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- PDB-4dj6: Structure of the hemagglutinin from a highly pathogenic H7N7 infl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4dj6
タイトルStructure of the hemagglutinin from a highly pathogenic H7N7 influenza virus
要素(Hemagglutinin) x 2
キーワードVIRAL PROTEIN / receptor binding / glycoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B ...Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Ribbon / Alpha-Beta Complex / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.61 Å
データ登録者Yang, H. / Carney, P.J. / Donis, R.O. / Stevens, J.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2012
タイトル: Structure and receptor complexes of the hemagglutinin from a highly pathogenic H7N7 influenza virus.
著者: Yang, H. / Carney, P.J. / Donis, R.O. / Stevens, J.
履歴
登録2012年2月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年6月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月2日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _database_PDB_caveat.text / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年11月6日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
C: Hemagglutinin
D: Hemagglutinin
E: Hemagglutinin
F: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)171,79018
ポリマ－168,9326
非ポリマー2,85812
水3,873215
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area35150 Å2
ΔGint-119 kcal/mol
Surface area59250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)201.949, 116.573, 117.320
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 124.92, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Hemagglutinin


分子量: 35878.391 Da / 分子数: 3 / 断片: unp residues 26-348 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A/Netherlands/219/2003(H7N7)) (A型インフルエンザウイルス)
発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q6VMK1
#2: タンパク質 Hemagglutinin


分子量: 20432.391 Da / 分子数: 3 / 断片: unp residues 349-522 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A/Netherlands/219/2003(H7N7)) (A型インフルエンザウイルス)
発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q6VMK1
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 215 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.3 %
結晶化温度: 298 K / 手法: microbatch under oil / pH: 8
詳細: 20 % PEG 8000 and 1 M lithium chloride, microbatch under oil, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年7月30日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. all: 126587 / Num. obs: 12472 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 13.6 / Observed criterion σ(I): 2.6 / 冗長度: 3.2 % / Rsym value: 0.141
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 2.8 % / Rsym value: 0.498 / % possible all: 98.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.61→49.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 21.848 / SU ML: 0.208 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.453 / ESU R Free: 0.269 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23571 3421 5.1 %RANDOM
Rwork0.20347 ---
obs0.20516 12472 98.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 66.561 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.87 Å20 Å2-2.54 Å2
2--2.01 Å2-0 Å2
3----4.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.61→49.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11407 0 182 215 11804
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.02111816
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0831.95315983
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.45251453
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.93124.636591
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.474151985
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.6641582
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.21743
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0219085
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.94337195
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.948511560
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.03784621
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.956114423
LS精密化 シェル解像度: 2.606→2.674 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.363 220 -
Rwork0.316 4278 -
obs--89.25 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.69390.02650.56890.81960.44093.10580.0448-0.0696-0.1083-0.0564-0.0523-0.11150.17710.00110.00750.04220.0184-0.01510.03250.03350.12845.25063.0836-9.8987
20.227-0.20020.30220.4576-0.81046.6478-0.1036-0.20730.09930.22510.0086-0.2266-0.00140.31970.0950.26830.0457-0.16340.4218-0.00950.138444.059310.803440.489
30.8055-0.1072-0.02560.7443-0.60863.02590.020.0508-0.05680.0588-0.05530.1426-0.0731-0.12150.03520.0087-0.00120.02160.0588-0.00840.121215.337214.6891-9.7131
40.6366-0.0468-1.00780.07760.10917.2995-0.0698-0.2509-0.29640.1363-0.08710.03590.219-0.1810.15680.3361-0.09510.090.34090.15170.171922.725512.105441.0119
50.8880.072-0.68560.71710.34183.162-0.0974-0.01280.1384-0.00830.0492-0.0247-0.10040.13860.04820.0405-0.0201-0.03110.0275-0.01990.118340.290134.868-9.7501
60.25310.20750.51530.41170.77926.9305-0.0622-0.19270.16270.2168-0.12790.2217-0.2167-0.11650.19010.38560.0170.08870.3002-0.14320.153234.546829.97940.4076
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 317
2X-RAY DIFFRACTION1A401 - 404
3X-RAY DIFFRACTION1A501 - 559
4X-RAY DIFFRACTION2B1 - 170
5X-RAY DIFFRACTION2B201
6X-RAY DIFFRACTION2B301 - 312
7X-RAY DIFFRACTION3C1 - 317
8X-RAY DIFFRACTION3C401 - 403
9X-RAY DIFFRACTION3C501 - 559
10X-RAY DIFFRACTION4D1 - 171
11X-RAY DIFFRACTION4D201
12X-RAY DIFFRACTION4D301 - 313
13X-RAY DIFFRACTION5E0 - 317
14X-RAY DIFFRACTION5E401 - 403
15X-RAY DIFFRACTION5E501 - 554
16X-RAY DIFFRACTION6F1 - 169
17X-RAY DIFFRACTION6F201
18X-RAY DIFFRACTION6F301 - 318

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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