PDB-4djd: Crystal structure of folate-free corrinoid iron-sulfur protein (C...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4djd

タイトル

Crystal structure of folate-free corrinoid iron-sulfur protein (CFeSP) in complex with its methyltransferase (MeTr)

要素

(Corrinoid/iron-sulfur protein ...) x 2
5-methyltetrahydrofolate corrinoid/iron sulfur protein methyltransferase

キーワード

TRANSFERASE/VITAMIN-BINDING PROTEIN / TIM barrel / Rossmann fold / B12-dependent methyltransferase / TRANSFERASE-VITAMIN-BINDING PROTEIN complex

機能・相同性

機能・相同性情報

5-methyltetrahydrofolate-corrinoid/iron-sulfur protein Co-methyltransferase / methyltetrahydrofolate:corrinoid/iron-sulfur protein methyltransferase activity / pteridine-containing compound metabolic process / acetyl-CoA catabolic process / methionine synthase activity / carbon fixation / cobalamin binding / methyltransferase activity / one-carbon metabolic process / 4 iron, 4 sulfur cluster binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Moorella thermoacetica (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.38 Å

データ登録者

Kung, Y. / Doukov, T.I. / Blasiak, L.C. / Drennan, C.L.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2012
タイトル: Visualizing molecular juggling within a B12-dependent methyltransferase complex.
著者: Kung, Y. / Ando, N. / Doukov, T.I. / Blasiak, L.C. / Bender, G. / Seravalli, J. / Ragsdale, S.W. / Drennan, C.L.

履歴

登録	2012年2月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年3月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年3月28日	Group: Database references
改定 1.2	2012年4月25日	Group: Database references
改定 1.3	2012年10月24日	Group: Non-polymer description
改定 1.4	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4djd.cif.gz	782.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4djd.ent.gz	647.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4djd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4djd_validation.pdf.gz	1008.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4djd_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	4djd_validation.xml.gz	78.4 KB	表示
CIF形式データ	4djd_validation.cif.gz	106.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dj/4djd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dj/4djd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4djeC 4djfC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4djf-d 4dje-d 4f93-d 5urk-d 5urj-d 6zl1-d 6s8o-d 3hm2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 5-methyltetrahydrofolate corrinoid/iron sulfur protein methyltransferase

B: 5-methyltetrahydrofolate corrinoid/iron sulfur protein methyltransferase

C: Corrinoid/iron-sulfur protein large subunit

D: Corrinoid/iron-sulfur protein small subunit

E: Corrinoid/iron-sulfur protein large subunit

F: Corrinoid/iron-sulfur protein small subunit

ヘテロ分子

228 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	125.614, 242.843, 79.665
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	5-methyltetrahydrofolate corrinoid/iron sulfur protein methyltransferase 分子量: 28638.119 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Moorella thermoacetica (バクテリア) 遺伝子: acsE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q46389

-
Corrinoid/iron-sulfur protein ... , 2種, 4分子 CEDF

#2: タンパク質	Corrinoid/iron-sulfur protein large subunit / C/Fe-SP 分子量: 48207.004 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Moorella thermoacetica (バクテリア) / 参照: UniProt: Q07340
#3: タンパク質	Corrinoid/iron-sulfur protein small subunit / C/Fe-SP 分子量: 35107.160 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Moorella thermoacetica (バクテリア) / 参照: UniProt: Q07341

-
非ポリマー , 5種, 417分子

#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物	ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER 分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₄S₄
#6: 化合物	ChemComp-B12 / COBALAMIN 分子量: 1330.356 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆₂H₈₉CoN₁₃O₁₄P
#7: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 401 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.71 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.67 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 100 mM Bis-Tris, 100 mM calcium acetate, 9% PEG 5000 MME, 20% glycerol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月15日
放射	モノクロメーター: Si(III) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.38→50 Å / Num. all: 97575 / Num. obs: 97575 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射シェル	解像度: 2.38→2.47 Å / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.2_869)	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.38→39.833 Å / SU ML: 0.58 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.2 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2287	4866	4.99 %	Random
R_work	0.1869	-	-	-
obs	0.1891	97485	98.96 %	-
all	-	97485	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 65.381 Å² / k_sol: 0.367 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.9958 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-14.294 Å²	0 Å²
3-	-	-	10.7664 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.38→39.833 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15162	0	260	401	15823

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	15709
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.273	21471
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.541	5685
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.237	2517
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	2795

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.38-2.4071	0.2882	137	0.2342	2397	X-RAY DIFFRACTION	77
2.4071-2.4354	0.2968	149	0.2432	3097	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4354-2.4651	0.2979	143	0.2322	3070	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4651-2.4963	0.2676	158	0.224	3067	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4963-2.5291	0.2879	177	0.2118	3092	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5291-2.5638	0.3032	136	0.2149	3128	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5638-2.6004	0.2649	163	0.194	3029	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6004-2.6392	0.2648	149	0.1907	3119	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6392-2.6804	0.2404	152	0.1833	3080	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6804-2.7243	0.2401	172	0.1774	3086	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7243-2.7713	0.2091	157	0.181	3090	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7713-2.8217	0.2529	157	0.1851	3124	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8217-2.876	0.2535	164	0.1841	3080	X-RAY DIFFRACTION	100
2.876-2.9346	0.2215	147	0.1826	3123	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9346-2.9984	0.2342	174	0.1865	3059	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9984-3.0682	0.2414	168	0.1876	3118	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0682-3.1448	0.2466	170	0.1854	3051	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1448-3.2298	0.2389	170	0.179	3114	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2298-3.3248	0.2348	174	0.1779	3094	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3248-3.4321	0.2378	158	0.1829	3090	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4321-3.5547	0.2099	167	0.1775	3119	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5547-3.6969	0.2083	167	0.1756	3093	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6969-3.865	0.2033	158	0.1733	3103	X-RAY DIFFRACTION	100
3.865-4.0686	0.2196	171	0.1708	3114	X-RAY DIFFRACTION	99
4.0686-4.3233	0.1851	187	0.1612	3113	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3233-4.6566	0.2161	150	0.1624	3173	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6566-5.1243	0.1977	165	0.1784	3130	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1243-5.8638	0.254	162	0.2215	3175	X-RAY DIFFRACTION	100
5.8638-7.3801	0.2842	158	0.2237	3222	X-RAY DIFFRACTION	99
7.3801-39.8381	0.2126	206	0.1924	3269	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5912	0.4948	-0.3882	2.5231	0.5435	0.7959	0.023	-0.0545	-0.0418	-0.0574	-0.0733	0.2439	-0.048	0.0166	-0.0076	0.2865	-0.0196	-0.0371	0.278	-0.0245	0.3265	24.2901	59.1504	10.4243
2	0.2086	-0.0033	0.1368	0.0096	0.0283	0.1894	0.1538	-0.1376	-0.076	0.1282	0.0339	0.1311	-0.0301	-0.1156	0.2262	0.7784	-0.1653	0.5485	0.4987	-0.0197	1.0434	3.1818	59.0579	37.7256
3	1.2523	0.4658	-0.7834	1.1108	-0.2751	0.8433	0.0794	0.0412	0.2109	0.1123	0.0438	0.2913	-0.0849	-0.0788	0.0171	0.1839	0.0133	0.0276	0.2357	0.0329	0.2405	26.0248	97.8911	29.3721
4	0.07	0.0092	-0.0203	0.0006	-0.0214	0.0686	0.3223	0.4884	0.3201	-0.1593	-0.3266	0.0497	-0.3292	0.17	0.0013	1.2812	0.2142	-0.213	0.878	0.2942	0.7958	16.1198	103.5713	-2.9809
5	0.0139	-0	-0.0207	0.009	0.0155	0.0515	-0.229	0.1436	0.0111	0.2355	-0.2768	-0.0964	-0.1777	0.1611	-0.0003	0.7441	-0.0672	0.1892	0.7229	-0.1736	1.429	-7.8562	66.4661	17.4983
6	1.1205	-0.0491	-0.6542	0.8121	0.1378	0.5752	0.0026	-0.1225	0.0159	0.0628	0.0579	-0.1597	-0.0136	0.0355	0	0.2201	0.0258	-0.054	0.2202	-0.0207	0.1671	3.2902	23.6206	8.1402
7	0.054	-0.0107	-0.0227	0.0442	0.0014	0.1027	0.1589	0.0012	0.0103	-0.0806	-0.1514	0.3194	0.1961	0.3359	-0	1.016	0.1202	-0.3347	0.9651	0.0449	1.4863	29.6175	17.2775	28.0174

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 1:301 ) OR ( CHAIN B AND RESID 1:301 )	A	1 - 301
2	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 1:301 ) OR ( CHAIN B AND RESID 1:301 )	B	1 - 301
3	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN C AND RESID 2:58 )	C	2 - 58
4	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN C AND RESID 59:315 ) OR ( CHAIN D AND RESID 1:323 )	C	59 - 315
5	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN C AND RESID 59:315 ) OR ( CHAIN D AND RESID 1:323 )	D	1 - 323
6	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN C AND RESID 316:442 )	C	316 - 442
7	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN E AND RESID 2:58 )	E	2 - 58
8	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN E AND RESID 59:315 ) OR ( CHAIN F AND RESID 1:323 )	E	59 - 315
9	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN E AND RESID 59:315 ) OR ( CHAIN F AND RESID 1:323 )	F	1 - 323
10	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN E AND RESID 316:442 )	E	316 - 442

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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