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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4de0 | |||||||||
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タイトル | CTX-M-9 class A beta-lactamase complexed with compound 16 | |||||||||
![]() | Beta-lactamase | |||||||||
![]() | Hydrolase/hydrolase inhibitor / CTX-M / molecular docking / fragment / Hydrolase-hydrolase inhibitor complex | |||||||||
機能・相同性 | ![]() beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Nichols, D.N. / Chen, Y. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure-Based Design of Potent and Ligand-Efficient Inhibitors of CTX-M Class A Beta-Lactamase 著者: Nichols, D.A. / Jaishankar, P. / Larson, W. / Smith, E. / Liu, G. / Beyrouthy, R. / Bonnet, R. / Renslo, A.R. / Chen, Y. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 242.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 193.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | The biological unit is monomer. There are 2 biological units in the asymmetric unit. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27955.463 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 29-291 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-DMS / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.81 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: Potassium Phosphate, pH 8.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 292K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月26日 / 詳細: mirrors | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.67019 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.12→50 Å / Num. all: 169565 / Num. obs: 158174 / % possible obs: 93.3 % / Observed criterion σ(I): 5 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.057 / Χ2: 1.072 / Net I/σ(I): 14.7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: pdb entry 3G35 解像度: 1.12→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU B: 0.965 / SU ML: 0.021 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.033 / ESU R Free: 0.035 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 155.02 Å2 / Biso mean: 9.5017 Å2 / Biso min: 2 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.12→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.118→1.147 Å / Total num. of bins used: 20
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