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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4dkn | ||||||
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タイトル | Crystal structure of amphioxus green fluorescent protein, GFPA1 | ||||||
![]() | AMPHIOXUS GREEN FLUORESCENT PROTEIN, GFPA1 | ||||||
![]() | FLUORESCENT PROTEIN / CHROMOPHORE / BETA-CAN / FLUORESCENCE | ||||||
機能・相同性 | Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / bioluminescence / Beta Barrel / Mainly Beta / Uncharacterized protein![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bomati, E.K. / Deheyn, D.D. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Fluorescent proteins in Amphioxus have strickingly different brightness, yet only few (but key) molecular differences 著者: Bomati, E.K. / Haley, J.E. / Noel, J.P. / Deheyn, D.D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 108.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 81.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 438.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 444 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 23.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 34.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24900.047 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: BRAFLDRAFT_63256 / プラスミド: PHIS8 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.14 % |
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結晶化 | pH: 5.5 詳細: 100MM CITRIC ACID, 30% PEG 4000, 3% ISOPROPANOL, PH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月29日 |
放射 | モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL, SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.35→50 Å / Num. obs: 84939 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6.7 % |
反射 シェル | 解像度: 1.35→1.4 Å / 冗長度: 5.2 % / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 83.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 3GJV ![]() 3gjv 解像度: 1.35→32.55 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
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原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.35→32.55 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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