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- PDB-4dim: Crystal structure of phosphoribosylglycinamide synthetase from An... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4dim
タイトルCrystal structure of phosphoribosylglycinamide synthetase from Anaerococcus prevotii
要素Phosphoribosylglycinamide synthetase
キーワードLIGASE / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


ligase activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Phosphoribosylglycinamide synthetase, ATP-grasp (A) domain / Phosphoribosylglycinamide synthetase, ATP-grasp (A) domain / Phosphoribosylglycinamide synthetase, ATP-grasp (A) domain / Rossmann fold - #20 / ATP-grasp fold, subdomain 1 / ATP-grasp fold, B domain / ATP-grasp fold / ATP-grasp fold profile. / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 ...: / Phosphoribosylglycinamide synthetase, ATP-grasp (A) domain / Phosphoribosylglycinamide synthetase, ATP-grasp (A) domain / Phosphoribosylglycinamide synthetase, ATP-grasp (A) domain / Rossmann fold - #20 / ATP-grasp fold, subdomain 1 / ATP-grasp fold, B domain / ATP-grasp fold / ATP-grasp fold profile. / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Phosphoribosylglycinamide synthetase
類似検索 - 構成要素
生物種Anaerococcus prevotii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.61 Å
データ登録者Michalska, K. / Wu, R. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of phosphoribosylglycinamide synthetase from Anaerococcus prevotii
著者: Michalska, K. / Wu, R. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
履歴
登録2012年1月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年2月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphoribosylglycinamide synthetase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,8041
ポリマ－45,8041
非ポリマー00
水362
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)125.270, 84.467, 49.642
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.54, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Phosphoribosylglycinamide synthetase


分子量: 45803.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Anaerococcus prevotii (バクテリア)
株: DSM 20548 / 遺伝子: Apre_1268 / プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Magic / 参照: UniProt: C7RDM8
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.36 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M Bis-Tris/HCl, 20% PEG MME 5000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97904 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月19日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97904 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. all: 15596 / Num. obs: 15567 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 100.03 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 24.4
反射 シェル解像度: 2.6→2.64 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.599 / Mean I/σ(I) obs: 2.35 / Num. unique all: 747 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
Auto-Rickshaw位相決定
SHELXモデル構築
ABSモデル構築
HELICAPモデル構築
BUCCANEERモデル構築
Cootモデル構築
BUSTER2.10.0精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
SHELX位相決定
MLPHARE位相決定
直接法位相決定
ARP/wARPモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.61→48.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9341 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2279 901 5.81 %random
Rwork0.1837 ---
all0.1865 15514 --
obs0.1865 15514 99.77 %-
原子変位パラメータBiso mean: 104.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--10.2944 Å20 Å29.9054 Å2
2---12.7848 Å20 Å2
3---23.0792 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.484 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.61→48.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3091 0 0 2 3093
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0126263HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.2311399HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1827SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes103HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes875HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6263HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.61
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion3.41
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion426SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6614SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.61→2.79 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3039 165 5.91 %
Rwork0.2143 2628 -
all0.2198 2793 -
obs-2793 99.77 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.59760.8571.41531.05970.31554.2523-0.15660.63460.5003-0.40080.07370.4668-0.528-0.43550.08290.01970.0371-0.1509-0.19110.0723-0.04256.33643.308930.2027
26.1484-0.7483-2.82642.40542.82114.62980.05330.3050.55610.3573-0.0452-0.1232-0.53240.6103-0.0081-0.0406-0.15180.01240.304-0.015-0.308541.71241.786832.8631
37.09753.3027-2.19478.3154-1.93397.3023-0.05420.2338-0.3809-0.4208-0.09240.15470.34360.28950.1465-0.30130.16830.12250.304-0.0735-0.258544.3704-11.10326.4582
44.32570.0426-1.18040.85960.89664.0222-0.07060.05350.0691-0.3567-0.17650.08-0.43930.56350.2471-0.0649-0.0105-0.0087-0.13530.0128-0.276527.1605-2.000139.6225
55.29341.1891-0.19971.7802-0.31234.4073-0.0792-0.52620.3233-0.0177-0.04140.1445-0.24790.28010.1207-0.02450.01980.0037-0.1452-0.0645-0.182518.8939-0.870947.1736
65.7432.66563.20235.2021.58412.06030.05160.0984-0.2821-0.56150.07890.34220.3138-0.3871-0.13060.0448-0.0753-0.0615-0.1914-0.03450.12635.5926-26.133342.7835
74.91152.26281.22738.31541.1683.6126-0.21020.1826-0.4714-0.63030.03810.43630.41410.15070.1721-0.1050.05410.0038-0.24540.0559-0.06259.0271-21.549144.7143
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{A|3 - 107}A3 - 107
2X-RAY DIFFRACTION2{A|108 - 146}A108 - 146
3X-RAY DIFFRACTION3{A|147 - 176}A147 - 176
4X-RAY DIFFRACTION4{A|177 - 215}A177 - 215
5X-RAY DIFFRACTION5{A|216 - 324}A216 - 324
6X-RAY DIFFRACTION6{A|325 - 347}A325 - 347
7X-RAY DIFFRACTION7{A|348 - 400}A348 - 400

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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