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- PDB-4dhx: ENY2:GANP complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4dhx
タイトルENY2:GANP complex
要素
  • 80 kDa MCM3-associated protein
  • Enhancer of yellow 2 transcription factor homolog
キーワードTRANSPORT PROTEIN/DNA binding Protein / mRNA export / TRANSPORT PROTEIN-DNA binding Protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DUBm complex / transcription export complex 2 / transcription factor TFTC complex / nuclear pore nuclear basket / histone H3 acetyltransferase activity / nucleosome organization / negative regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / SAGA complex / poly(A)+ mRNA export from nucleus / regulation of RNA splicing ...DUBm complex / transcription export complex 2 / transcription factor TFTC complex / nuclear pore nuclear basket / histone H3 acetyltransferase activity / nucleosome organization / negative regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / SAGA complex / poly(A)+ mRNA export from nucleus / regulation of RNA splicing / mRNA export from nucleus / histone acetyltransferase activity / regulation of DNA repair / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / histone acetyltransferase / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / transcription elongation by RNA polymerase II / protein transport / chromosome / HATs acetylate histones / chromatin organization / histone binding / nuclear membrane / nucleic acid binding / transcription coactivator activity / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / mitochondrion / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1340 / Germinal-centre associated nuclear protein, MCM3AP domain / Germinal-centre associated nuclear protein, nucleoporin homology domain / Germinal-centre associated nuclear protein, CID domain / MCM3AP, RNA recognition motif / Binding region of GANP to ENY2 / Nucleoporin homology of Germinal-centre associated nuclear protein / MCM3AP domain of GANP / ENY2/SUS1 / Transcription factor, enhancer of yellow 2 ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1340 / Germinal-centre associated nuclear protein, MCM3AP domain / Germinal-centre associated nuclear protein, nucleoporin homology domain / Germinal-centre associated nuclear protein, CID domain / MCM3AP, RNA recognition motif / Binding region of GANP to ENY2 / Nucleoporin homology of Germinal-centre associated nuclear protein / MCM3AP domain of GANP / ENY2/SUS1 / Transcription factor, enhancer of yellow 2 / Transcription factor EnY2 superfamily / Transcription factor e(y)2 / SAC3/GANP/THP3, conserved domain / SAC3/GANP/THP3 / SAC3/GANP family / Serum Albumin; Chain A, Domain 1 / Proteasome component (PCI) domain / PCI domain profile. / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Special / RNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Germinal-center associated nuclear protein / Transcription and mRNA export factor ENY2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Stewart, M. / Jani, D.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2012
タイトル: Functional and structural characterization of the mammalian TREX-2 complex that links transcription with nuclear messenger RNA export.
著者: Jani, D. / Lutz, S. / Hurt, E. / Laskey, R.A. / Stewart, M. / Wickramasinghe, V.O.
履歴
登録2012年1月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年6月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 80 kDa MCM3-associated protein
B: Enhancer of yellow 2 transcription factor homolog
C: Enhancer of yellow 2 transcription factor homolog
D: 80 kDa MCM3-associated protein
E: Enhancer of yellow 2 transcription factor homolog
F: Enhancer of yellow 2 transcription factor homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,3186
ポリマ－63,3186
非ポリマー00
水4,504250
1
A: 80 kDa MCM3-associated protein
B: Enhancer of yellow 2 transcription factor homolog
C: Enhancer of yellow 2 transcription factor homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,6593
ポリマ－31,6593
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5860 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area15870 Å2
手法PISA
2
D: 80 kDa MCM3-associated protein
E: Enhancer of yellow 2 transcription factor homolog
F: Enhancer of yellow 2 transcription factor homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,6593
ポリマ－31,6593
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5910 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area15030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.592, 76.124, 70.612
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 117.69, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 80 kDa MCM3-associated protein / Protein GANP


分子量: 8555.808 Da / 分子数: 2 / 断片: ENY2-binding region residues 1163-1235 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MCM3AP, GANP, KIAA0572, MAP80 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O60318
#2: タンパク質
Enhancer of yellow 2 transcription factor homolog


分子量: 11551.660 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ENY2, DC6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NPA8
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 250 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.29 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 11% PEG 8000, 0.2M NaOAc, 0.1M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ DW / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年10月13日 / 詳細: Osmic mirrors
放射モノクロメーター: osmic mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→20 Å / Num. all: 37269 / Num. obs: 37269 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7 % / Net I/σ(I): 13.1
反射 シェル解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 7.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 98.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: dev_969)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→19.884 Å / SU ML: 0.26 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.21 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2504 1863 5 %random
Rwork0.2224 ---
obs0.2239 37246 98.98 %-
all-37269 --
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 52.3 Å2 / ksol: 0.361 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.4746 Å20 Å26.8246 Å2
2--1.0015 Å2-0 Å2
3----6.4761 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→19.884 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4056 0 0 250 4306
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0024090
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5025481
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.7871613
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03649
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.001700
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.1750.32781780.29783514X-RAY DIFFRACTION99
2.175-2.2620.31141930.2853470X-RAY DIFFRACTION99
2.262-2.36470.27541690.26043564X-RAY DIFFRACTION99
2.3647-2.48920.30591720.24843528X-RAY DIFFRACTION99
2.4892-2.64480.26391870.2453515X-RAY DIFFRACTION99
2.6448-2.84850.30841820.24683549X-RAY DIFFRACTION99
2.8485-3.13410.27031870.24013547X-RAY DIFFRACTION99
3.1341-3.58540.25181890.21663560X-RAY DIFFRACTION99
3.5854-4.50850.21282010.19073538X-RAY DIFFRACTION99
4.5085-19.8840.22152050.19653598X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.87594.5276.54312.00358.22287.84750.2595-0.4709-0.16940.23560.02290.20991.0032-0.04660.07691.07730.0870.09470.6035-0.26540.5482.0059-49.5622-38.7844
28.6387-7.3682-6.77146.40295.87955.4239-0.53440.1746-0.7913-0.5534-0.0031-0.0063-0.41990.37580.42440.4563-0.05640.11170.4412-0.00940.37790.8438-41.8076-30.7918
32.8153-1.9668-3.02277.23616.94958.76540.0462-0.08560.1132-0.3082-0.0173-0.0055-0.3870.4049-0.01970.25790.02420.00290.21570.04160.2447-4.3124-28.2822-16.9587
47.1772-6.6088-6.2768.54727.09976.05-0.3112-0.2639-0.2951-0.0478-0.02840.4717-0.15230.74780.28420.2625-0.0211-0.01850.1954-0.00240.2606-13.2121-10.43257.2146
55.43094.6103-5.06464.1477-4.45774.8374-0.5646-0.7670.1541-0.4577-0.64460.451.27291.2580.52890.59960.2952-0.03990.8927-0.30260.4484-16.7562-0.627823.8459
67.99945.06624.99164.67722.56333.3569-0.90760.51211.1177-0.44920.27850.2344-0.71730.68680.1720.302-0.1432-0.23411.3547-0.72840.9745-18.64524.568829.7001
74.08823.91450.43035.12032.36218.16380.1297-0.22290.38950.1398-0.13290.0808-1.87410.2645-0.03730.81340.0426-0.10181.115-0.62041.0206-24.23689.889236.7452
85.1632-3.86435.79352.9058-4.34456.5030.1325-0.4463-0.57930.4668-0.5314-0.25861.21430.74580.37260.57480.09850.05350.81240.10360.550711.7691-40.9719-33.5344
96.0822-2.85883.09786.3583.12755.76830.10010.34311.4196-1.23050.0241-1.4789-0.09261.6462-0.09330.4288-0.05770.08780.61680.01130.43979.5501-30.634-36.5605
104.5514-0.0774-4.15629.1771-3.16994.94050.4273-0.08461.32390.2874-0.4251-0.3975-0.9385-0.00810.02140.48040.0079-0.00280.388-0.07850.50172.1105-27.9369-35.2562
114.86830.7299-4.18121.5812-0.96843.59770.06370.53090.0516-0.0742-0.03530.0871-0.3151-0.724-0.01340.2296-0.0157-0.02020.3020.00860.2699-11.5034-28.971-22.4539
125.0036-2.2254-3.48384.38363.03513.1175-0.0321-0.285-0.11320.18780.0005-0.17160.90730.12870.09930.32950.04270.01310.25090.02710.2758-8.3873-30.9092-3.9601
138.7525-1.38695.14298.1176-3.94644.26290.34920.0643-0.4119-0.45030.45030.76050.5331-0.5077-0.65570.4089-0.09520.00650.29-0.00680.4132-11.1996-39.0855-22.4586
143.46653.46190.53125.1346-2.90188.8646-0.57971.254-0.2777-0.59250.3377-0.04960.1484-1.33250.26710.6046-0.0397-0.00680.3598-0.11540.2978-2.0181-37.8051-39.5064
156.53312.86720.34812.0210.32165.41410.09690.1256-0.59160.458-0.0848-0.50190.18790.4704-0.02580.2143-0.0151-0.06210.3277-0.02830.3105-5.0898-6.164811.8298
163.653-4.1102-4.32126.7513.0566.5425-0.1994-0.24380.8310.56010.0081-0.1207-0.38710.13140.06880.3943-0.01360.00290.2555-0.0370.4078-17.25357.687116.7228
173.92550.6907-3.60060.1947-0.53693.5062-0.2085-0.51581.15430.35920.3256-0.0129-0.49350.0246-0.14490.42540.12480.02460.4732-0.23230.5842-30.71375.252929.625
183.001-0.3672-0.37361.76720.84311.9628-0.1487-0.648-0.00930.49740.004-0.40830.27060.64-0.66490.43250.7813-0.2311.2151-0.69360.7052-31.65082.357944.678
199.34671.5624-5.39563.11480.79287.3959-0.6749-0.3781-0.64840.38350.2467-0.26640.9905-0.21540.48320.860.4126-0.08362.3243-0.6820.8395-23.6944-1.173243.3526
204.65881.93345.25835.7154-1.18998.3054-0.3885-1.37340.34090.47161.0429-0.0750.62850.284-0.28160.4070.2489-0.05230.7146-0.19540.4526-26.6939-2.863229.6039
214.0140.7885-5.78952.6522-2.87249.66670.07760.90220.3280.1072-0.05910.076-0.1618-0.4502-0.09190.4149-0.0259-0.14660.3761-0.05860.3849-22.63220.465810.8044
224.0655-2.1099-1.68033.5748-0.85813.05040.34121.131-0.1201-1.9169-0.2644-0.2370.26050.6353-0.15360.67670.05090.01290.4372-0.01450.3018-10.33230.42793.7519
239.2077-4.2849-5.25942.65732.58943.03670.6459-0.71450.32351.6058-1.23470.83680.81280.86710.57380.6960.08050.00961.0885-0.24350.6446-19.453223.932411.7243
241.5382-3.2471-4.22517.80119.10138.733-0.3458-0.2601-0.1320.22670.14330.39640.03880.18920.29280.53570.235-0.02550.472-0.07460.3366-10.86020.7767-19.8377
257.7334-3.1998-3.87899.12283.60713.0307-0.84870.4162-1.58670.1705-0.17111.71190.6869-1.12871.01560.3420.01590.07920.3348-0.04090.48783.8698-27.2293-52.7022
269.3466-5.40865.43129.4027-6.38035.0834-0.97-0.83130.02181.58551.1209-1.18440.3819-0.2082-0.26551.05210.2109-0.06640.5553-0.07630.627-28.996518.508314.3677
279.2907-1.4963-6.94142.04222.04448.9453-0.0221-0.50210.0559-0.03380.4794-0.33450.80190.595-0.21860.26040.1144-0.0670.3543-0.12150.3375-23.032221.9908-4.1673
287.4288-4.5736-0.63283.685-0.20990.41670.10860.48770.6395-0.3050.4406-0.91650.17380.9256-0.11580.49190.0973-0.08521.0051-0.27650.5034-6.323612.263-13.0674
294.8008-0.3092-0.01358.10540.92324.6980.1692-0.69550.17910.54530.1658-0.54840.34170.8202-0.26510.34380.1065-0.01050.793-0.10260.3798-7.907811.8818-5.0442
302.0211.4137-2.96215.1847-5.76368.88660.95510.09491.08330.40110.85380.7419-1.5195-0.3026-0.55370.5097-0.00390.10220.4513-0.330.7962-25.903229.51466.5161
319.38475.4415.46987.84384.66273.70390.1912-0.6320.10150.4244-0.16180.2259-0.0634-0.66680.01360.41720.1220.11960.42040.05290.3647-10.9815-17.523-30.9978
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 1162:1167)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 1168:1174)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 1175:1195)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 1196:1216)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 1217:1221)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 1222:1226)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 1227:1233)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain B and resid 9:17)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain B and resid 18:22)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain B and resid 23:28)
11X-RAY DIFFRACTION11(chain B and resid 29:51)
12X-RAY DIFFRACTION12(chain B and resid 52:72)
13X-RAY DIFFRACTION13(chain B and resid 73:83)
14X-RAY DIFFRACTION14(chain B and resid 84:99)
15X-RAY DIFFRACTION15(chain C and resid 7:24)
16X-RAY DIFFRACTION16(chain C and resid 25:39)
17X-RAY DIFFRACTION17(chain C and resid 40:53)
18X-RAY DIFFRACTION18(chain C and resid 54:60)
19X-RAY DIFFRACTION19(chain C and resid 61:66)
20X-RAY DIFFRACTION20(chain C and resid 67:79)
21X-RAY DIFFRACTION21(chain C and resid 80:90)
22X-RAY DIFFRACTION22(chain C and resid 91:99)
23X-RAY DIFFRACTION23(chain D and resid 1166:1174)
24X-RAY DIFFRACTION24(chain D and resid 1175:1220)
25X-RAY DIFFRACTION25(chain D and resid 1221:1234)
26X-RAY DIFFRACTION26(chain E and resid 9:23)
27X-RAY DIFFRACTION27(chain E and resid 24:42)
28X-RAY DIFFRACTION28(chain E and resid 43:58)
29X-RAY DIFFRACTION29(chain E and resid 59:82)
30X-RAY DIFFRACTION30(chain E and resid 83:100)
31X-RAY DIFFRACTION31(chain F and resid 9:26)
32X-RAY DIFFRACTION32(chain F and resid 27:40)
33X-RAY DIFFRACTION33(chain F and resid 41:50)
34X-RAY DIFFRACTION34(chain F and resid 51:63)
35X-RAY DIFFRACTION35(chain F and resid 64:77)
36X-RAY DIFFRACTION36(chain F and resid 78:89)
37X-RAY DIFFRACTION37(chain F and resid 90:99)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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