PDB-4dj2: Unwinding the Differences of the Mammalian PERIOD Clock Proteins ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4dj2

タイトル

Unwinding the Differences of the Mammalian PERIOD Clock Proteins from Crystal Structure to Cellular Function

要素

Period circadian protein homolog 1

キーワード

PROTEIN BINDING / PAS domains / circadian clock protein

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of hair cycle / negative regulation of nuclear receptor-mediated glucocorticoid signaling pathway / regulation of p38MAPK cascade / neural retina development / negative regulation of JNK cascade / post-transcriptional regulation of gene expression / entrainment of circadian clock by photoperiod / regulation of cytokine production involved in inflammatory response / E-box binding / regulation of sodium ion transport ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.75 Å

データ登録者

Kucera, N. / Schmalen, I. / Hennig, S. / Oellinger, R. / Strauss, H.M. / Grudziecki, A. / Wieczorek, C. / Kramer, A. / Wolf, E.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Unwinding the differences of the mammalian PERIOD clock proteins from crystal structure to cellular function.
著者: Kucera, N. / Schmalen, I. / Hennig, S. / Ollinger, R. / Strauss, H.M. / Grudziecki, A. / Wieczorek, C. / Kramer, A. / Wolf, E.

履歴

登録	2012年2月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年2月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年3月14日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4dj2.cif.gz	403.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4dj2.ent.gz	331.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4dj2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dj/4dj2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dj/4dj2	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4dj3C 1wa9 3gdi C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1wac-1 1wac-2 4eze-d 4dj3-d 1khw-1 2jl9-1 1wac-3 1hhs-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (1) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (2) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Period circadian protein homolog 1

B: Period circadian protein homolog 1

C: Period circadian protein homolog 1

D: Period circadian protein homolog 1

143 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Period circadian protein homolog 1

C: Period circadian protein homolog 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
71.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Period circadian protein homolog 1

D: Period circadian protein homolog 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
71.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	100.340, 56.870, 100.950
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.07, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Period circadian protein homolog 1 / mPER1 / Circadian clock protein PERIOD 1 / Circadian pacemaker protein Rigui 分子量: 35751.797 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Per1, Per, Rigui / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O35973
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 77 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.93 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 100 mM Tris, 0.15 M NH4OAc, 16% PEG 3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9807 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年7月16日
放射	モノクロメーター: Silicium 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9807 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.75→50 Å / Num. all: 30071 / Num. obs: 29780 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射シェル	解像度: 2.75→2.8 Å / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
go.com		データ収集
MOLREP		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.6.1_357)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.75→49.549 Å / SU ML: 0.48 / σ(F): 2.01 / 位相誤差: 31.19 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2823	1996	6.71 %	RANDOM
R_work	0.2085	-	-	-
all	0.2254	30071	-	-
obs	0.2138	29744	98.93 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 73.33 Å² / k_sol: 0.332 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-7.8954 Å²	0 Å²	-0.4322 Å²
2-	-	-1.9024 Å²	-0 Å²
3-	-	-	9.7978 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.75→49.549 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8093	0	0	77	8170

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	8306
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.291	11338
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.415	2933
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.079	1300
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1467

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.75-2.8188	0.4205	144	0.3061	1989	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8188-2.895	0.3288	138	0.2819	1994	X-RAY DIFFRACTION	100
2.895-2.9802	0.3575	143	0.2428	1953	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9802-3.0763	0.3321	143	0.2485	1956	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0763-3.1863	0.3559	138	0.2311	2000	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1863-3.3138	0.3532	145	0.2328	2005	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3138-3.4646	0.3077	133	0.2091	1953	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4646-3.6472	0.3053	142	0.2013	1973	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6472-3.8756	0.2801	145	0.1883	2009	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8756-4.1747	0.2257	140	0.1691	1942	X-RAY DIFFRACTION	99
4.1747-4.5946	0.266	150	0.1564	1999	X-RAY DIFFRACTION	99
4.5946-5.2588	0.2748	145	0.1761	1992	X-RAY DIFFRACTION	98
5.2588-6.623	0.24	144	0.2059	1966	X-RAY DIFFRACTION	98
6.623-49.5565	0.2293	146	0.2192	2017	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9548	-0.7883	-0.5332	3.3899	0.4361	1.8737	-0.1308	0.1954	-0.2171	0.0584	-0.0365	0.5851	0.4557	0.2325	0.0004	0.2885	-0.0062	-0.0118	0.3542	-0.0799	0.5064	75.3818	-13.7086	28.9073
2	3.0037	0.097	0.9105	1.1574	-0.1008	2.0553	-0.074	0.1019	0.3632	0.0456	-0.0935	0.0987	-0.2822	-0.2154	0.0001	0.3044	0.0429	-0.0015	0.2724	-0.0822	0.2911	60.183	13.6116	38.538
3	1.3509	2.1032	0.5302	4.0859	0.8603	2.3348	-0.2181	-0.1252	0.2617	-0.1025	0.2205	0.6341	0.0931	-0.003	0.0004	0.2432	0.0102	0.0139	0.2957	-0.0898	0.4261	25.2275	13.7104	21.17
4	2.85	-0.2882	-1.5977	1.2818	-0.3582	1.8337	-0.1354	0.1674	-0.5833	-0.1117	-0.0237	-0.2218	0.2345	-0.1226	-0.0001	0.2531	-0.0482	-0.0131	0.2767	-0.094	0.2193	10.0758	-13.9382	11.9389
5	2.9208	1.0905	0.2625	2.9219	1.5683	1.6019	0.9661	-0.517	-0.6847	0.3213	-0.4924	-1.148	0.1311	-0.0268	0.1906	0.4317	-0.2758	-0.3061	0.5086	0.351	0.5055	47.1832	-13.1986	22.3411
6	2.1943	1.5953	0.5752	3.0436	0.5588	0.3374	-0.3433	0.5077	-0.2685	-0.7007	0.403	0.3203	0.2972	-0.0671	-0.0015	0.3183	-0.1476	-0.0295	0.2885	0.0456	0.1386	62.6286	11.1387	9.839
7	1.3251	-1.5224	-0.3243	4.099	0.2208	1.0052	0.7579	0.5181	0.3966	-0.3287	-0.4931	-1.354	-0.4585	-0.096	0.0718	0.4303	0.2968	0.2423	0.6426	0.2359	0.4125	-2.7543	12.0363	28.2397
8	2.2244	-1.7282	-0.0963	3.0877	0.4137	0.1067	-0.359	-0.5437	0.1144	0.7641	0.4546	0.3781	-0.0506	-0.2362	0.0052	0.3665	0.1493	0.0464	0.263	0.0457	0.1565	12.433	-11.5401	40.4643

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESSEQ 210:342 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESSEQ 358:502 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN B AND RESSEQ 210:342 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN B AND RESSEQ 358:502 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN C AND RESSEQ 210:342 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN C AND RESSEQ 358:502 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN D AND RESSEQ 212:342 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN D AND RESSEQ 358:502 )

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