PDB-4dkp: Crystal structure of clade A/E 93TH057 HIV-1 gp120 core in comple...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4dkp

タイトル

Crystal structure of clade A/E 93TH057 HIV-1 gp120 core in complex with AWS-I-50

要素

clade A/E 93TH057 HIV-1 gp120 core

キーワード

VIRAL PROTEIN/INHIBITOR / HIV-1 gp120 / clade A/E / CD4 mimic / AWS-I-50 / VIRAL PROTEIN-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane ...
類似検索 - 分子機能

生物種

HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS TYPE 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7978 Å

データ登録者

Kwon, Y.D. / LaLonde, J.M. / Jones, D.M. / Sun, A.W. / Courter, J.R. / Soeta, T. / Kobayashi, T. / Princiotto, A.M. / Wu, X. / Mascola, J. ...

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2012
タイトル: Structure-Based Design, Synthesis, and Characterization of Dual Hotspot Small-Molecule HIV-1 Entry Inhibitors.
著者: Lalonde, J.M. / Kwon, Y.D. / Jones, D.M. / Sun, A.W. / Courter, J.R. / Soeta, T. / Kobayashi, T. / Princiotto, A.M. / Wu, X. / Schon, A. / Freire, E. / Kwong, P.D. / Mascola, J.R. / Sodroski, ...

履歴

登録	2012年2月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年5月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年5月9日	Group: Source and taxonomy
改定 1.2	2012年6月20日	Group: Database references
改定 1.3	2019年7月17日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: software / struct_conn Item: _software.contact_author / _software.contact_author_email ..._software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.4	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.5	2021年5月19日	Group: Source and taxonomy / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / entity_src_gen Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity_src_gen.host_org_common_name ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _entity_src_gen.host_org_common_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 1.6	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.7	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4dkp.cif.gz	300.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4dkp.ent.gz	244.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4dkp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4dkp_validation.pdf.gz	947.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4dkp_full_validation.pdf.gz	962 KB	表示
XML形式データ	4dkp_validation.xml.gz	32.5 KB	表示
CIF形式データ	4dkp_validation.cif.gz	46.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dk/4dkp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dk/4dkp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4dkoC 4dkqC 4dkrC 3tgtS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4dkq-d 4rz8-1 4dvw-1 6ut1-d 4dku-1 4dko-1 4i54-1 3tgt-d 4dvt-1 4dku-2 4dvw-2 5u6e-2 6onv-d 4dko-2 4dvx-1 4dkv-1 4dvx-2 4rz8-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#169 - 2014年1月 HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein) 類似性 (6) #170 - 2014年2月広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies) 類似性 (6) #62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (6)

登録構造単位

A: clade A/E 93TH057 HIV-1 gp120 core

C: clade A/E 93TH057 HIV-1 gp120 core

ヘテロ分子

84.4 kDa, 2 ポリマー
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1

A: clade A/E 93TH057 HIV-1 gp120 core

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: clade A/E 93TH057 HIV-1 gp120 core

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.666, 68.483, 94.747
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.60, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質

clade A/E 93TH057 HIV-1 gp120 core

分子量: 39160.367 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS TYPE 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
株: clade A/E 93TH057 / 遺伝子: HIV-1 Env / プラスミド: pVRC8400 / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q0ED31*PLUS

#2: 糖

...
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#3: 化合物

ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES

分子量: 238.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM

#4: 化合物

ChemComp-0LL / N-[(1S,2S)-2-amino-2,3-dihydro-1H-inden-1-yl]-N'-(4-chloro-3-fluorophenyl)ethanediamide

分子量: 347.771 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₁₅ClFN₃O₂

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 479 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.06 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 10% PEG 8000, 5% iso-propanol, 0.1M HEPES 7.5 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年1月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7978→50 Å / Num. all: 76573 / Num. obs: 74276 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.049 / R_sym value: 0.063 / Net I/σ(I): 17.44
反射シェル	解像度: 1.7978→1.83 Å / 冗長度: 1.9 % / R_merge(I) obs: 0.509 / Mean I/σ(I) obs: 1.18 / R_sym value: 0.598 / % possible all: 72.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.7.3_928	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASES		位相決定
REFMAC		精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3TGT

3tgt

解像度: 1.7978→33.705 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.25 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.53 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2247	3782	5.1 %	Random
R_work	0.1988	-	-	-
obs	0.2002	74205	96.32 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 45.315 Å² / k_sol: 0.387 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	5.1907 Å²	-0 Å²	-4.7065 Å²
2-	-	-1.0821 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-4.1086 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7978→33.705 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5308	0	384	479	6171

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	5842
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.699	7927
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.605	2195
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.085	922
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	982

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7978-1.8206	0.3197	79	0.3704	1597	X-RAY DIFFRACTION	60
1.8206-1.8446	0.3814	100	0.3586	2106	X-RAY DIFFRACTION	78
1.8446-1.8698	0.3764	119	0.3201	2302	X-RAY DIFFRACTION	85
1.8698-1.8965	0.3041	125	0.2906	2465	X-RAY DIFFRACTION	91
1.8965-1.9248	0.269	139	0.266	2543	X-RAY DIFFRACTION	95
1.9248-1.9549	0.2973	173	0.2588	2643	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9549-1.987	0.2978	138	0.2338	2618	X-RAY DIFFRACTION	99
1.987-2.0212	0.285	139	0.224	2738	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0212-2.058	0.248	159	0.2095	2673	X-RAY DIFFRACTION	100
2.058-2.0975	0.2592	140	0.2138	2695	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0975-2.1404	0.2685	173	0.2058	2680	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1404-2.1869	0.2521	133	0.2172	2654	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1869-2.2377	0.2607	122	0.2041	2739	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2377-2.2937	0.242	136	0.204	2731	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2937-2.3557	0.241	140	0.206	2682	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3557-2.425	0.2857	142	0.2141	2704	X-RAY DIFFRACTION	100
2.425-2.5032	0.267	158	0.2147	2688	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5032-2.5927	0.2474	150	0.2038	2709	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5927-2.6964	0.2438	149	0.2018	2728	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6964-2.8191	0.2385	133	0.2039	2701	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8191-2.9677	0.2322	131	0.1962	2721	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9677-3.1535	0.2207	125	0.1873	2736	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1535-3.3967	0.1959	144	0.1871	2714	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3967-3.7382	0.1964	146	0.1751	2696	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7382-4.2782	0.1964	158	0.1652	2725	X-RAY DIFFRACTION	99
4.2782-5.3865	0.1737	172	0.1664	2699	X-RAY DIFFRACTION	99
5.3865-33.7114	0.2084	159	0.2105	2736	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7277	-0.0998	0.6526	2.2957	-0.4202	2.2205	-0.0421	0.06	0.1113	-0.0331	-0.0293	-0.0253	-0.1624	-0.1087	0.0458	0.0925	0.0067	0.0243	0.1244	-0.0216	0.17	18.1654	2.4483	39.4528
2	1.3864	-0.1283	1.1945	1.4449	-0.0732	1.69	0.0188	-0.0985	-0.042	-0.0124	-0.0092	0.0009	0.1953	-0.1822	-0.0263	0.1286	-0.0083	0.0395	0.1818	-0.0164	0.1664	14.7032	-19.7398	40.9047
3	2.9001	-0.9043	0.0204	2.5583	-0.7017	2.3061	-0.0203	-0.1341	0.0809	0.0604	0.2575	0.3208	-0.2458	-0.4338	-0.1665	0.3233	0.018	-0.0044	0.2265	0.0846	0.2047	-12.3147	-16.1686	9.3841
4	1.6379	-0.7457	-0.2801	2.4852	-0.0195	2.3635	0.0165	-0.1421	-0.5717	-0.0938	0.2517	0.5672	0.5248	-0.4632	-0.0744	0.4484	-0.1314	-0.0972	0.2641	0.1375	0.3544	-11.3052	-38.3001	12.7953

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A and (resid 44:252 or resid 474:492)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain A and resid 253:473
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain C and (resid 44:252 or resid 474:492)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain C and resid 253:473

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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