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- PDB-4dk4: Crystal Structure of Trypanosoma brucei dUTPase with dUpNp, Ca2+ ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4dk4
タイトルCrystal Structure of Trypanosoma brucei dUTPase with dUpNp, Ca2+ and Na+
要素Deoxyuridine triphosphatase
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / all alpha NTP pyrophosphohydrolase / all alpha NTP pyrophosphatase / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


dUTP diphosphatase / dUTP diphosphatase activity / nucleoplasm / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
all-alpha NTP pyrophosphatase fold / Type II deoxyuridine triphosphatase / dUTPase/dCTP pyrophosphatase / dUTPase / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
2'-DEOXYURIDINE 5'-ALPHA,BETA-IMIDO-DIPHOSPHATE / Deoxyuridine triphosphatase, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Hemsworth, G.R. / Gonzalez-Pacanowska, D. / Wilson, K.S.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2013
タイトル: On the catalytic mechanism of dimeric dUTPases.
著者: Hemsworth, G.R. / Gonzalez-Pacanowska, D. / Wilson, K.S.
履歴
登録2012年2月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年9月18日Group: Database references
改定 1.22013年11月6日Group: Database references
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Deoxyuridine triphosphatase
B: Deoxyuridine triphosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,38910
ポリマ－64,4092
非ポリマー9818
水2,594144
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4940 Å2
ΔGint-110 kcal/mol
Surface area17820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.840, 83.190, 91.180
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Deoxyuridine triphosphatase / deoxyuridine triphosphate nucleotidohydrolase


分子量: 32204.271 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
株: 427 / 遺伝子: Tb927.7.5160 / プラスミド: pET-YSBLLIC3C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q57ZH3, dUTP diphosphatase
#2: 化合物 ChemComp-DUN / 2'-DEOXYURIDINE 5'-ALPHA,BETA-IMIDO-DIPHOSPHATE / 2,4(1H,3H)-PYRIMIDINEDIONE / 1-[2-DEOXY-5-O-[HYDROXY(PHOSPHONOAMINO)PHOSPHINYL]-BETA-D-ERYTHRO-PENTOFURANOSYL]- / [(2′-デオキシ-5′-ウリジリル)アミノ]ホスホン酸


分子量: 387.177 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H15N3O10P2
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 29 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 25% w/v PEG1500, 0.1 M PCB buffer, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月12日
放射モノクロメーター: channel-cut Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→61.455 Å / Num. all: 36008 / Num. obs: 36008 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 8.3 % / Biso Wilson estimate: 19.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Rsym value: 0.107 / Net I/σ(I): 13.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.9-27.30.5441.43742051500.544100
2-2.127.20.3332.33565049180.333100
2.12-2.277.20.2173.53341246110.217100
2.27-2.457.20.1594.83123843230.159100
2.45-2.697.20.1156.42870139890.115100
2.69-37.20.0858.52579536060.085100
3-3.477.10.0778.42273532230.077100
3.47-4.2513.60.0966.63734027510.096100
4.25-6.0113.40.0946.42911821650.094100
6.01-58.8412.50.053111592312720.05399.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.16データスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
APEXデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1OGK

1ogk


解像度: 1.9→61.455 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 3.183 / SU ML: 0.095 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.145 / ESU R Free: 0.145 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2321 1793 5 %RANDOM
Rwork0.1774 ---
all0.1801 36008 --
obs0.1801 35890 99.82 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 200 Å2 / Biso mean: 22.5685 Å2 / Biso min: 3.86 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.65 Å20 Å20 Å2
2--0.66 Å20 Å2
3----0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→61.455 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3364 0 54 144 3562
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0223493
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022219
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4341.9534769
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.98235421
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.285431
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.59724.74154
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.80615534
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.0521513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2536
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023889
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02704
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it12.6621.52161
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.4131.5878
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it15.02823437
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it31.33431332
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it17.9954.51332
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.319 133 -
Rwork0.236 2450 -
all-2583 -
obs--99.85 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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