PDB-4ddj: Crystal structure of saposin A in complex with lauryldimethylamin...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ddj

タイトル

Crystal structure of saposin A in complex with lauryldimethylamine-N-oxide (LDAO)

要素

Saposin-A

キーワード

LIPID BINDING PROTEIN / saposin fold / sphingolipid activator protein / galactosylceramide / lauryldimethylamine-N-oxide / lipid / detergent / lysosome

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of beta-galactosidase activity / ganglioside GM1 transport to membrane / ganglioside GM2 binding / ganglioside GM3 binding / ganglioside GP1c binding / ganglioside GM1 binding / ganglioside GT1b binding / sphingolipid metabolic process / prostate gland growth / epithelial cell differentiation involved in prostate gland development ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Popovic, K. / Prive, G.G.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Structure of saposin A lipoprotein discs.
著者: Popovic, K. / Holyoake, J. / Pomes, R. / Prive, G.G.

履歴

登録	2012年1月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年2月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年2月22日	Group: Database references
改定 1.2	2012年3月14日	Group: Database references
改定 1.3	2020年1月29日	Group: Advisory / Database references / Derived calculations カテゴリ: pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_struct_assembly ...pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / struct_ref_seq_dif Item: _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ddj.cif.gz	57.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ddj.ent.gz	48.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ddj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4ddj_validation.pdf.gz	443.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ddj_full_validation.pdf.gz	457.3 KB	表示
XML形式データ	4ddj_validation.xml.gz	10.6 KB	表示
CIF形式データ	4ddj_validation.cif.gz	13.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dd/4ddj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dd/4ddj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2dob
類似構造データ	5eoo-3 2a49-d 5hk3-d 2huo-d 4opr-d 1zrn-d 1xrm-d 1jwp-d 2jc7-d 4gw3-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1) #202 - 2016年10月ジペプチジルペプチダーゼ4 (Dipeptidyl Peptidase 4) 類似性 (1) #25 - 2002年1月トロンビン (Thrombin) 類似性 (1) #149 - 2012年5月レプチン (Leptin) 類似性 (1) #83 - 2006年11月フィブリン (Fibrin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Saposin-A

ヘテロ分子

13.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Saposin-A

ヘテロ分子

A: Saposin-A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
27.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.794, 39.794, 247.284
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

#1: タンパク質	Saposin-A / Protein A 分子量: 9061.495 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 60-140 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PSAP, GLBA, SAP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P07602
#2: 化合物	ChemComp-LDA / LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE / ドデシルジメチルアミンオキシド分子量: 229.402 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₃₁NO / コメント: LDAO, 可溶化剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
非ポリマーの詳細	ALTHOUGH THE REAL SPACE R VALUE FOR SOME OF THE LDA RESIDUES ARE HIGH, THESE LDAO DETERGENT ...ALTHOUGH THE REAL SPACE R VALUE FOR SOME OF THE LDA RESIDUES ARE HIGH, THESE LDAO DETERGENT MOLECULES (RESIDUE NAME IS LDA) ARE PART OF A MICELLE-TYPE STRUCTURE, AND THE OBSERVED DENSITY FOR THESE LIGANDS IS COMPLETELY CONSISTENT WITH THE PACKING REQUIREMENTS OF THE NEIGHBORING LDA MOLECULES.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.56 %
結晶化	温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 詳細: 1.6 M trisodium citrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 300K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	タイプ	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	APS	19-ID		1	1.009
回転陽極			RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT	2	2.292

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
ADSC QUANTUM 315	1	CCD	2009年7月25日
RIGAKU RAXIS IV++	2	IMAGE PLATE	2009年10月10日

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SAGITALLY FOCUSED Si(111)	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	VariMax Cr	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.009	1
2	2.292	1

反射

解像度: 1.9→34.5 Å / Num. all: 10065 / Num. obs: 9934 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.1 % / B_iso Wilson estimate: 31.3 Å² / R_merge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 44.9

反射シェル

解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 5.1 % / R_merge(I) obs: 0.443 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 98.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0102	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
HKL-3000		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
SHELXS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.9→10 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.939 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.913 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 8.515 / SU ML: 0.118 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.176 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28	478	4.8 %	RANDOM
R_work	0.23	-	-	-
obs	0.232	9889	99.3 %	-
all	-	9889	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.21 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.05 Å²	0.52 Å²	0 Å²
2-	-	1.05 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.57 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→10 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	606	0	320	65	991

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.021	917
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.9	2.301	1179
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.576	5	79
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.434	27.727	22
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.674	15	116
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.914	15	1
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.112	0.2	101
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	439
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.196	1.5	401
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.19	2	653
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.825	3	516
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.55	4.5	526
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.274	32	-
R_work	0.208	630	-
obs	-	-	98.66 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1858	-0.2517	-0.1908	3.4612	0.8737	1.381	0.0239	0.0514	0.0521	0.0016	0.1416	-0.4036	0.007	0.0121	-0.1656	0.0322	-0.0092	0.0042	0.0918	-0.048	0.0751	29.558	-4.286	-16.28
2	0.5204	0.3499	1.3122	1.1137	1.0582	3.3582	0.0852	-0.0733	-0.0298	0.0086	-0.0142	-0.0046	0.1719	-0.1482	-0.071	0.0279	-0.0311	-0.001	0.1063	-0.0328	0.0511	20.227	13.5	0.31
3	0.8933	0.4957	0.8833	1.2505	1.2001	2.4564	-0.1062	-0.2654	-0.023	-0.0576	-0.1162	0.3045	0.3517	-0.1002	0.2224	0.2401	0.0466	0.0261	0.1346	0.0083	0.1099	22.584	-0.148	-4.168

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 17
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	68 - 80
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	18 - 67
4	X-RAY DIFFRACTION	3	A	101
5	X-RAY DIFFRACTION	3	A	102
6	X-RAY DIFFRACTION	3	A	103
7	X-RAY DIFFRACTION	3	A	104
8	X-RAY DIFFRACTION	3	A	105
9	X-RAY DIFFRACTION	3	A	106
10	X-RAY DIFFRACTION	3	A	107
11	X-RAY DIFFRACTION	3	A	108
12	X-RAY DIFFRACTION	3	A	109
13	X-RAY DIFFRACTION	3	A	110
14	X-RAY DIFFRACTION	3	A	111
15	X-RAY DIFFRACTION	3	A	112
16	X-RAY DIFFRACTION	3	A	113
17	X-RAY DIFFRACTION	3	A	114
18	X-RAY DIFFRACTION	3	A	115
19	X-RAY DIFFRACTION	3	A	116
20	X-RAY DIFFRACTION	3	A	117
21	X-RAY DIFFRACTION	3	A	118
22	X-RAY DIFFRACTION	3	A	119
23	X-RAY DIFFRACTION	3	A	120

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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