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万見
- PDB-4dkl: Crystal structure of the mu-opioid receptor bound to a morphinan ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4dkl
タイトルCrystal structure of the mu-opioid receptor bound to a morphinan antagonist
要素Mu-type opioid receptor, lysozyme chimera
キーワードSIGNALING PROTEIN/ANTAGONIST / G-protein coupled receptor / 7 transmembrane receptor / SIGNALING PROTEIN-ANTAGONIST complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Opioid Signalling / Peptide ligand-binding receptors / beta-endorphin receptor activity / morphine receptor activity / negative regulation of Wnt protein secretion / G-protein activation / G protein-coupled opioid receptor activity / G protein-coupled opioid receptor signaling pathway / G alpha (i) signalling events / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway ...Opioid Signalling / Peptide ligand-binding receptors / beta-endorphin receptor activity / morphine receptor activity / negative regulation of Wnt protein secretion / G-protein activation / G protein-coupled opioid receptor activity / G protein-coupled opioid receptor signaling pathway / G alpha (i) signalling events / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / negative regulation of nitric oxide biosynthetic process / regulation of NMDA receptor activity / positive regulation of neurogenesis / negative regulation of cytosolic calcium ion concentration / transmission of nerve impulse / G-protein alpha-subunit binding / viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / sensory perception of pain / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / locomotory behavior / G protein-coupled receptor activity / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / GABA-ergic synapse / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / lysozyme activity / presynapse / perikaryon / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / host cell cytoplasm / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / endosome / defense response to bacterium / axon / dendrite / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Mu opioid receptor / Opioid receptor / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Lysozyme - #40 / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / : / Glycoside hydrolase, family 24 / Phage lysozyme ...Mu opioid receptor / Opioid receptor / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Lysozyme - #40 / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / : / Glycoside hydrolase, family 24 / Phage lysozyme / Lysozyme domain superfamily / Lysozyme / G-protein coupled receptors family 1 signature. / Lysozyme-like domain superfamily / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-BF0 / CHOLESTEROL / Chem-MPG / Endolysin / Mu-type opioid receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Manglik, A. / Kruse, A.C. / Kobilka, T.S. / Thian, F.S. / Mathiesen, J.M. / Sunahara, R.K. / Pardo, L. / Weis, W.I. / Kobilka, B.K. / Granier, S.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2012
タイトル: Crystal structure of the {mu}-opioid receptor bound to a morphinan antagonist.
著者: Manglik, A. / Kruse, A.C. / Kobilka, T.S. / Thian, F.S. / Mathiesen, J.M. / Sunahara, R.K. / Pardo, L. / Weis, W.I. / Kobilka, B.K. / Granier, S.
履歴
登録2012年2月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年5月16日Group: Database references
改定 1.22016年6月8日Group: Atomic model
改定 1.32017年7月26日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.42023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年11月27日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mu-type opioid receptor, lysozyme chimera
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,76219
ポリマ－52,7791
非ポリマー2,98318
水66737
1
A: Mu-type opioid receptor, lysozyme chimera
ヘテロ分子

A: Mu-type opioid receptor, lysozyme chimera
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,52338
ポリマ－105,5582
非ポリマー5,96636
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-x-1,y,-z1
Buried area11980 Å2
ΔGint-385 kcal/mol
Surface area42210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.882, 174.730, 68.353
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.84, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Mu-type opioid receptor, lysozyme chimera / Mu-opioid receptor / M-OR-1 / MOR-1 / Endolysin / Lysis protein / Muramidase


分子量: 52778.922 Da / 分子数: 1 / 断片: SEE REMARK 999 / 変異: D1020N, C1054T, C1097A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ), (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
遺伝子: Mor, Oprm, Oprm1, E / プラスミド: pFastBac
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Sf9 / 参照: UniProt: P42866, UniProt: P00720, lysozyme

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非ポリマー , 7種, 55分子

#2: 化合物 ChemComp-BF0 / methyl 4-{[(5beta,6alpha)-17-(cyclopropylmethyl)-3,14-dihydroxy-4,5-epoxymorphinan-6-yl]amino}-4-oxobutanoate / beta-funaltrexamine, bound form


分子量: 456.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H32N2O6
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-CLR / CHOLESTEROL / コレステロ-ル


分子量: 386.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O
#5: 化合物 ChemComp-MPG / [(Z)-octadec-9-enyl] (2R)-2,3-bis(oxidanyl)propanoate


分子量: 356.540 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#6: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細CHAIN A IS AN INTERNAL FUSION OF LYSOZYME (RESIDUES 2-161 OF UNP P00720) BETWEEN RESIDUES 52-263 ...CHAIN A IS AN INTERNAL FUSION OF LYSOZYME (RESIDUES 2-161 OF UNP P00720) BETWEEN RESIDUES 52-263 AND RESIDUES 270-352 OF MU-TYPE OPIOID RECEPTOR (UNP P42866). AN OFFSET OF 1000 HAS BEEN ADDED TO LYSOZYME RESIDUE NUMBERS WITHIN THE COORDINATES TO DISTINGUISH THAT PORTION OF CHAIN A. LYSOZYME RESIDUES ARE THEREFORE NUMBERED 1002-1161.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 25

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.78 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 7
詳細: 100 mM HEPES, pH 7.0, 300 mM lithium sulfate, 7.5% DMSO, 30-38% PEG400 in monoolein:cholesterol mixed in a 10:1 ratio, LIPIDIC CUBIC PHASE, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 78 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月30日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→30.5 Å / Num. obs: 19145 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.144 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.788 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 1907 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.2_869)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3ODU

3odu


解像度: 2.8→30.488 Å / SU ML: 0.86 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 29.73 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2753 946 4.99 %RANDOM
Rwork0.2326 ---
obs0.2347 18974 97.54 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 59.885 Å2 / ksol: 0.319 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-23.1886 Å20 Å29.0174 Å2
2---18.4026 Å20 Å2
3----4.786 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→30.488 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3476 0 177 37 3690
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0053727
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9285083
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.6151338
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057597
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004599
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-2.94750.36211220.32952355X-RAY DIFFRACTION89
2.9475-3.1320.33181390.28972614X-RAY DIFFRACTION99
3.132-3.37360.32321360.26892603X-RAY DIFFRACTION99
3.3736-3.71260.30521360.23282607X-RAY DIFFRACTION99
3.7126-4.24850.23811390.20892605X-RAY DIFFRACTION99
4.2485-5.3480.24451360.21762608X-RAY DIFFRACTION99
5.348-30.48970.26951380.21572636X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.7115-0.3363-0.42633.69220.65343.3722-0.0406-0.02320.0371-0.12030.056-0.3849-0.06520.13810.00030.092-0.01530.01530.23980.01680.2363-18.86890.3792-13.7282
22.7066-2.8011-1.0583.8359-0.21112.0678-0.06660.0159-0.3047-0.2615-0.0279-0.18640.53010.25860.0020.36790.02210.00690.34660.00470.3573-26.0211-11.7763-4.0518
35.15-3.02031.41125.8439-1.64963.78260.794-1.0357-0.461.508-0.1370.05130.71450.5213-0.57141.2177-0.1736-0.07160.7202-0.00910.6193-17.889128.026618.6757
43.85961.7370.46627.75721.06193.98450.3453-0.0306-0.16110.8023-0.52421.5999-0.2786-0.26810.18690.4854-0.08350.01530.3347-0.11410.6684-23.720546.55477.7946
52.8433-0.2032-1.17832.49430.72535.2252-0.41710.3121-0.0144-1.26450.35060.10420.109-0.1192-0.00030.2911-0.0148-0.0760.36950.02520.2611-31.20671.4132-15.7628
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 65:205)A65 - 205
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 206:258)A206 - 258
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 259:263 or resseq 1002:1070)A259 - 263
4X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 259:263 or resseq 1002:1070)A264 - 1070
5X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resseq 1071:1161 or resseq 270:272)A333 - 1161
6X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resseq 1071:1161 or resseq 270:272)A270 - 426
7X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resseq 273:352)A273 - 506

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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