PDB-4djq: Crystal Structure of wild-type HIV-1 Protease in Complex with MKP86

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4djq

タイトル

Crystal Structure of wild-type HIV-1 Protease in Complex with MKP86

要素

Pol polyprotein

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE inhibitor / HIV-1 protease / drug resistance / drug design / Protease inhibitors / AIDS / Aspartyl protease / HYDROLASE-HYDROLASE inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

viral genome integration into host DNA / establishment of integrated proviral latency / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / endonuclease activity / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Schiffer, C.A. / Nalam, M.N.L.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2012
タイトル: Design, synthesis, and biological and structural evaluations of novel HIV-1 protease inhibitors to combat drug resistance.
著者: Parai, M.K. / Huggins, D.J. / Cao, H. / Nalam, M.N. / Ali, A. / Schiffer, C.A. / Tidor, B. / Rana, T.M.

履歴

登録	2012年2月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年8月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年1月2日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4djq.cif.gz	101.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4djq.ent.gz	79.3 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4djq_validation.pdf.gz	737.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4djq_full_validation.pdf.gz	740.1 KB	表示
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CIF形式データ	4djq_validation.cif.gz	17.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dj/4djq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dj/4djq	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4djoC 4djpC 4djrC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2psv-d 2qi3-d 6dh7-d 2qi6-d 4q1y-d 2nxl-d 6oxt-d 2fgu-d 1t3r-d 4dqb-d 4eq0-d 6pjb-d 3oy4-d 4eqj-d 4hvp-d 2qi1-d 6opu-d 3i7e-d 6pjd-d 3o9i-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#6 - 2000年6月 HIV-1タンパク質分解酵素 (HIV-1 Protease) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Pol polyprotein

B: Pol polyprotein

ヘテロ分子

22.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.711, 57.930, 61.815
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Pol polyprotein / HIV-1 Protease 分子量: 10815.790 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 1-99 / 変異: Q7K / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 株: SF2 / 遺伝子: gag-pol, pol / プラスミド: pXC35 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TAP56 / 参照: UniProt: Q90K99
#2: 化合物	ChemComp-M86 / 2-(2-oxoimidazolidin-1-yl)ethyl [(2S,3R)-3-hydroxy-4-{[(4-methoxyphenyl)sulfonyl][(2S)-2-methylbutyl]amino}-1-phenylbutan-2-yl]carbamate 分子量: 576.705 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₈H₄₀N₄O₇S
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 196 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.39 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 126mM Phosphate buffer, 63mM Sodium Citrate, 24-29% Ammonium Sulfate, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月15日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.4→50 Å / Num. obs: 36239 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.7 % / R_merge(I) obs: 0.054 / Χ²: 1.086 / Net I/σ(I): 14.4

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.4-1.45	6.9	0.352	3631	1.271	1	99.8
1.45-1.51	6.9	0.272	3563	1.228	1	99.9
1.51-1.58	6.9	0.193	3600	1.206	1	99.9
1.58-1.66	6.9	0.155	3615	1.213	1	99.9
1.66-1.76	6.9	0.117	3628	1.156	1	99.9
1.76-1.9	6.8	0.085	3609	1.035	1	99.9
1.9-2.09	6.7	0.066	3635	1.004	1	99.9
2.09-2.39	6.6	0.062	3684	0.963	1	99.9
2.39-3.02	6.6	0.048	3693	0.888	1	99.9
3.02-50	6.2	0.033	3581	0.85	1	91.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.4→39.21 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.948 / WR_factor R_free: 0.2234 / WR_factor R_work: 0.1964 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8744 / SU B: 2.276 / SU ML: 0.043 / SU R Cruickshank DPI: 0.0662 / SU R_free: 0.0671 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.066 / ESU R Free: 0.067 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2044	1809	5 %	RANDOM
R_work	0.1791	-	-	-
obs	0.1804	36051	98.69 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 66.84 Å² / B_iso mean: 20.1153 Å² / B_iso min: 8.14 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.39 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.17 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.56 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→39.21 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1498	0	50	196	1744

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	1639
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1103
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.368	2.017	2241
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.791	3	2726
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.164	5	210
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.969	25	56
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.798	15	278
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.672	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	264
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	1799
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	295
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.546	1.5	1020
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.144	1.5	426
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.956	2	1667
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.534	3	619
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.468	4.5	574

LS精密化シェル

解像度: 1.4→1.437 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.256	131	-
R_work	0.22	2504	-
all	-	2635	-
obs	-	-	98.99 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6417	0.2444	-0.056	1.6891	-0.5477	2.2267	-0.0864	0.2611	0.0018	-0.2512	0.0675	-0.0194	0.1461	-0.0257	0.019	0.109	-0.0318	-0.0093	0.0907	-0.0005	0.0027	-4.3187	3.1806	-29.5924
2	1.5326	1.3397	-0.3181	2.5947	-0.4367	2.2952	-0.0324	0.0768	0.2096	-0.1267	0.0918	0.2442	-0.1353	-0.0393	-0.0594	0.068	0.0014	-0.0182	0.0615	0.0114	0.0669	-5.7881	11.6384	-22.9265
3	3.3651	-0.9389	-0.1043	3.3699	-1.2944	0.7314	-0.0218	-0.0434	0.0114	-0.0358	-0.074	-0.1341	0.056	0.0508	0.0958	0.0637	-0.0063	0.0059	0.0699	0.0092	0.0397	1.0442	1.7547	-18.213
4	2.2786	0.5717	-1.1225	2.2226	-0.8574	1.2938	-0.0277	-0.012	0.1251	-0.0179	0.1333	0.2381	0.0644	0.0044	-0.1056	0.0648	-0.0129	-0.0095	0.0646	0.0128	0.0791	-11.5678	1.2791	-19.2653
5	4.0376	1.1687	3.1852	7.3454	0.3824	2.6013	0.2439	0.1426	0.1473	-0.6306	-0.4794	-1.4963	0.3757	0.1078	0.2355	0.2685	0.0016	0.282	0.0987	0.0842	0.4222	14.1061	-2.1098	-23.2521
6	7.4503	3.1768	1.344	3.4842	-0.9771	4.2924	0.2059	-0.1556	0.4429	0.2763	0.0559	0.457	0.0452	-0.4599	-0.2618	0.0366	0.0048	0.0263	0.0837	0.0157	0.2237	-23.9742	7.244	-17.7663
7	3.7035	-0.0887	-0.8709	1.646	2.1856	3.7966	0.001	-0.1893	-0.227	0.0788	0.0922	-0.2035	0.2118	0.4154	-0.0931	0.0789	0.0203	-0.0183	0.1453	0.0681	0.1066	14.0964	-2.3998	-10.0515
8	7.2434	1.2296	1.2765	6.8851	3.6674	4.0394	0.1158	-0.3288	0.0811	0.074	-0.0865	0.2863	-0.1324	-0.5027	-0.0293	0.0708	0.0063	-0.0063	0.1557	0.071	0.0572	-24.9708	-5.2997	-13.0717
9	7.4359	1.2307	1.7164	1.9892	0.5051	2.8649	-0.0409	-0.1713	0.2409	0.0845	-0.0419	0.0536	-0.0444	0.0548	0.0828	0.0962	-0.0166	0.0012	0.0835	-0.0001	0.0445	2.08	-1.5472	-4.1344
10	6.0826	2.878	0.7728	2.7525	-1.0049	1.4591	0.0782	-0.1181	0.1739	0.0329	-0.0343	0.1693	0.0288	-0.0165	-0.0439	0.092	0.0027	0.0008	0.0778	0.0031	0.0766	-12.9504	-10.5147	-11.3816
11	0.7467	-1.3163	0.9969	2.655	-0.9795	3.4081	0.024	0.0179	-0.084	-0.0119	-0.0722	0.18	0.2305	0.0456	0.0481	0.0828	0.0047	0.0227	0.077	0.0262	0.077	3.5429	-4.6085	-14.1503
12	4.7341	4.0072	-4.0542	4.4585	-2.9211	3.8787	0.3573	-0.2457	0.208	0.3129	-0.1539	0.2718	-0.4311	0.1962	-0.2034	0.1339	-0.0061	0.0496	0.0843	0.0159	0.0965	-14.8437	-0.2002	-11.9163
13	1.0144	0.784	0.5648	2.7598	-0.3732	1.694	-0.0146	-0.003	0.0285	0.0072	-0.0431	-0.1404	-0.058	0.0898	0.0577	0.0595	-0.0092	0.0003	0.0673	0.0021	0.0629	3.4015	10.0074	-19.3409
14	7.6117	4.26	0.5546	2.3973	0.3018	0.0481	-0.4631	0.6744	0.2199	-0.3046	0.4334	0.1533	-0.0074	0.0389	0.0297	0.1423	-0.067	-0.0659	0.1421	0.0765	0.086	-13.4415	-0.1315	-27.1735
15	1.1036	2.8043	-2.3652	7.1682	-5.526	13.7141	0.1231	-0.1093	-0.001	0.2969	-0.2705	-0.0492	-0.2654	0.2952	0.1474	0.052	-0.0497	-0.0699	0.1517	0.0645	0.2083	13.4137	6.3323	-10.2683
16	7.2172	-6.0153	5.2182	9.9453	-4.5245	9.3434	0.2059	0.1746	-0.2885	-0.3967	-0.0046	0.3145	0.3291	0.017	-0.2013	0.0538	-0.0498	-0.0403	0.0764	0.0562	0.1717	-23.7565	-7.8001	-21.3352
17	6.1709	1.4881	3.4248	6.9192	-0.112	11.7597	-0.093	0.1519	-0.433	-0.4741	-0.087	-0.4809	0.0724	0.3027	0.18	0.0604	0.033	0.0761	0.0637	0.0482	0.1537	12.4365	5.0828	-23.9834
18	11.1542	8.3743	-2.8293	14.5758	1.4101	2.6252	0.0372	-0.2878	0.3899	-0.0941	-0.1716	0.412	-0.3292	0.1386	0.1344	0.1903	-0.0562	-0.1325	0.1009	0.0708	0.1475	-22.3764	5.7694	-24.7208
19	1.6735	0.9378	-1.0253	3.1118	-1.5175	4.0303	-0.0079	-0.0416	-0.0047	-0.1324	-0.173	-0.3707	-0.065	0.2107	0.1809	0.0563	-0.0058	-0.0199	0.0651	0.0356	0.1081	10.8988	7.7399	-19.4361
20	0.9889	-0.1124	1.6537	2.3889	-1.0817	3.1054	-0.1102	0.0805	0.0361	-0.0149	0.1531	0.3309	-0.1934	0.0835	-0.0429	0.069	-0.0489	-0.0431	0.0818	0.0603	0.121	-21.2346	0.4784	-25.605

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 5
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	94 - 99
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	6 - 10
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 5
5	X-RAY DIFFRACTION	2	B	94 - 99
6	X-RAY DIFFRACTION	2	B	6 - 10
7	X-RAY DIFFRACTION	3	A	21 - 32
8	X-RAY DIFFRACTION	4	B	21 - 32
9	X-RAY DIFFRACTION	5	A	11 - 20
10	X-RAY DIFFRACTION	6	B	11 - 20
11	X-RAY DIFFRACTION	7	A	33 - 43
12	X-RAY DIFFRACTION	8	B	33 - 43
13	X-RAY DIFFRACTION	9	A	44 - 57
14	X-RAY DIFFRACTION	10	B	44 - 57
15	X-RAY DIFFRACTION	11	A	77 - 85
16	X-RAY DIFFRACTION	12	B	77 - 85
17	X-RAY DIFFRACTION	13	A	86 - 93
18	X-RAY DIFFRACTION	14	B	86 - 93
19	X-RAY DIFFRACTION	15	A	58 - 62
20	X-RAY DIFFRACTION	16	B	58 - 62
21	X-RAY DIFFRACTION	17	A	63 - 68
22	X-RAY DIFFRACTION	18	B	63 - 68
23	X-RAY DIFFRACTION	19	A	69 - 76
24	X-RAY DIFFRACTION	20	B	69 - 76

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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