PDB-4dcz: Crystal structure of a domain from a mycoplasma genitalium termin...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4dcz

タイトル

Crystal structure of a domain from a mycoplasma genitalium terminal organelle protein

要素

DnaJ-like protein MG200

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / DIMER / INTRA-DOMAIN SYMMETRY AXIS

機能・相同性

機能・相同性情報

chaperone cofactor-dependent protein refolding / unfolded protein binding / protein refolding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycoplasma genitalium (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Calisto, B.M. / Martinelli, L. / Fita, I.

引用

ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2012
タイトル: The EAGR box structure: a motif involved in mycoplasma motility.
著者: Calisto, B.M. / Broto, A. / Martinelli, L. / Querol, E. / Pinol, J. / Fita, I.

履歴

登録	2012年1月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年1月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4dcz.cif.gz	59.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4dcz.ent.gz	44.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4dcz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4dcz_validation.pdf.gz	430.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4dcz_full_validation.pdf.gz	432.8 KB	表示
XML形式データ	4dcz_validation.xml.gz	6.2 KB	表示
CIF形式データ	4dcz_validation.cif.gz	7.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dc/4dcz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dc/4dcz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5hcw-2 4fn3-2 3qor-1 2vo9-2 2mzn-d 3ec6-d 1xyk-d 1j1h-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#47 - 2003年11月シミアンウイルス40 (Simian Virus 40) 類似性 (4) #80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (4)

登録構造単位

A: DnaJ-like protein MG200

B: DnaJ-like protein MG200

21.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: DnaJ-like protein MG200

ソフトウェアが定義した集合体
10.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

B: DnaJ-like protein MG200

ソフトウェアが定義した集合体
10.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.003, 81.003, 73.297
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

詳細

BIOMOLECULE: 1, 2, 3 SEE REMARK 350 FOR THE AUTHOR PROVIDED AND/OR PROGRAM GENERATED ASSEMBLY INFORMATION FOR THE STRUCTURE IN THIS ENTRY. THE REMARK MAY ALSO PROVIDE INFORMATION ON BURIED SURFACE AREA. COORDINATES FOR A COMPLETE MULTIMER REPRESENTING THE KNOWN BIOLOGICALLY SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE OF THE MOLECULE CAN BE GENERATED BY APPLYING BIOMT TRANSFORMATIONS GIVEN BELOW. BOTH NON-CRYSTALLOGRAPHIC AND CRYSTALLOGRAPHIC OPERATIONS ARE GIVEN. BIOMOLECULE: 1 AUTHOR DETERMINED BIOLOGICAL UNIT: DIMERIC APPLY THE FOLLOWING TO CHAINS: A, B BIOMT1 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 BIOMT2 1 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000 BIOMT3 1 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 BIOMOLECULE: 2 SOFTWARE DETERMINED QUATERNARY STRUCTURE: MONOMERIC SOFTWARE USED: PISA APPLY THE FOLLOWING TO CHAINS: B BIOMT1 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 BIOMT2 1 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000 BIOMT3 1 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 BIOMOLECULE: 3 SOFTWARE DETERMINED QUATERNARY STRUCTURE: MONOMERIC SOFTWARE USED: PISA APPLY THE FOLLOWING TO CHAINS: A BIOMT1 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 BIOMT2 1 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000 BIOMT3 1 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000

#1: タンパク質	DnaJ-like protein MG200 分子量: 10938.724 Da / 分子数: 2 / 断片: TO PROTEIN DOMAIN (UNP RESIDUES 124-207) / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycoplasma genitalium (バクテリア) 株: G37 / 遺伝子: MG200 / プラスミド: PET21D / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P47442

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.24 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 22% PEG 2000, 0.1 M SODIUM CITRATE, PH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 293K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長	波長 (Å)
シンクロトロン	ESRF	ID14-4	1	0.979	0.979
シンクロトロン	ESRF	ID14-4	2		0.979

検出器

タイプ	ID	検出器	日付	詳細
ADSC QUANTUM 315r	1	CCD	2009年7月26日	MIRRORS
ADSC QUANTUM 315r	2	CCD	2009年11月1日	MIRRORS

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SI 111 CHANNEL	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	SI 111 CHANNEL	SAD	M	x-ray	1

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.9→30 Å / Num. obs: 6450 / % possible obs: 74 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.5 % / B_iso Wilson estimate: 70 Å² / R_merge(I) obs: 0.067 / R_sym value: 0.066 / Net I/σ(I): 32.7

反射シェル

解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 10 % / R_merge(I) obs: 0.498 / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / R_sym value: 0.393 / % possible all: 90

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SHELXD		位相決定
REFMAC	5.5.0102	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.9→27.18 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.936 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.882 / SU B: 25.518 / SU ML: 0.217 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.298 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26	294	4.6 %	RANDOM
R_work	0.203	-	-	-
obs	0.206	6418	99.8 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 62.51 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.22 Å²	0.11 Å²	0 Å²
2-	-	0.22 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.33 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9→27.18 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	922	0	0	0	922

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.021	954
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	640
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.705	1.89	1298
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.935	3	1536
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.571	5	108
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.461	25.172	58
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.302	15	142
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	31.237	15	4
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	116
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	1092
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	214
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.706	1.5	540
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.131	1.5	226
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.356	2	860
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.902	3	414
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.086	4.5	438
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.9→2.97 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.374	15	-
R_work	0.333	425	-
obs	-	-	96.49 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1975	2.1638	2.4731	28.2994	32.9845	38.5254	0.2575	0.0843	-0.0031	-0.1163	-0.7198	0.1759	-0.2917	-1.2391	0.4623	0.7747	0.1163	-0.0439	1.1846	0.1997	0.9122	14.8261	60.8893	49.6763
2	5.2715	-2.7881	-0.3195	8.4395	-1.7793	7.5816	-0.1173	0.2007	0.449	-0.1744	-0.023	-0.2566	-0.2271	0.266	0.1402	0.087	-0.0317	0.0031	0.0479	-0.0014	0.0674	7.3888	54.4063	46.8424
3	6.4451	-5.7325	5.7849	17.1509	-3.625	11.3883	0.1582	0.5105	0.2445	-1.4174	0.022	-0.2725	-0.1422	0.6225	-0.1802	0.1673	-0.052	0.0887	0.2975	-0.0132	0.2199	13.8095	51.3791	40.8614
4	31.0296	-28.4064	20.2065	31.0604	-12.9815	19.2316	1.0362	0.4494	-1.3863	0.5484	-0.9799	1.9517	2.3396	-0.459	-0.0563	0.5464	-0.2866	0.2639	0.3499	-0.1744	0.4475	3.6119	30.2828	38.3254
5	5.953	-0.6355	-2.1006	4.8811	1.5397	10.3767	-0.1085	-0.0201	-0.2539	0.1162	0.0936	0.1493	0.4597	0.2049	0.0149	0.0485	0.0228	-0.029	0.0171	-0.0017	0.0769	10.5918	37.3617	38.8937
6	9.4527	1.1978	-1.118	2.4804	7.0098	28.45	0.1341	0.3237	0.6656	0.2085	-0.0098	0.4189	-0.5523	-1.0312	-0.1243	0.2234	0.1661	0.2045	0.173	0.0927	0.3548	2.992	43.4154	39.6848

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	149 - 153
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	154 - 194
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	195 - 203
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	149 - 153
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	154 - 194
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	195 - 203

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