PDB-4di4: Crystal structure of a 3:1 complex of Treponema pallidum TatP(T) ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4di4

タイトル

Crystal structure of a 3:1 complex of Treponema pallidum TatP(T) (Tp0957) bound to TatT (Tp0956)

要素

TatP(T) (Tp0957)
TatT (Tp0956)

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / protein-protein complex / TRAP transporter / TPAT

機能・相同性

機能・相同性情報

: / transmembrane transport
類似検索 - 分子機能

生物種

Treponema pallidum subsp. pallidum (梅毒トレポネーマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.714 Å

データ登録者

Brautigam, C.A. / Deka, R.K. / Norgard, M.V.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Structural and Thermodynamic Characterization of the Interaction between Two Periplasmic Treponema pallidum Lipoproteins that are Components of a TPR-Protein-Associated TRAP Transporter (TPAT).
著者: Brautigam, C.A. / Deka, R.K. / Schuck, P. / Tomchick, D.R. / Norgard, M.V.

履歴

登録	2012年1月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年5月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年6月20日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月15日	Group: Refinement description / Structure summary / カテゴリ: entity / entity_name_com / software Item: _entity.pdbx_description / _software.classification ..._entity.pdbx_description / _software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4di4.cif.gz	246.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4di4.ent.gz	199.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4di4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4di4_validation.pdf.gz	464.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4di4_full_validation.pdf.gz	479.5 KB	表示
XML形式データ	4di4_validation.xml.gz	23.4 KB	表示
CIF形式データ	4di4_validation.cif.gz	31.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/di/4di4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/di/4di4	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4di3C 3u64S 3u65 3ui3 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5mz4-d 2xn1-d 4v1y-2 3sqc-d 4fnt-d 12546 5x9z-1 4fnq-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: TatT (Tp0956)

B: TatP(T) (Tp0957)

ヘテロ分子

70.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: TatT (Tp0956)

B: TatP(T) (Tp0957)

ヘテロ分子

A: TatT (Tp0956)

B: TatP(T) (Tp0957)

ヘテロ分子

A: TatT (Tp0956)

B: TatP(T) (Tp0957)

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
211 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	172.879, 172.879, 150.718
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

詳細

The biological unit is a heterohexamer generated from the heterodimer in the asymmetric unit using the operations: -y, x-y, z, and -x+y, -x, z

#1: タンパク質	TatT (Tp0956) 分子量: 33716.078 Da / 分子数: 1 / 断片: soluble fragment, UNP residues 23-323 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Treponema pallidum subsp. pallidum (梅毒トレポネーマ) 株: Nichols / 遺伝子: TP_0956 / プラスミド: pE-SUMOpro3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O83922
#2: タンパク質	TatP(T) (Tp0957) / TRAP-T family tripartite ATP-independent periplasmic transporter / binding protein 分子量: 36278.836 Da / 分子数: 1 / 断片: soluble fragment, UNP residues 21-342 / Mutation: A185V / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Treponema pallidum subsp. pallidum (梅毒トレポネーマ) 株: Nichols / 遺伝子: TP_0957 / プラスミド: pGEM-T Easy / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O83923
#3: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#4: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.27 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 9.5 詳細: 0.1 M CHES, 30% PEG400, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97899 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月12日

放射

モノクロメーター: sagitally focused Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97899 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.714→50 Å / Num. all: 23479 / Num. obs: 23479 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 14.6 % / R_merge(I) obs: 0.083 / Χ²: 1.001 / Net I/σ(I): 9.4

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.714-2.77	9.8	0.948	1150	1.165	1	100
2.77-2.82	11.6	0.911	1158	1.056	1	100
2.82-2.87	13.2	0.868	1185	1.034	1	100
2.87-2.93	14.4	0.715	1142	1.007	1	100
2.93-2.99	15.1	0.578	1174	0.989	1	100
2.99-3.06	15.4	0.45	1153	1.004	1	100
3.06-3.14	15.5	0.364	1176	0.976	1	100
3.14-3.22	15.4	0.307	1163	1.001	1	100
3.22-3.32	15.5	0.22	1159	0.998	1	100
3.32-3.43	15.4	0.177	1169	1.031	1	100
3.43-3.55	15.4	0.137	1170	0.984	1	100
3.55-3.69	15.4	0.104	1170	1.045	1	100
3.69-3.86	15.4	0.083	1183	1.043	1	100
3.86-4.06	15.3	0.074	1157	0.959	1	100
4.06-4.32	15.3	0.06	1177	1.031	1	100
4.32-4.65	15.3	0.058	1176	0.962	1	100
4.65-5.12	15.1	0.062	1188	0.974	1	100
5.12-5.86	15.1	0.076	1183	1.061	1	100
5.86-7.38	14.7	0.059	1200	0.976	1	100
7.38-50	14.2	0.031	1246	0.807	1	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.7.1_743	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
SBC-Collect	COLLECT	データ収集
HKL-2000		データ削減
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3U64

3u64

解像度: 2.714→43.436 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.88 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 29.34 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2721	1205	5.14 %	RANDOM
R_work	0.1937	-	-	-
obs	0.1976	23458	99.72 %	-
all	-	23458	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 59.504 Å² / k_sol: 0.328 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 173.72 Å² / B_iso mean: 81.3707 Å² / B_iso min: 25.81 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	7.798 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	7.798 Å²	0 Å²
3-	-	-	-15.596 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.714→43.436 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4539	0	23	10	4572

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	4667
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.206	6323
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.094	702
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	804
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.509	1703

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.714-2.8224	0.3443	118	0.2712	2413	2531	98
2.8224-2.9508	0.4395	117	0.308	2476	2593	100
2.9508-3.1063	0.3656	141	0.2693	2445	2586	100
3.1063-3.3009	0.3545	158	0.2459	2421	2579	100
3.3009-3.5556	0.306	151	0.2182	2444	2595	100
3.5556-3.9132	0.2702	142	0.2028	2468	2610	100
3.9132-4.479	0.2276	129	0.1524	2497	2626	100
4.479-5.6411	0.2372	121	0.1623	2507	2628	100
5.6411-43.4413	0.2329	128	0.1769	2582	2710	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.9612	0.0972	0.8175	4.143	0.0424	1.0316	0.0417	-0.3168	0.2459	0.2926	-0.008	0.1044	-0.3323	0.054	-0.0082	0.3711	-0.0023	0.014	0.3838	-0.0613	0.4245	-7.3506	5.1717	57.9865
2	3.6711	0.5471	-0.9633	3.2402	-0.2953	6.1759	0.1788	0.2303	0.0531	0.0598	-0.2748	-0.0222	-0.3081	0.0512	0.0456	0.1761	-0.0411	0.0116	0.3103	-0.0416	0.463	-15.2554	1.9169	50.1188
3	3.9184	0.764	-0.4359	1.4442	-0.7284	3.1807	-0.0302	0.0848	-0.1757	-0.0545	0.0772	-0.0773	0.5035	-0.5665	-0.076	0.3144	-0.0297	0.0132	0.3549	-0.0267	0.3908	-24.3407	-5.3094	52.2382
4	5.1329	4.4522	1.6432	7.3655	3.7097	4.3725	-0.0426	-0.3393	0.6513	0.5277	0.0304	0.9028	0.0804	-0.4978	-0.0651	0.5004	-0.0214	0.1369	0.7432	0.0009	0.5365	-38.7214	0.6212	62.2225
5	1.9342	0.0586	-0.3607	1.1111	-0.1112	4.0111	0.0004	0.1224	0.3231	-0.0348	-0.0407	-0.0109	-0.0355	-0.403	0.051	0.2465	0.0286	0.0063	0.4151	0.0377	0.4641	-30.6356	4.827	51.1522
6	3.6904	-0.1779	-2.0992	3.6977	-0.2376	4.2452	0.0812	0.4465	0.5732	-0.1545	0.2174	0.5428	-0.3527	-0.4568	-0.2872	0.4421	0.0748	0.0003	0.4824	0.1383	0.5847	-31.174	15.8929	44.6145
7	4.3498	-0.7803	0.8628	1.9817	-0.0579	3.1736	-0.3147	0.3837	0.6968	-0.5775	0.3181	-0.1596	-0.5297	0.0726	-0.1187	0.5787	-0.1468	-0.0061	0.3586	0.1386	0.5593	-18.5444	19.069	38.4582
8	2.178	1.6926	-1.8003	2.714	-1.231	1.935	-0.4876	-0.1335	0.0893	-0.1393	0.4537	-0.6244	-0.0992	0.8514	0.0505	0.6635	-0.1571	0.0327	0.9187	-0.0383	0.3836	-20.3793	-0.6839	22.2603
9	1.9831	1.4133	0.0323	2.784	-0.6948	1.5856	-0.4883	0.929	-0.0172	-1.288	0.3009	0.1288	-0.3297	0.1752	0.0759	0.8955	-0.2746	-0.0901	0.9561	0.077	0.2678	-33.518	-4.1182	15.1214
10	3.0963	-1.7841	-0.1575	1.4999	1.1209	2.2284	-0.043	0.5556	0.2289	-0.8443	-0.6222	0.4899	-1.0341	-0.8742	0.6904	0.8812	-0.014	-0.2089	0.9195	-0.0353	0.6621	-53.4896	-9.181	28.7836
11	3.5038	1.3353	-0.6429	2.3668	0.0833	1.2632	-0.0739	0.5385	-0.2671	-0.4024	0.21	-0.1074	-0.0425	-0.072	-0.1265	0.5386	-0.1682	-0.0394	0.8701	0.017	0.4182	-32.2671	-9.9574	25.0524
12	3.4712	2.0763	0.2779	1.744	0.7373	5.2193	-0.4149	0.3117	-0.3848	-0.4029	-0.1577	-0.1669	-0.0331	-0.6415	0.4131	0.5267	-0.1096	0.0197	0.7615	-0.0843	0.6756	-50.4081	-20.6747	19.934
13	3.779	-1.0273	0.4538	5.6879	-1.3686	3.8778	-0.3159	1.0659	-0.2929	-0.5241	0.2196	0.7675	-0.7828	1.5303	0.0365	0.9318	-0.3742	-0.122	1.47	-0.0651	0.6174	-43.0895	-14.3292	5.9734

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 29:62)	A	29 - 62
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 63:96)	A	63 - 96
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 97:137)	A	97 - 137
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 138:152)	A	138 - 152
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 153:211)	A	153 - 211
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resseq 212:249)	A	212 - 249
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resseq 250:301)	A	250 - 301
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resseq 9:39)	B	9 - 39
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resseq 40:143)	B	40 - 143
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resseq 144:193)	B	144 - 193
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resseq 194:276)	B	194 - 276
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resseq 277:306)	B	277 - 306
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resseq 307:323)	B	307 - 323

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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