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万見
- PDB-4dju: Structure of BACE Bound to 2-imino-3-methyl-5,5-diphenylimidazoli... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4dju
タイトルStructure of BACE Bound to 2-imino-3-methyl-5,5-diphenylimidazolidin-4-one
要素Beta-secretase 1
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / BACE1 / Alzheimers / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


memapsin 2 / Golgi-associated vesicle lumen / signaling receptor ligand precursor processing / beta-aspartyl-peptidase activity / amyloid precursor protein catabolic process / amyloid-beta formation / membrane protein ectodomain proteolysis / cellular response to manganese ion / amyloid-beta metabolic process / prepulse inhibition ...memapsin 2 / Golgi-associated vesicle lumen / signaling receptor ligand precursor processing / beta-aspartyl-peptidase activity / amyloid precursor protein catabolic process / amyloid-beta formation / membrane protein ectodomain proteolysis / cellular response to manganese ion / amyloid-beta metabolic process / prepulse inhibition / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / protein serine/threonine kinase binding / cellular response to copper ion / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / multivesicular body / response to lead ion / trans-Golgi network / protein processing / recycling endosome / cellular response to amyloid-beta / positive regulation of neuron apoptotic process / synaptic vesicle / late endosome / peptidase activity / amyloid-beta binding / endopeptidase activity / amyloid fibril formation / aspartic-type endopeptidase activity / lysosome / early endosome / endosome membrane / endosome / membrane raft / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / axon / neuronal cell body / dendrite / Golgi apparatus / enzyme binding / cell surface / proteolysis / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Beta-secretase BACE1 / Beta-secretase BACE / Memapsin-like / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site ...Beta-secretase BACE1 / Beta-secretase BACE / Memapsin-like / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0KK / L(+)-TARTARIC ACID / Beta-secretase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Strickland, C. / Cumming, J.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2012
タイトル: Structure based design of iminohydantoin BACE1 inhibitors: Identification of an orally available, centrally active BACE1 inhibitor.
著者: Cumming, J.N. / Smith, E.M. / Wang, L. / Misiaszek, J. / Durkin, J. / Pan, J. / Iserloh, U. / Wu, Y. / Zhu, Z. / Strickland, C. / Voigt, J. / Chen, X. / Kennedy, M.E. / Kuvelkar, R. / Hyde, L. ...著者: Cumming, J.N. / Smith, E.M. / Wang, L. / Misiaszek, J. / Durkin, J. / Pan, J. / Iserloh, U. / Wu, Y. / Zhu, Z. / Strickland, C. / Voigt, J. / Chen, X. / Kennedy, M.E. / Kuvelkar, R. / Hyde, L.A. / Cox, K. / Favreau, L. / Czarniecki, M.F. / Greenlee, W.J. / McKittrick, B.A. / Parker, E.M. / Stamford, A.W.
履歴
登録2012年2月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年4月4日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-secretase 1
B: Beta-secretase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,3316
ポリマ－92,5002
非ポリマー8314
水16,141896
1
A: Beta-secretase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,6653
ポリマ－46,2501
非ポリマー4152
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Beta-secretase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,6653
ポリマ－46,2501
非ポリマー4152
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.291, 89.139, 131.213
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Beta-secretase 1 / Aspartyl protease 2 / ASP2 / Asp 2 / Beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 / Beta- ...Aspartyl protease 2 / ASP2 / Asp 2 / Beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 / Beta-site APP cleaving enzyme 1 / Memapsin-2 / Membrane-associated aspartic protease 2


分子量: 46249.926 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP Residues 41-454 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BACE, BACE1, KIAA1149 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P56817, memapsin 2
#2: 化合物 ChemComp-0KK / (2E)-2-imino-3-methyl-5,5-diphenylimidazolidin-4-one / 2-イミノ-3-メチル-5,5-ジフェニルイミダゾリジン-4-オン


分子量: 265.310 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H15N3O
#3: 化合物 ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 896 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.91 %
結晶化温度: 277 K / 手法: ハンギングドロップ法 / 詳細: Hanging Drop, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→20 Å / Num. obs: 94197 / % possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Χ2: 1.071 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.8-1.830.49746291.0551100
1.83-1.860.43946241.0711100
1.86-1.90.3947031.1051100
1.9-1.940.31246621.1411100
1.94-1.980.24846561.1051100
1.98-2.030.21446651.0781100
2.03-2.080.18746541.1521100
2.08-2.130.16646651.0951100
2.13-2.20.1546681.0991100
2.2-2.270.13646921.1251100
2.27-2.350.12947021.0821100
2.35-2.440.11946851.0741100
2.44-2.550.1146831.0591100
2.55-2.690.09647231.0411100
2.69-2.860.08747131.0091100
2.86-3.070.07747421.071100
3.07-3.380.06747221.003199.9
3.38-3.870.05848011.0431100
3.87-4.860.05448061.026199.9
4.86-200.05250020.998199.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
BUSTER-TNT精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
CrystalClearデータ収集
DENZOデータ削減
CNS位相決定
BUSTER2.11.2精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→19.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9556 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9462 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU R Cruickshank DPI: 0.109 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2071 4726 5.02 %RANDOM
Rwork0.1855 ---
obs0.1866 94127 99.95 %-
原子変位パラメータBiso max: 93.45 Å2 / Biso mean: 22.8194 Å2 / Biso min: 8.71 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.8987 Å20 Å20 Å2
2---3.8055 Å20 Å2
3---0.9068 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.201 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→19.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6112 0 60 896 7068
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2117SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes148HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes965HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6336HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion808SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact8118SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d6336HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg8623HARMONIC21.01
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion13.99
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2636 362 5.29 %
Rwork0.215 6486 -
all0.2176 6848 -
obs--99.95 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.44440.20990.39460.22940.29490.4165-0.00060.00060.0062-0.0104-0.02420.0267-0.0203-0.03050.0248-0.0175-0.0004-0.007-0.0046-0.0148-0.013627.97935.50527.8256
20.50890.1517-0.43860.1626-0.23530.3852-0.00130.0002-0.0008-0.0048-0.0116-0.00910.00540.02080.0129-0.0163-0.0020.00550.00390.0063-0.021215.102739.516862.3489
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A58 - 447
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B58 - 446

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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