFRACTION8G847 - 849
42X-RAY DIFFRACTION8H1704 - 1814
43X-RAY DIFFRACTION9I1 - 104
44X-RAY DIFFRACTION9I1601 - 1603
45X-RAY DIFFRACTION9I1701 - 1747
46X-RAY DIFFRACTION9J301
47X-RAY DIFFRACTION9K701
48X-RAY DIFFRACTION10K113 - 577
49X-RAY DIFFRACTION10K601 - 609
50X-RAY DIFFRACTION10I1748 - 1751
51X-RAY DIFFRACTION10K702 - 832
52X-RAY DIFFRACTION10L701
53X-RAY DIFFRACTION11J1 - 104
54X-RAY DIFFRACTION11J201 - 203
55X-RAY DIFFRACTION11J302 - 350
56X-RAY DIFFRACTION11L702 - 703
57X-RAY DIFFRACTION12L113 - 578
58X-RAY DIFFRACTION12L601 - 609
59X-RAY DIFFRACTION12J351 - 352
60X-RAY DIFFRACTION12K833
61X-RAY DIFFRACTION12L704 - 859
62X-RAY DIFFRACTION13M1 - 104
63X-RAY DIFFRACTION13M1601 - 1602
64X-RAY DIFFRACTION13M1701 - 1741
65X-RAY DIFFRACTION13O701
66X-RAY DIFFRACTION14O113 - 578
67X-RAY DIFFRACTION14O601 - 610
68X-RAY DIFFRACTION14M1742 - 1743
69X-RAY DIFFRACTION14O702 - 830
70X-RAY DIFFRACTION14P701 - 702
71X-RAY DIFFRACTION15N1 - 104
72X-RAY DIFFRACTION15N201 - 202
73X-RAY DIFFRACTION15P601
74X-RAY DIFFRACTION15N301 - 339
75X-RAY DIFFRACTION15O831
76X-RAY DIFFRACTION15P703 - 704
77X-RAY DIFFRACTION16P113 - 578
78X-RAY DIFFRACTION16P602 - 614
79X-RAY DIFFRACTION16C917
80X-RAY DIFFRACTION16N340 - 341
81X-RAY DIFFRACTION16P705 - 840

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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